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Analyse Statistique De Donnees Biologiques A Haut Debit
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Book Synopsis Analyse statistique de données biologiques à haut débit by : Julie Aubert
Download or read book Analyse statistique de données biologiques à haut débit written by Julie Aubert and published by . This book was released on 2017 with total page 0 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: Les progrès technologiques des vingt dernières années ont permis l'avènement d'une biologie à haut-débit reposant sur l'obtention de données à grande échelle de façon automatique. Les statisticiens ont un rôle important à jouer dans la modélisation et l'analyse de ces données nombreuses, bruitées, parfois hétérogènes et recueillies à différentes échelles. Ce rôle peut être de plusieurs natures. Le statisticien peut proposer de nouveaux concepts ou méthodes inspirées par les questions posées par cette biologie. Il peut proposer une modélisation fine des phénomènes observés à l'aide de ces technologies. Et lorsque des méthodes existent et nécessitent seulement une adaptation, le rôle du statisticien peut être celui d'un expert, qui connaît les méthodes, leurs limites et avantages. Le travail présenté dans cette thèse se situe à l'interface entre mathématiques appliquées et biologie, et relève plutôt des deuxième et troisième type de rôles mentionnés.Dans une première partie, j'introduis différentes méthodes développées pour l'analyse de données biologiques à haut débit, basées sur des modèles à variables latentes. Ces modèles permettent d'expliquer un phénomène observé à l'aide de variables cachées. Le modèle à variables latentes le plus simple est le modèle de mélange. Les deux premières méthodes présentées en sont des exemples: la première dans un contexte de tests multiples et la deuxième dans le cadre de la définition d'un seuil d'hybridation pour des données issues de puces à ADN. Je présente également un modèle de chaînes de Markov cachées couplées pour la détection de variations du nombre de copies en génomique prenant en compte de la dépendance entre les individus, due par exemple à une proximité génétique. Pour ce modèle, nous proposons une inférence approchée fondée sur une approximation variationnelle, l'inférence exacte ne pouvant pas être envisagée dès lors que le nombre d'individus augmente. Nous définissons également un modèle à blocs latents modélisant une structure sous-jacente par bloc de lignes et colonnes adaptées à des données de comptage issue de l'écologie microbienne. Les données issues de méta-codebarres ou de métagénomique correspondent à l'abondance de chaque unité d'intérêt (par exemple micro-organisme) d'une communauté microbienne au sein d'environnement (rhizosphère de plante, tube digestif humain, océan par exemple). Ces données ont la particularité de présenter une dispersion plus forte qu'attendue sous les modèles les plus classiques (on parle de sur-dispersion). La classification croisée est une façon d'étudier les interactions entre la structure des communautés microbiennes et les échantillons biologiques dont elles sont issues. Nous avons proposé de modéliser ce phénomène à l'aide d'une distribution Poisson-Gamma et développé une autre approximation variationnelle pour ce modèle particulier ainsi qu'un critère de sélection de modèle. La flexibilité et la performance du modèle sont illustrées sur trois jeux de données réelles.Une deuxième partie est consacrée à des travaux dédiés à l'analyse de données de transcriptomique issues des technologies de puce à ADN et de séquençage de l'ARN. La première section concerne la normalisation des données (détection et correction de biais techniques) et présente deux nouvelles méthodes que j'ai proposées avec mes co-auteurs et une comparaison de méthodes à laquelle j'ai contribuée. La deuxième section dédiée à la planification expérimentale présente une méthode pour analyser les dispositifs dit en dye-switch.Dans une dernière partie, je montre à travers deux exemples de collaboration, issues respectivement d'une analyse de gènes différentiellement exprimés à partir de données issues de puces à ADN, et d'une analyse du traductome chez l'oursin à partir de données de séquençage de l'ARN, la façon dont les compétences statistiques sont mobilisées et la plus-value apportée par les statistiques aux projets de génomique.
