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Rmn 20 Et 3d Des Peptides Et Des Proteines Developpements Methodologiques Et Application A Letude Dune Proteine Transporteuse De Phospholipides
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Book Synopsis RMN 20 ET 3D DES PEPTIDES ET DES PROTEINES. DEVELOPPEMENTS METHODOLOGIQUES ET APPLICATION A L'ETUDE D'UNE PROTEINE TRANSPORTEUSE DE PHOSPHOLIPIDES by : JEAN-PIERRE.. SIMORRE
Download or read book RMN 20 ET 3D DES PEPTIDES ET DES PROTEINES. DEVELOPPEMENTS METHODOLOGIQUES ET APPLICATION A L'ETUDE D'UNE PROTEINE TRANSPORTEUSE DE PHOSPHOLIPIDES written by JEAN-PIERRE.. SIMORRE and published by . This book was released on 1991 with total page pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: L'UTILISATION DES TECHNIQUES DE RMN 2D ET 3D A PERMIS L'ATTRIBUTION COMPLETE D'UNE PROTEINE CONSTITUEE DE 90 ACIDES AMINES ET LES PARAMETRES STRUCTURAUX NECESSAIRES POUR DETERMINER SA CONFORMATION TRIDIMENSIONNELLE ONT ETE EXTRAITS. LES TECHNIQUES DE RMN 3D HOMONUCLEAIRE MISES EN PLACE DURANT CETTE THESE ONT FAIT L'OBJET D'AMELIORATIONS TENDANT A ELIMINER CORRECTEMENT LE SIGNAL DE L'EAU, A SUPPRIMER LES ARTEFACTS, A OPTIMISER LES TRANSFERTS HOHAHA AINSI QU'A AUGMENTER LA RESOLUTION SANS ACCROITRE LES TEMPS D'EXPERIENCE. UNE AUTRE PARTIR DU TRAVAIL A PORTE SUR LA MISE EN EVIDENCE DES MOUVEMENTS INTRAMOLECULAIRES D'UN PEPTIDE. IL S'AGISSAIT D'INTERPRETER PLUS CORRECTEMENT LES EFFETS NOE EN TERMES DE CONTRAINTES DE DISTANCE
Book Synopsis DEVELOPPEMENTS METHODOLOGIQUES EN RMN MULTIDIMENSIONNELLE DES PROTEINES by : BERNHARD.. BRUTSCHER
Download or read book DEVELOPPEMENTS METHODOLOGIQUES EN RMN MULTIDIMENSIONNELLE DES PROTEINES written by BERNHARD.. BRUTSCHER and published by . This book was released on 1995 with total page 250 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: L'ATTRIBUTION DES FREQUENCES RMN AUX DIFFERENTS NOYAUX CONSTITUE LA PREMIERE PARTIE D'UNE ETUDE STRUCTURALE ET DYNAMIQUE D'UNE PROTEINE PAR RMN. LA MAJEURE PARTIE DES DEVELOPPEMENTS METHODOLOGIQUES PRESENTES DANS CE TRAVAIL CONTRIBUE A L'OPTIMISATION DE CETTE TACHE SOUVENT LABORIEUSE, DONT LA STRATEGIE GENERALE EST MAINTENANT BIEN ETABLIE. DANS LE CAS DES PROTEINES NON ENRICHIES EN ISOTOPES STABLES (#1#5N, #1#3C), CE SONT LES EXPERIENCES DE LA RMN DU #1H (TOCSY, COSY ET NOESY) QUI PERMETTENT D'EFFECTUER L'ATTRIBUTION DES RESONANCES. UN NOUVEAU SCHEMA D'EDITION DE FREQUENCES A BANDE SELECTIVE EST PRESENTE ET APPLIQUE DANS LES DIFFERENTES EXPERIENCES DE CORRELATION #1H-#1H. PUIS, UNE NOUVELLE EXPERIENCE HOSQC EST PROPOSEE POUR OBTENIR DES PICS DE CORRELATION DE TYPE COSY EN PHASE. ENSUITE, L'APPORT D'UNE EXPERIENCE DE CORRELATION #1H-#1#3C POUR UNE ATTRIBUTION #1H PLUS COMPLETE ET PLUS FIABLE EST DEMONTRE. POUR L'ETUDE DE PROTEINES DE TAILLE INTERMEDIAIRE (100-150 RESIDUS) ENRICHIES EN ISOTOPES STABLES #1#5N ET #1#3C, NOUS AVONS DEVELOPPE UNE SERIE D'EXPERIENCES TRIPLE-RESONANCE (#1H, #1#5N, #1#3C) A DEUX DIMENSIONS FOURNISSANT LA MEME INFORMATION QUE LES VERSIONS 3D INITIALEMENT PROPOSEES EN UN TEMPS REDUIT ET/OU AVEC UNE MEILLEURE RESOLUTION DIGITALE. DE PLUS, UN PROGRAMME D'ATTRIBUTION AUTOMATIQUE (ALPS) A ETE CONCU POUR LEUR INTERPRETATION. CETTE NOUVELLE APPROCHE PERMET D'ACCOMPLIR L'ATTRIBUTION DES RESONANCES DE LA CHAINE PEPTIDIQUE EN QUELQUES SEMAINES. POUR L'ETAPE SUIVANTE LA DETERMINATION DE CONTRAINTES EXPERIMENTALES DANS LE BUT D'UNE MODELISATION DE LA STRUCTURE TRIDIMENSIONNELLE EN SOLUTION NOUS AVONS DEVELOPPE DE NOUVELLES EXPERIENCES 3D-MQ NOESY DOUBLEMENT FILTREES PAR LES DEPLACEMENTS CHIMIQUES DE DEUX HETERONOYAUX (#1#3C, #1#5N). UN JEU DE DISTANCES INTERPROTONS PERMETTANT LE CALCUL AB INITIO D'UNE PREMIERE STRUCTURE DU FERROCYTOCHROME C#2 DE RHODOBACTER CAPSULATUS A PU EN ETRE EXTRAIT DE MANIERE SEMI-AUTOMATIQUE