Book Synopsis Intégration de données biologiques by : Christine Froidevaux
Download or read book Intégration de données biologiques written by Christine Froidevaux and published by ISTE Group. This book was released on 2022-07-01 with total page 288 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: L’étude des données biologiques connaît constamment de profonds changements. Le volume des données a d’abord considérablement augmenté en raison des nouvelles techniques haut débit pour les expériences. Puis, les progrès remarquables tant des méthodes d’analyses informatiques et statistiques que des infrastructures ont rendu possible le traitement de ces données volumineuses. L’enjeu qui en résulte est de pouvoir intégrer ces données, c’est-à-dire d’en exploiter la complémentarité dans l’espoir de faire avancer les connaissances. L’intégration des données pour une analyse la plus exhaustive possible constitue ainsi un des défis majeurs de la biologie. Intégration de données biologiques traite de façon pédagogique des travaux de recherche dans la science des données biologiques, il examine les approches informatiques pour l’intégration des données puis les approches statistiques pour l’intégration des données omiques.
Book Synopsis Guide pour la constitution d'une biobanque associée aux études épidémiologiques en population générale by : HENNY Joseph
Download or read book Guide pour la constitution d'une biobanque associée aux études épidémiologiques en population générale written by HENNY Joseph and published by Lavoisier. This book was released on 2012-12-14 with total page 138 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: Les grandes études en population s’accompagnent de plus en plus souvent de la constitution d’une biobanque, associant aux données cliniques, biologiques, environnementales et comportementales collectées la conservation d’échantillons biologiques. Les biobanques constituent ainsi un élément indispensable des dispositifs d’information sur l’état de santé lié aux phénotypes, aux génotypes et aux facteurs d’environnement. La conservation des informations recueillies devient alors indispensable, permettant de disposer de données déjà collectées pour apporter une réponse rapide lorsque surgit une nouvelle question de santé publique ou pour mesurer les paramètres biologiques à l’aide de méthodes plus performantes qu’au moment du recueil des informations ou selon de nouveaux de paramètres. L’objectif de ce livre est de faire le point sur les principaux aspects de la constitution, du fonctionnement et de l’utilisation de biobanques associées à des études en population générale et d’apporter une aide pour l’établissement du cahier des charges d’une biobanque. L’ouvrage comporte : des recommandations générales qui reflètent l’état de l’art en matière d’ingénierie de biobanques ; des éléments relatifs aux principaux choix stratégiques concernant la structure chargée de la conservation des échantillons biologiques et les options techniques pouvant être retenues pour le traitement et la conservation des échantillons ; une présentation de l’infrastructure nationale BIOBANQUES, qui coordonne l’ensemble des biobanques en France et assure le lien avec les structure scientifiques équivalentes à l’échelle européenne et internationale. Cet ouvrage s’adresse : aux médecins et chercheurs impliqués dans la collecte et l’exploitation des ressources biologiques.
Book Synopsis Méthodes Statistiques pour l’analyse de données génétiques d’association à grande échelle by : Mickaël Guedj
Download or read book Méthodes Statistiques pour l’analyse de données génétiques d’association à grande échelle written by Mickaël Guedj and published by . This book was released on 2007 with total page 212 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: Les avancées en Biologie Moléculaire ont accéléré le développement de techniques de génotypage haut-débit et ainsi permis le lancement des premières études génétiques d'association à grande échelle. La dimension et la complexité des données issues de ce nouveau type d'étude posent aujourd'hui de nouvelles perspectives statistiques et informatiques nécessaires à leur analyse, constituant le principal axe de recherche de cette thèse. Après une description introductive des principales problématiques liées aux études d'association à grande échelle, nous abordons plus particulièrement les approches simple-marqueur avec une étude de puissance des principaux test d’association, les approches multi-marqueurs avec le développement d’une méthode fondée sur la statistique du Score Local, et enfin le problème du test-multiple avec l'estimation du Local False Discovery Rate à travers un simple modèle de mélange gaussien.