Book Synopsis DETERMINATION, PAR RMN, DE LA STRUCTURE TRIDIMENSIONNELLE DES PEPTIDES ET DES PROTEINES by : YINSHAN.. YANG
Download or read book DETERMINATION, PAR RMN, DE LA STRUCTURE TRIDIMENSIONNELLE DES PEPTIDES ET DES PROTEINES written by YINSHAN.. YANG and published by . This book was released on 1993 with total page pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: CE TRAVAIL A PERMIS, GRACE A DES TECHNIQUES DE RESONANCE MAGNETIQUE NUCLEAIRE (RMN) A 2 ET 3 DIMENSIONS, A L'ETUDE CONFORMATIONNELLE DE PEPTIDES ET DE PROTEINES EN SOLUTION. UNE PREMIERE APPLICATION CONCERNE UN PEPTIDE (23 ACIDES AMINES) ISSU DE LA BRANCHE N-TERMINALE DE L'ASPARTYL-TARN SYNTHETASE. IL A ETE MONTRE PAR DES EXPERIENCES DE DICHROISME CIRCULAIRE QUE LE PEPTIDE EN SOLUTION AQUEUSE INTERAGIT AVEC POLY(DT). LA TECHNIQUE DE RMN 2D A ETE UTILISEE POUR ATTRIBUER LES SPECTRES PROTON. SUR LA BASE DES CONTRAINTES DE DISTANCES INTER-PROTONIQUE TIREES DES EXPERIENCES NOESY, LA STRUCTURE TRIDIMENSIONNELLE DU PEPTIDE A ETE DETERMINEE. ENSUITE LA TRANSITION CONFORMATIONNELLE D'UNE PROTEINE, L'ALPHA-COBRATOXINE (71 ACIDES AMINES) EN FONCTION DU PH A ETE ETUDIE. L'ATTRIBUTION COMPLETE DES RESONANCES PROTONIQUES A ETE REALISEE A PH NEUTRE PAR DIFFERENTES EXPERIENCES DE RMN 2D. LA RMN COUPLEE AUX CALCULS DE DYNAMIQUE MOLECULAIRE A MONTRE QUE LA CONFORMATION GLOBALE ETAIT CONSERVEE AVEC DES DIFFERENCES LOCALES EN PARTICULIER AU NIVEAU DE L'HISTIDINE 18. LA STRUCTURE D'UNE AUTRE PROTEINE, LA SOUS-UNITE A DE LA CROTOXINE (90 ACIDES AMINES) A ETE EGALEMENT ETUDIEE. L'ATTRIBUTION COMPLETE DES RESONANCES DU PROTON A L'AIDE DES EXPERIENCES RMN-2D ET 3D A ETE EFFECTUEE. LES CARTES 2D NOESY ONT PERMIS L'EVALUATION DES DISTANCES INTER-PROTONIQUES QUI CONSTITUENT AINSI LES CONTRAINTES POUR LES CALCULS DE DYNAMIQUE MOLECULAIRE
Book Synopsis Etude du repliement des protéines par RMN temps réel et autres méthodes biophysiques by : Thomas Cutuil
Download or read book Etude du repliement des protéines par RMN temps réel et autres méthodes biophysiques written by Thomas Cutuil and published by . This book was released on 2012 with total page 0 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: La Beta-2-microglobuline est une protéine de 12kDa, impliquée dans une maladie dûe à un mauvais repliement: l'amylose liée à la dialyse. Elle constitue donc un modèle pour la formation de fibrilles amyloides et pour le repliement des protéines. La B2M est un objet à la fois difficile et fructueux à étudier. La production de B2M est complexe et demande une optimisation important pour obtenir une protéine correctement repliée et atteindre des rendements approprié pour des études de RMN et SAXS. Le repliement de la B2M est sensible au solvent, à la température, à la concentration et souvent aux conditions de préparation. Pourtant notre étude, à l'aide de plusieurs méthodes biophysiques, a pu révéler plusieurs faits essentiels de son mécanisme de repliement et de la structure et propriétés des intermédiaires. Un premier résultat est que le repliement et l'oligomérisation sont deux processus concourants. Une découverte majeure est l'existence d'un équilibre monomère oligomère entre deux états I1 et I2 intermédiaires du repliement. Détecté indirectement à l'aide de RMN temps réel comme SOFAST, I2 a été directement charactérisé en SAXS: Il s'agit probablement d'un dimère. Les états intermédiaires de repliement de B2M avaient été pointés comme favorisant la formation de fibrilles: cela s'explique facilement avec l'existence d'un intermédiaire dimérique. Une combinaison de méthodes biophysiques permet la caractérisation de cet équilibre monomère-oligomère. En SAXS, puis confirmé en RMN, la stoichiométrie de l'équilibre est celle d'un monomère-dimère. Des travaux complémentaires utilisant les techniques développées pour cette étude pourront servir à caractériser plus finement cet équilibre. L'étude approfondie du repliement de B2M pousse les techniques biophysiques dans leurs retranchements: la sensibilité et le temps d'acquisition pour la RMN, la polydispersité pour le SAXS. Pourtant dans les deux cas un grand oligomère I3, qui disparait en quelques minutes, a pu être détecté, ce qui fut confirmé par UV-Fluo. La caractérisation d'I3 demandera des dévelopements méthodologiques supplémentaires, ainsi qu'un nouveau plan d'expérience. D'autres méthodes comme la spectrométrie de masse nano-ESI pourraient représenter des sources d'information utiles. S'attaquer aux limites des méthodes biophysiques pousse au développement méthodologique. Ainsi pour étudier la structure et dynamique d'I1, la méthode d'acquisition continue des données a permis l'attribution des résonnances de cette espèce qui a une demi vie de quelques dizaines de minutes. Un échange conformationnel a été découvert pour l'état I1 du mutant W60G, en développant une méthode de relaxation RMN: R2-BEST-TROSY. Les méthodes développées pour cette étude pourront servir des études sur le repliement d'autres protéines, mais aussi dans d'autres contextes où la demi-vie des objets étudiés est courte, comme dans les expérience RMN intracellulaires. Cette étude est évidemment éloignée d'une application directe dans le combat contre les maladies du mauvais repliement des protéines. Pour autant, la découverte d'états intermédiaires oligomériques souligne que l'oligomérisation et le repliement ne devraient pas être étudiés séparément, mais sont des processus liés. Les développements méthodologiques de cette étude pourront aussi être appliqués à d'autres protéines comme à d'autres contexte. Il est donc permis d'espérer que ces questionnements et développements permettront d'avancer vers une meilleure compréhension de ces maladies.
Book Synopsis Détermination Par Rmn de Structures 3d de Peptides Et de Protéines by : Emeric Wasielewski
Download or read book Détermination Par Rmn de Structures 3d de Peptides Et de Protéines written by Emeric Wasielewski and published by Omniscriptum. This book was released on 2011-05 with total page 200 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: Les fonctions sp cifiques des prot ines r sultent de leurs caract ristiques structurales et dynamiques. La spectroscopie RMN apporte ces deux informations, avec des strat gies d' tudes diff rentes selon la taille des biomol cules. Ce travail pr sente les tudes par RMN de deux types de mol cules intervenant dans deux contextes biologiques diff rents. D'abord le m tabolisme du fer chez les bact ries Gram-n gatif: compr hension de la reconnaissance sp cifique complexe m tallique sid rophore/r cepteur membranaire. Deux sid rophores peptidiques bact riens ont t tudi s (azoverdine d'Azomonas macrocytogenes ATCC 12334 et pyoverdine PaA de Pseudomonas aeruginosa ATCC 15692) en adaptant des m thodes utilis es sur les prot ines (HNCA en abondance naturelle de 13C, couplages dipolaires r siduels (RDC)). Le cas de conform res de PaA en change chimique interm diaire a t tudi . Ensuite la transcription et la r paration de l'ADN via l' tude de trois domaines de sous-unit s du facteur humain de transcription/r paration TFIIH: MAT1 (domaine RING C3HC4), p44 (dynamique et propri t s d' change m tallique du domaine RING C8) et p62 (utilisation des RDC pour le domaine PH).