Download or read book Cybium written by and published by . This book was released on 2009 with total page 92 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt:
Download or read book Neural Networks written by Gérard Dreyfus and published by Springer Science & Business Media. This book was released on 2005-11-25 with total page 509 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: Neural networks represent a powerful data processing technique that has reached maturity and broad application. When clearly understood and appropriately used, they are a mandatory component in the toolbox of any engineer who wants make the best use of the available data, in order to build models, make predictions, mine data, recognize shapes or signals, etc. Ranging from theoretical foundations to real-life applications, this book is intended to provide engineers and researchers with clear methodologies for taking advantage of neural networks in industrial, financial or banking applications, many instances of which are presented in the book. For the benefit of readers wishing to gain deeper knowledge of the topics, the book features appendices that provide theoretical details for greater insight, and algorithmic details for efficient programming and implementation. The chapters have been written by experts and edited to present a coherent and comprehensive, yet not redundant, practically oriented introduction.
Book Synopsis The Tree of Life by : Guillaume Lecointre
Download or read book The Tree of Life written by Guillaume Lecointre and published by Harvard University Press. This book was released on 2006 with total page 568 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: Did you know that you are more closely related to a mushroom than to a daisy? That dinosaurs are still among us? That the terms "fish" and "invertebrates" do not indicate scientific groupings? All this is the result of major changes in classification. This book diagrams the tree of life according to the most recent methods of this system.
Book Synopsis Bulletin Européen de Physiopathologie Respiratoire by :
Download or read book Bulletin Européen de Physiopathologie Respiratoire written by and published by . This book was released on 1982 with total page 882 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt:
Author :International Symposium on Detection of Cancer, 1st, Spa, Belgium, 1968 Publisher : ISBN 13 : Total Pages :932 pages Book Rating :4.:/5 (37 download)
Book Synopsis Comptes Rendus Du Premier Symposium International Sur Le Dépistage Du Cancer by : International Symposium on Detection of Cancer, 1st, Spa, Belgium, 1968
Download or read book Comptes Rendus Du Premier Symposium International Sur Le Dépistage Du Cancer written by International Symposium on Detection of Cancer, 1st, Spa, Belgium, 1968 and published by . This book was released on 1969 with total page 932 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt:
Author :Canada. Department of Fisheries and Oceans Publisher :Peches Et Oceans Direction Generale Des Communications = Fisheries and Oceans Communications Dir ISBN 13 : Total Pages :376 pages Book Rating :4.:/5 (31 download)
Book Synopsis Le Golfe Du Saint-Laurent--petit Océan Ou Grand Estuaire? by : Canada. Department of Fisheries and Oceans
Download or read book Le Golfe Du Saint-Laurent--petit Océan Ou Grand Estuaire? written by Canada. Department of Fisheries and Oceans and published by Peches Et Oceans Direction Generale Des Communications = Fisheries and Oceans Communications Dir. This book was released on 1991 with total page 376 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: Proceedings of a workshop, the scientific reviews and the contributed papers presented at the symposium. The document presents a brief historical summary of marine research in the Gulf; reports the discussions, conclusions and recommendations of the different working groups on oceanography (physics, biology, chemistry and sedimentology) and on the fishery (fish and invertebrates); then presents the discussions of each multidisciplinary working group, centered around how the St. Lawrence system may be used as a natural laboratory which will contribute to the solution of major long-term problems of conservation of natural resources and of the quality of the environment.
Book Synopsis Journal by : Water Pollution Control Federation
Download or read book Journal written by Water Pollution Control Federation and published by . This book was released on 1966-07 with total page 1608 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: In vols. for 1968- the June issue is a "review of current developments in the ... field" called, variously: Literature review, Annual literature review, or Literature review issue.