Book Synopsis DEVELOPPEMENTS METHODOLOGIQUES ET ETUDES DYNAMIQUES DE PROTEINES EN SOLUTION PAR RELAXATION EN RMN by : FLORENCE.. CORDIER
Download or read book DEVELOPPEMENTS METHODOLOGIQUES ET ETUDES DYNAMIQUES DE PROTEINES EN SOLUTION PAR RELAXATION EN RMN written by FLORENCE.. CORDIER and published by . This book was released on 1998 with total page 188 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: DANS LA PREMIERE PARTIE DE CE TRAVAIL, NOUS AVONS PROPOSE LE PRINCIPE DE DIMENSIONALITE REDUITE DANS DES EXPERIENCES HETERONUCLEAIRES MULTIDIMENSIONNELLES SUR DES PROTEINES MARQUEES #1#5N/#1#3C. DEUX EXPERIENCES (3D-MQ-HNCOCA ET 3D-MQ-NOESY DOUBLEMENT FILTREE #1#5N/#1#5N ET/OU #1#5N/#1#3C) UTILISANT CE PRINCIPE ONT ETE MISES AU POINT ET EN ONT MONTRE L'INTERET POUR L'ATTRIBUTION ET LE CALCUL DE STRUCTURE TRIDIMENSIONNELLE PRELIMINAIRE. LA MAJEURE PARTIE DE CE TRAVAIL CONCERNE L'ETUDE DE LA DYNAMIQUE DES PROTEINES DANS LA GAMME PS-MS PAR LA MESURE DE PARAMETRES DE RELAXATION. DANS UN PREMIER TEMPS, LES PARAMETRES DE RELAXATION DES NOYAUX #1#5N CONTENANT L'INFORMATION SUR LA MOBILITE DES VECTEURS N-H DU CYTOCHROME C#2 DE RHODOBACTER CAPSULATUS ONT ETE INTERPRETES EN PARAMETRES DYNAMIQUES GRACE A L'APPROCHE DE LIPARI ET SZABO. LES MOUVEMENTS INTERNES SONT CARACTERISES PAR UN PARAMETRE D'ORDRE ET UN TEMPS DE CORRELATION INTERNE ET SONT SUPERPOSES A UN MOUVEMENT DE REORIENTATION ISOTROPE CARACTERISE PAR UN TEMPS DE CORRELATION GLOBAL. LA QUALITE DES PARAMETRES DYNAMIQUES EXTRAITS NOUS ONT INCITE A CONSIDERER UN MOUVEMENT GLOBAL ANISOTROPE, CARACTERISE PAR UN TENSEUR DE DIFFUSION D. CELUI-CI A PU ETRE CARACTERISE AVEC UNE EXCELLENTE PRECISION ET LES PARAMETRES DE MOBILITE INTERNE ONT PU ENSUITE ETRE EXTRAITS PAR CETTE APPROCHE HYBRIDE AVEC UNE PLUS GRANDE FIABILITE, METTANT EN EVIDENCE LA NATURE RELATIVEMENT COMPACTE DE CETTE PROTEINE MEME SI UNE PLUS GRANDE FLEXIBILITE EST OBSERVEE DANS CERTAINES BOUCLES. ENFIN, L'ETUDE DU VECTEUR CA-CO A ETE ENTREPRISE DANS L'OPTIQUE DE CARACTERISER L'ANISOTROPIE DES MOUVEMENTS LOCAUX, A COTE DE L'INFORMATION ISSUE DU VECTEUR N-H. DES SIMULATIONS DE DYNAMIQUE MOLECULAIRE ONT PERMIS DE PROPOSER DES MODELES DE MOUVEMENTS DU PLAN PEPTIDIQUE POUR CERTAINS RESIDUS ET UNE EXPERIENCE RMN TRIPLE-RESONANCE DESTINEE A LA MESURE DE LA VITESSE DE RELAXATION CROISEE CA-CO A ETE MISE EN PLACE. CE PARAMETRE A FINALEMENT PU ETRE CONVERTI EN PARAMETRE D'ORDRE.
Book Synopsis ETUDE STRUCTURALE PAR RMN DE PEPTIDES ET PROTEINES DU SYSTEME VASOREGULATEUR by : PHILIPPE.. SIZUN
Download or read book ETUDE STRUCTURALE PAR RMN DE PEPTIDES ET PROTEINES DU SYSTEME VASOREGULATEUR written by PHILIPPE.. SIZUN and published by . This book was released on 1991 with total page pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: L'OBJECTIF PRINCIPAL DE CE TRAVAIL EST DE MONTRER COMMENT LA RESONANCE MAGNETIQUE NUCLEAIRE (RMN) PERMET D'ACCEDER A LA STRUCTURE TRIDIMENSIONNELLE DE PEPTIDES ET DE PROTEINES EN SOLUTION. L'ETUDE COMPAREE DE COMPOSES VASOREGULATEURS ALLANT DE PETITS PEPTIDES HORMONAUX A UNE PROTEINE DE 65 RESIDUS, L'HIRUDINE A PERMIS DE DEGAGER LES STRATEGIES 1D ET 2D LES PLUS APPROPRIEES. IL EST APPARU QUE LA TAILLE DU PEPTIDE JOUE UN ROLE FONDAMENTAL DANS LA PROBABILITE DE STRUCTURATION EN SOLUTION, L'ABSENCE DE COOPERATIVITE LIMITANT AINSI LA MOBILITE STRUCTURALE DE PETITS PEPTIDES. CETTE DERNIERE CROIT DES QUE LA TAILLE AUGMENTE OU QUE DES POINTS DE BLOCAGE CONFORMATIONNELS (PONTS DISULFURE) EXISTENT. POUR UNE PROTEINE TELLE QUE L'HIRUDINE, LA COMBINAISON DES DONNEES RMN EXTRAITE D'EXPERIENCES SPECIFIQUES (DEPLACEMENTS CHIMIQUES CONSTANTES DE COUPLAGE, EFFETS OVERHAUSER, ACCESSIBILITE DES PROTONS AMIDES) ET DE LA MODELISATION MOLECULAIRE CONTRAINTE A PERMIS DE PROPOSER UNE STRUCTURE 3D EN SOLUTION. UNE ANALYSE COMPARATIVE DES STRUCTURES OBTENUES ET DE CELLES PREVISIBLES GRACE AUX METHODES DE PREDICTION A MIS EN LUMIERE LA NOTION DE PREDISPOSITION CONFORMATIONNELLE POUVANT SERVIR DE BASE AUX ETUDES DE RELATION STRUCTURE-ACTIVITE
Book Synopsis Peptide And Protein Engineering For Biotechnological And Therapeutic Applications by : Pierre Rousselot-pailley
Download or read book Peptide And Protein Engineering For Biotechnological And Therapeutic Applications written by Pierre Rousselot-pailley and published by World Scientific. This book was released on 2023-01-06 with total page 520 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: Peptides and proteins are crucial biomolecules in life. The manifold functions they carry out range from molecular recognition and signaling to catalysis and immune response. However, the native systems are limited to a reduced toolbox of chemical functionalities as well as tridimensional structures. Widening these toolboxes could pave the way to engineer peptides and proteins with enhanced properties compared to their native counterparts and/or with structures and functions unprecedented in Nature. Advances in the chemical and biological synthesis of peptides and proteins, in computational tools, in molecular biology and in high-throughput screening methods are making this realm possible.This book aims to give an overview of the last developments in the field of peptide and protein engineering. It comprises a collection of chapters that span from the production of simple non-proteinogenic building blocks and peptidic scaffolds of different sizes and structures to more complex systems including peptide-based nanomaterials, enzymes and artificial metalloenzymes. Different strategies are described where chemical and biological tools have been developed and combined to attain the desired properties and sought functionalities.The diverse systems described in this book highlight the progress in this important field and represent the starting points for the development of functional biomolecules, biomaterials and hybrid systems capable of addressing key societal challenges of our times in relevant areas such health, environment and energy.
Book Synopsis TECHNIQUES DE MODELISATION MOLECULAIRE DEDIEES A L'ETUDE STRUCTURALE DE PEPTIDES ET PROTEINES EN SOLUTION, A PARTIR DE DONNEES DE RMN. APPLICATION A L'ETUDE DE LA COMPLEMENTATION D'UN MUTANT DE LA PHOSPHOGLYCERATE KINASE ET DU CHANGEMENT CONFORMATIONNEL PH-DEPENDANT DE L'ALPHA-COBRATOXINE by : Éric Leroy
Download or read book TECHNIQUES DE MODELISATION MOLECULAIRE DEDIEES A L'ETUDE STRUCTURALE DE PEPTIDES ET PROTEINES EN SOLUTION, A PARTIR DE DONNEES DE RMN. APPLICATION A L'ETUDE DE LA COMPLEMENTATION D'UN MUTANT DE LA PHOSPHOGLYCERATE KINASE ET DU CHANGEMENT CONFORMATIONNEL PH-DEPENDANT DE L'ALPHA-COBRATOXINE written by Éric Leroy and published by . This book was released on 1996 with total page 226 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: LES TECHNIQUES DE MODELISATION MOLECULAIRE PERMETTENT DE RECONSTRUIRE ET D'ETUDIER DES MODELES DE STRUCTURE 3D DE MOLECULES PROTEIQUES EN SOLUTION A PARTIR DE DONNEES DE RESONANCE MAGNETIQUE NUCLEAIRE. DES MODELES DE STRUCTURE 3D D'UN DODECAPEPTIDE DE SYNTHESE COMPLEMENTANT UN MUTANT DE LA PHOSPHOGLYCERATE KINASE ONT ETE RESOLUS A PARTIR DE DONNEES D'EFFET NUCLEAIRE OVERHAUSER TRANSFERE. CES MODELES CONFORTENT L'HYPOTHESE DE LA COMPLEMENTATION STRUCTURALE DU MUTANT. LA MODELISATION DU COMPLEXE SOLVATE MUTANT/PEPTIDE A FAIT APPARAITRE DES LIMITES DANS LA CAPACITE DES CHAMPS DE FORCE A TRAITER LES ERREURS CONFORMATIONNELLES LOCALES. L'ETABLISSEMENT DE MODELES DE STRUCTURE 3D DE L'ALPHA-COBRATOXINE A PH NEUTRE A PERMIS D'ETUDIER, A L'ECHELLE ATOMIQUE, LES DIFFERENCES CONFORMATIONNELLES PH-DEPENDANTES DE CETTE PROTEINE. LE CHANGEMENT CONFORMATIONNEL ENTRE LES DEUX ETATS STABLES DE LA MOLECULE A ALORS ETE MODELISE PAR LA METHODE DE SIMULATION DE DYNAMIQUE DIRIGEE. CETTE TECHNIQUE A PERMIS DE METTRE EN EVIDENCE LES DIFFERENTS RESIDUS IMPLIQUES DANS LA TRANSITION
Book Synopsis Les peptides d'ancrage à l'interface membranaire by : Nicolas Sapay
Download or read book Les peptides d'ancrage à l'interface membranaire written by Nicolas Sapay and published by . This book was released on 2006 with total page 239 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: Les protéines membranaires représentent environ 25% des séquences codantes dans les génomes. On distingue deux catégories de protéines membranaires : les protéines polytopiques, traversant une ou plusieurs fois la membrane, et les protéines monotopiques, interagissant avec un seul côté de la membrane. Dans ce cas, l'ancrage membranaire peut être constitué d'une ou plusieurs hélices amphipathiques localisées à l'interface de la membrane, parallèlement au plan de la bicouche phospholipidique. Ce mode d'ancrage membranaire, aussi appelé ancrage "IPM" pour "in-plane membrane anchor", est mal compris et aucune méthode de prédiction n'est disponible. Dans ce contexte, ce travail de thèse a eu deux objectifs : (1) l'étude de l'ancrage membranaire de la protéine NS5A présente chez le virus de l'hépatite C, les GB virus et les pestivirus et (2) le développement d'une méthode bioinformatique de prédiction des ancrages IPM. Le premier objectif a abouti à la caractérisation structurale du domaine membranaire de NS5A chez le virus de la diarrhée bovine, un pestivirus, par RMN en milieux mimétiques de membranes (détergent, solvant organique). Son étude par dynamique moléculaire à l'interface eau-dodecane et en bicouche de phospholipides a permis de comprendre la façon dont il s'adapte à une interface hydrophobe-hydrophile. Le second objectif a abouti à l'élaboration de la méthode AmphipaSeeK, permettant de prédire les ancrages IPM dans les séquences protéiques. Cette méthode est basée sur un lot de 21 protéines membranaires monotopiques possédant un ancrage IPM caractérisé expérimentalement. Elle utilise une machine à vecteurs-supports comme système de classificiation, et s'est montrée très spécifique. AmphipaSeek a été implémentée sur NPS@, le serveur Web d'analyse de séquence du laboratoire (http://npsa-pbil.ibcp.fr). L'ensemble de ces travaux a permis de mieux caractériser les propriétés structurales des ancrages IPM des protéines NS5A