Download or read book Oogenesis written by Marie-Helene Verlhac and published by John Wiley & Sons. This book was released on 2010-03-04 with total page 516 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: Oogenesis - the process by which female germ cells develop into mature eggs, or ova - is a complex process involving many important elements of developmental and cellular biology: from cell-cell interactions, complex signalling cascades, specialized cell cycles and cytoskeleton organization. Oocytes from various species (including clam, starfish, xenopus and mouse) are excellent model systems to study the biochemistry of cell division with important implications for basic and clinical research. This book describes the entire process of oogenesis in chronological order with contributions from leading international researchers and chapters covering medical and ethical considerations in oogenic biology. Topics include sex determination and gonadal development, control of meiotic chromosome pairing and homologous recombination, control of meiotic divisions and the remodelling of the oocyte into a totipotent zygote as well as medically-assisted reproduction. This volume is an essential resource for all students, researchers and clinicians in developmental and reproductive biology. Key features: Reaches beyond the study of simply meiosis to cover all aspects of oogenesis Synthesizes recent advances in the field, drawing on studies from different model species Chapter sequence designed to follow the time line in vivo Written by an international panel of expert researchers
Book Synopsis The Hygiene Hypothesis and Darwinian Medicine by : Graham A.W. Rook
Download or read book The Hygiene Hypothesis and Darwinian Medicine written by Graham A.W. Rook and published by Springer Science & Business Media. This book was released on 2009-12-24 with total page 312 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: Man has moved rapidly from the hunter-gatherer environment to the living conditions of industrialised countries. The hygiene hypothesis suggests that the resulting reduced exposure to micro-organisms has led to disordered regulation of the immune system, and hence to increases in certain chronic inflammatory disorders, like allergic disorders, autoimmunity, inflammatory bowel disease, atherosclerosis, depression, some cancers and perhaps Alzheimer and Parkinson. This book discusses the evidence for and against in the context of Darwinian medicine, which uses knowledge of evolution to cast light on human diseases. The approach is interdisciplinary, looking at man’s microbiological history, at the biology of the effects of microorganisms on the immune system, and at the implications for chronic inflammatory disorders in multiple organ systems. Finally, the authors describe progress in the exploitation of microorganisms or their components as novel prophylactics and treatments.
Book Synopsis A Guide to Stream Habitat Analysis Using the Instream Flow Incremental Methodology by : Ken D. Bovee
Download or read book A Guide to Stream Habitat Analysis Using the Instream Flow Incremental Methodology written by Ken D. Bovee and published by . This book was released on 1982 with total page 276 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt:
Book Synopsis Pamphlets on Protozoology (Kofoid Collection) by :
Download or read book Pamphlets on Protozoology (Kofoid Collection) written by and published by . This book was released on with total page 574 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt:
Download or read book Tele-oncology written by Giovanna Gatti and published by Springer. This book was released on 2015-06-09 with total page 91 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: This book explains how telemedicine can offer solutions capable of improving the care and survival rates of cancer patients and can also help patients to live a normal life in spite of their condition. Different fields of application – community, hospital and home based – are examined, and detailed attention is paid to the use of tele-oncology in rural/extreme rural settings and in developing countries. The impact of new technologies and the opportunities afforded by the social web are both discussed. The concluding chapters consider eLearning in relation to cancer care and assess the scope for education to improve prevention. No medical condition can shatter people’s lives as cancer does today and the need to develop strategies to reduce the disease burden and improve quality of life is paramount. Readers will find this new volume in Springer’s TELe Health series to be a rich source of information on the important contribution that can be made by telemedicine in achieving these goals.
Book Synopsis Chemoinformatics and Bioinformatics in the Pharmaceutical Sciences by : Navneet Sharma
Download or read book Chemoinformatics and Bioinformatics in the Pharmaceutical Sciences written by Navneet Sharma and published by Academic Press. This book was released on 2021-05-21 with total page 510 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: Chemoinformatics and Bioinformatics in the Pharmaceutical Sciences brings together two very important fields in pharmaceutical sciences that have been mostly seen as diverging from each other: chemoinformatics and bioinformatics. As developing drugs is an expensive and lengthy process, technology can improve the cost, efficiency and speed at which new drugs can be discovered and tested. This book presents some of the growing advancements of technology in the field of drug development and how the computational approaches explained here can reduce the financial and experimental burden of the drug discovery process. This book will be useful to pharmaceutical science researchers and students who need basic knowledge of computational techniques relevant to their projects. Bioscientists, bioinformaticians, computational scientists, and other stakeholders from industry and academia will also find this book helpful. Provides practical information on how to choose and use appropriate computational tools Presents the wide, intersecting fields of chemo-bio-informatics in an easily-accessible format Explores the fundamentals of the emerging field of chemoinformatics and bioinformatics