Book Synopsis DEVELOPPEMENTS METHODOLOGIQUES POUR L'ANALYSE ET LA MODELISATION DES PROTEINES by : Gilles Labesse
Download or read book DEVELOPPEMENTS METHODOLOGIQUES POUR L'ANALYSE ET LA MODELISATION DES PROTEINES written by Gilles Labesse and published by . This book was released on 1996 with total page 166 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: LES PROTEINES SONT DES CONSTITUANTS ESSENTIELS DU MONDE VIVANT, D'UNE GRANDE VARIETE FONCTIONNELLE ET STRUCTURALE. LA COMPREHENSION DES DIFFERENTS MECANISMES BIOLOGIQUES IMPLIQUE L'IDENTIFICATION DU ROLE DE CHAQUE PROTEINE. LA FONCTION D'UNE PROTEINE EST DICTEE PAR SA STRUCTURE, ELLE-MEME CODEE PAR SA SEQUENCE EN ACIDES AMINES. LA CONNAISSANCE DE LA STRUCTURE EST PRIMORDIALE POUR L'ANALYSE OU LA MODIFICATION DE L'ACTIVITE D'UNE PROTEINE. NOUS AVONS ETUDIE LES RELATIONS ENTRE LA SEQUENCE ET LA STRUCTURE TRIDIMENSIONNELLE DES PROTEINES ET MIS AU POINT UNE METHODOLOGIE POUR RELIER DES FAMILLES DE SEQUENCES A DES REPLIEMENTS TRIDIMENSIONNELS. AINSI, NOUS AVONS PU IDENTIFIER DE NOUVELLES FAMILLES DE PROTEINES. POUR AMELIORER CES ANALYSES STRUCTURALES, NOUS AVONS DEVELOPPE DE NOUVEAUX PROGRAMMES POUR LA RECHERCHE DE SIMILARITE, L'ASSIGNATION DES STRUCTURES SECONDAIRES ET LA MODELISATION MOLECULAIRE. LES RESULTATS DE CES METHODES D'ANALYSES STRUCTURALES ONT ETE VALIDES PAR COMPARAISONS AVEC LES DONNEES EXPERIMENTALES QUI ONT PU ETRE OBTENUES, NOTAMMENT, DANS LE CADRE DE L'ETUDE DU DOMAINE HEMOGLOBINE D'UNE NOUVELLE PROTEINE (FHP) DE LA BACTERIE PHYTOPATHOGENE ERWINIA CHRYSANTHEMI. L'ANALYSE DE LA SEQUENCE DE LA FHP NOUS AVAIT CONDUIT A POSTULER L'EXISTENCE D'UN NOUVEAU DOMAINE HEMOGLOBINE POUVANT ECHANGER DES ELECTRONS AVEC LES AUTRES DOMAINES DE LA FHP. CE DOMAINE A ETE ISOLE PAR GENIE GENETIQUE ET PURIFIE. LES DONNEES BIOCHIMIQUES ET SPECTROSCOPIQUES, NOTAMMENT DE RMN, ONT CONFIRME LA NATURE DE CE DOMAINE ET MONTRE DES PROPRIETES NOUVELLES (TRANSFERT D'ELECTRON ET FORTE AFFINITE POUR L'OXYGENE). LA STRUCTURE DE CE DOMAINE A ETE MODELISEE PAR HOMOLOGIE. DES RELATIONS ENTRE LA STRUCTURE ET LES CARACTERISTIQUES PARTICULIERES DE CE DOMAINE SONT PROPOSEES
Book Synopsis Peptide and Protein Engineering by : Olga Iranzo
Download or read book Peptide and Protein Engineering written by Olga Iranzo and published by Humana. This book was released on 2020-07-09 with total page 0 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: This thorough book aims to present the methods that have enabled the success of peptides and proteins in a wide variety of applications. It opens with a section on chemical tools applied to the production or engineering of peptides and proteins, and concludes with a collection of chapters on biological approaches used to engineer structure and function in peptides and proteins. As a book in the Springer Protocols Handbooks series, chapters include the kind of detailed descriptions and tips necessary for successful results in practice. Authoritative and practical, Peptide and Protein Engineering: From Concepts to Biotechnological Applications will be of great use to scientists in academia and industry seeking a better understanding of the emerging principles and methodologies in peptide and protein engineering.
Book Synopsis Développement d'une méthode d'interprétation rapide des spectres RMN pour les protéines by : Marie-Aude Coutouly
Download or read book Développement d'une méthode d'interprétation rapide des spectres RMN pour les protéines written by Marie-Aude Coutouly and published by . This book was released on 2005 with total page 232 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: L'identification des signaux RMN en terme d'acide aminé est connu sous le terme d'attribution. Cette étape est incontournable non seulement lorsque l'on veut déterminer la structure d'une protéine par RMN mais également lorsque l'on a une structure cristallographique et que l'on veut étudier plus avant une protéine.Le programme QUASI pour QUick Access to Spectral Interpretation a été développé afin d'assister l'attribution. Ce nouvel outil permet, grâce à son interface graphique, la présentation de résultats obtenus à partir de références issues d'horizons divers.Les résultats obtenus sur des protéines de tailles différentes telles que l'-actinine EF-34 (75 acide-aminés) et le fragment 24 kDa de la sous-unité B de l'ADN-gyrase (220 acide-aminés) sont précis et fiables.La seconde partie de ce manuscrit est dédiée à l'étude de la dynamique du fragment 24 kDa de la sous-unité B de l'ADN-gyrase. Cette étude est menée à 3 températures 298 K, 303 K et 310 K en présence de 2 ligands ADPNP ou novobiocine. Le fragment s'avère subir des mouvements à différentes échelles de temps. Les boucles, qui se ferment et s'ouvrent sur la poche active, présentent des mouvements particulièrement difficiles à définir.
Book Synopsis Peptide Transport in Protein Nutrition by :
Download or read book Peptide Transport in Protein Nutrition written by and published by . This book was released on 1975 with total page 503 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt:
Book Synopsis DETERMINATION PAR RMN DE LA STRUCTURE DE PROTEINES EN SOLUTION by : AFAF.. MIKOU
Download or read book DETERMINATION PAR RMN DE LA STRUCTURE DE PROTEINES EN SOLUTION written by AFAF.. MIKOU and published by . This book was released on 1990 with total page pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: DANS LE CADRE DE L'ETUDE DE LA RELATION STRUCTURE-ACTIVITE, CE TRAVAIL SE PROPOSE D'ETABLIR UNE STRATEGIE DE DETERMINATION, PAR RESONANCE MAGNETIQUE NUCLEAIRE (RMN), DE STRUCTURE DE PROTEINES EN SOLUTION. POUR CE FAIRE, TOUTES LES ETAPES DE L'ETUDE CONFORMATIONNELLE D'UNE PROTEINE SONT DECRITES DEPUIS L'ECHANTILLON DANS UN TUBE RMN JUSQU'A LA STRUCTURE TERTIAIRE EN SOLUTION. DANS CETTE DEMARCHE GENERALE, L'ATTRIBUTION DES RESONANCES AUX DIVERS PROTONS EST UNE ETAPE CLE. UNE STRATEGIE ORIGINALE D'ATTRIBUTION EST DECRITE: ELLE SE COMPOSE D'UNE VARIANTE DE LA METHODE DES SIGNATURES (MAIN CHAIN DIRECTED) QUI PERMET D'IDENTIFIER RAPIDEMENT LES STRUCTURES SECONDAIRES COMPLETEES PAR L'ATTRIBUTION SEQUENTIELLE CLASSIQUE. LA METHODE A ETE APPLIQUEE A L'ATTRIBUTION COMPLETE DE DEUX TOXINES: L'ALPHA COBRATOXINE (71 ACIDES AMINES) EXTRAITE DU VENIN DU NAJA NAJA SIAMENSIS ET LA TOXINE III (64 ACIDES AMINES) DU SCORPION ANDROCTONUS AUSTRALIS HECTOR. L'ANALYSE DETAILLEE ET PRECISE DES CARTES NOESY A CONDUIT A UN GRAND NOMBRE DE CONTRAINTES DE DISTANCES INTERPROTONIQUES. CES CONTRAINTES STRUCTURALES ONT ETE INCORPOREES DANS DES CALCULS DE CONVERSION DISTANCE-GEOMETRIE (VEMBED) ET DE DYNAMIQUE MOLECULAIRE (AMBER). POUR CHACUNE DES DEUX TOXINES, UNE STRUCTURE PRELIMINAIRE EST OBTENUE ET EST ACTUELLEMENT EN COURS DE RAFFINEMENT
Book Synopsis ETUDE PAR RMN 2D DE LA STRUCTURE TRIDIMENSIONNELLE EN SOLUTION AQUEUSE, DE PROTEINES DE TRANSFERT DE LIPIDES, ET DE LEURS INTERACTIONS AVEC LES LIPIDES by : MARIE-CHRISTINE.. PETIT
Download or read book ETUDE PAR RMN 2D DE LA STRUCTURE TRIDIMENSIONNELLE EN SOLUTION AQUEUSE, DE PROTEINES DE TRANSFERT DE LIPIDES, ET DE LEURS INTERACTIONS AVEC LES LIPIDES written by MARIE-CHRISTINE.. PETIT and published by . This book was released on 1994 with total page 168 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: LES PROTEINES DE TRANSFERT DE LIPIDES (NS-LTP) D'ORIGINE VEGETALE, FORMENT UNE FAMILLE DE PETITES PROTEINES (ENVIRON 9000 DALTONS), BASIQUES, QUI COMPRENNENT DANS LEURS SEQUENCES HUIT CYSTEINES ORGANISEES EN QUATRE PONTS DISULFURE. LE ROLE BIOLOGIQUE DE CES PROTEINES EST ENCORE MAL CONNU. IN VITRO, ELLES TRANSFERENT LES LIPIDES D'UNE MEMBRANE ARTIFICIELLE A UNE AUTRE. CE TRAVAIL PRESENTE LA DETERMINATION PAR RESONANCE MAGNETIQUE NUCLEAIRE (RMN), DE LA STRUCTURE TRIDIMENSIONNELLE EN SOLUTION DE LA NS-LTP EXTRAITE DU MAIS. DANS CE BUT DES EXPERIENCES DE RMN 2D DU TYPE TQF COSY ET COSY DQ, ONT ETE UTILISEES POUR RESOUDRE LES PROBLEMES D'ATTRIBUTION DES SPECTRES, INHERENTS A LA REPETITION DE CERTAINS ACIDES AMINES (SER, ALA, GLY). A PARTIR DES CONTRAINTES DEDUITES DES EXPERIENCES NOESY, LA STRUCTURE DE LA NS-LTP DE MAIS PU ETRE MODELISEE. IL S'AGIT D'UN ENROULEMENT DROIT DE QUATRE HELICES. AFIN D'APPREHENDER LES RELATIONS STRUCTURE/FONCTION DE CES PROTEINES, DES ETUDES ONT ETE ENTREPRISES SUR LES INTERACTIONS ENTRE LA NS-LTP DE MAIS ET DES PHOSPHOLIPIDES TELS QUE LA LYSOLAUROYL-PHOSPHATIDYLCHOLINE ET LA LYSO-PALMITOYL-PHOSPHATIDYLCHOLINE. POUR POUVOIR ETABLIR UNE COMPARAISON AVEC UNE PROTEINE DE LA MEME FAMILLE, DONT LA STRUCTURE A ETE RESOLUE AU LABORATOIRE, CES MEMES ETUDES ONT ETE REALISEES AVEC LA NS-LTP DE BLE. LES DONNEES DE LA RMN SUGGERENT UNE FIXATION DU LIPIDE A L'INTERIEUR DES POCHES HYDROPHOBES DES DEUX PROTEINES
Book Synopsis ETUDE DYNAMIQUE ET CONFORMATIONNELLE DE PEPTIDES PAR RMN by : PATRICIA.. RABIER
Download or read book ETUDE DYNAMIQUE ET CONFORMATIONNELLE DE PEPTIDES PAR RMN written by PATRICIA.. RABIER and published by . This book was released on 1999 with total page 266 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: LA RELAXATION DU 1 3C NOUS FOURNIT DES INFORMATIONS SUR LA DYNAMIQUE DES PROTEINES. LA NATURE DES MOUVEMENTS DANS LES PROTEINES EST MAL CONNUE, NEANMOINS, IL EST GENERALEMENT ADMIS QU'ILS AIDENT A LA RECONNAISSANCE MUTUELLE ENTRE MOLECULES AINSI QU'A LA CATALYSE ENZYMATIQUE. GRACE AU DEVELOPPEMENT DE TECHNIQUES RMN PERMETTANT D'ENREGISTRER PLUS RAPIDEMENT LES PARAMETRES DE RELAXATION, NOUS AVONS ENTREPRIS L'ETUDE DYNAMIQUE DE DIFFERENTS PEPTIDES. PMP-D2 (35 RESIDUS) A AINSI ETE ETUDIE EN FONCTION DE LA TEMPERATURE ; PMP-C (36 RESIDUS), PRESENTANT 35% D'HOMOLOGIE AVEC LE PRECEDENT MAIS NATURELLEMENT FUCOSYLE. L'ETUDE DES DEUX FORMES GLYCOSYLEE OU NON DE CE PEPTIDE REVELE QUE LE FUCOSE RALENTIT LA FREQUENCE DES MOUVEMENTS DU PEPTIDE ET PAS UNIQUEMENT DE LA REGION A LAQUELLE IL EST ATTACHE. L'ETUDE DE PMP-D2 MET EN VALEUR LA COMPLEXITE DES MOUVEMENTS ANIMANT UN PEPTIDE. ENFIN, UN DERNIER CHAPITRE EST CONSACRE A L'ANALYSE CONFORMATIONNELLE DE PETITS PEPTIDES, FRAGMENTS DE PROTEINES. DE TELS FRAGMENTS SONT SOUVENT ETUDIES POUR DES RAISONS PRATIQUES. ILS SONT FACILEMENT SYNTHETISABLES ET LEUR ANALYSE CONFORMATIONNELLE EST PLUS FACILE ET PLUS RAPIDE. NEANMOINS, DES FRAGMENTS, ISOLES DE LEUR ENVIRONNEMENT PROTEIQUE, N'ONT SOUVENT PAS UNE CONFORMATION BIEN DEFINIE.
