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Modelisation Incrementale Des Reseaux Biologiques
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Book Synopsis Modélisation incrémentale des réseaux biologiques by : Anastasia Yartseva Smidtas
Download or read book Modélisation incrémentale des réseaux biologiques written by Anastasia Yartseva Smidtas and published by . This book was released on 2007 with total page 172 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: Le domaine scientifique de la Biologie des Systèmes étudie les interactions entre les composantes d'un système biologique afin d'en comprendre son fonctionnement global. Au cours de cette these, nous avons d’abord utilisé des graphes simples. Cette approche a permis d' appréhender la manière dont un réseau biologique peut interagir avec son environnement, lui-même modélisé par un autre réseau. Nous avons ensuite défini le formalisme MIB (Model of Interactions in Biology) qui permet de définir, rechercher et étudier les motifs hétérogènes. Enfin pour approfondir l'étude de la structure et de la dynamique, nous avons proposé le formalisme MIN. MIN possède la structure bipartie de MIB, mais permet d'avoir des annotations beaucoup plus riches des noeuds et des arcs du réseau qui peuvent être utilisées pour la traduction des données automatiquement en d'autres formalismes couramment utilisés en modélisation biologique, tels que les équations différentielles ou la modélisation logique.
Book Synopsis Modélisation de réseaux biologiques by : Kirill Evlampiev
Download or read book Modélisation de réseaux biologiques written by Kirill Evlampiev and published by . This book was released on 2007 with total page 204 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: Dans le présent mémoire, nous avons analysé les effets de l'évolution par duplication-divergence à différentes échelles génétiques sur les propriétés des réseaux d'interactions protéine-protéine et des réseaux de régulation transcriptionnelle. Pour les réseaux d'interactions protéine-protéine, nous avons démontré l'existence de deux régimes dynamiques stationnaires de croissance, exponentiel et sans échelle, et un régime non stationnaire dense. Nous avons trouvé que ces propriétés s'expliquent par la conservation statistique des protéines au cours de l'évolution et sont liées à la divergence asymétrique des gènes suivant leur duplication. Nous avons montré, en particulier, que les réseaux stationnaires conservés qui sont potentiellement les seuls d'intérêt biologique, sont aussi nécessairement sans échelle indépendamment des variations des paramètres microscopiques au cours de l'évolution. Ces conclusions sont confirmées par la comparaison des prédictions du modèle avec les propriétés mesurées de réseaux réels (la levure S.Cerevisiae). Pour les réseaux de régulation transcriptionnelle, nous avons identifié des régimes similaires pour les structures locales des connectivités in et out et avons montré que l'asymétrie observée entre degrés in et out dans les réseaux réels est la conséquence directe de l'asymétrie fonctionnelle entre les gènes régulateurs (facteurs de transcription) et leurs gènes cibles régulés.
Book Synopsis Modélisation grande échelle de réseaux biologiques by : Philippe Veber
Download or read book Modélisation grande échelle de réseaux biologiques written by Philippe Veber and published by . This book was released on 2007 with total page 147 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: Les techniques de biologie moléculaire haut-débit permettent de mesurer un grand nombre de variables simultanément. Nous abordons la question de leur intégration : comment combiner les différentes sources dans un modèle et en tirer des conclusions pertinentes ? Nous introduisons un critère de consistance entre un modèle graphique des régulations cellulaires et des données de déplacement d'équilibre. Nous montrons ensuite comment l'utiliser pour obtenir des prédictions ou proposer des corrections en cas d'incompatibilité. Ces différentes tâches impliquent la résolution de contraintes à variables sur domaines finis, pour lesquelles nous proposons deux approches complémentaires. L'utilisation de ces techniques est illustrée avec des données réelles sur la bactérie E. coli et sur la levure. Nous montrons enfin, sur ces données, comment notre critère de consistance nous permet d'arriver à des prédictions robustes, ainsi que des corrections pertinentes du modèle étudié.
Book Synopsis Méthodes pour l'ingénierie des réseaux biologiques by : Hedi Ben Amor
Download or read book Méthodes pour l'ingénierie des réseaux biologiques written by Hedi Ben Amor and published by Presses Academiques Francophones. This book was released on 2013 with total page 272 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: Cet ouvrage concerne l'ingenierie des systemes complexes a partir d'une dynamique souhaitee et quelques connaissances sur leurs structures. En premiere partie, nous nous interessons aux populations d'oscillateurs et aux reseaux de regulation genetique. Dans une premiere partie, nous nous fondons sur une hypothese, introduite en neurosciences, qui souligne le role de la synchronisation neuronale dans le traitement de l'information cognitive. Nous proposons de l'utiliser sur un plan plus large pour etudier la calcul a base de populations d'oscillateurs. En deuxieme partie, nous proposons d'utiliser une approche par contraintes pour identifier des reseaux de regulation genetique a partir de connaissances partielles sur leur dynamique et leur structure. Nous montrons l'absence d'unicite des solutions dans l'ensemble des modeles valides ainsi que le potentiel de cette approche dans la determination et la classification de modeles de reseaux de regulation genetique. Ce travail s'adresse a des chercheurs et des doctorants en informatique interesses par la modelisation des systemes biologiques et par des nouvelles methodes de calcul non conventionnel.
Book Synopsis Modélisation de la dynamique des réseaux biologiques by : Hana Hazgui
Download or read book Modélisation de la dynamique des réseaux biologiques written by Hana Hazgui and published by . This book was released on 2015 with total page 0 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: Dans cette thèse, nous nous intéressons à la modélisation statistique de données biologiques, et plus particulièrement à l'étude de l'information génétique et protéique.Dans un premier volet, nous avons amélioré un modèle statistique des données immunologiques existant chez la souris, que nous avons transposé à l'homme, afin d'étudier les différentes recombinaisons qui apparaissent au sein du thymus, à la fin de la vie embryonnaire, entre les segments des gènes de la portion V(D)J du chromosome 14 humain, appelées recombinaisons V(D)J.Dans un deuxième volet, nous avons étudié l'information génétique par le biais des réseaux de régulations génétique, celui de la maladie familiale « atrésie biliaire », ainsi que dans les réseaux de contrôle du système immunitaire, que nous avons appelés « Immunetworks ».Dans un troisième volet, nous proposons une nouvelle approche de la compression des données biologiques, qui intègre une étape de modélisation des processus dynamiques qui leur ont donné naissance : nous avons appelé cette approche la transformée Dynalet et nous l'appliquons, entre autres, à des signaux de spectrométrie RMN (Résonance Magnétique Nucléaire) des protéines et acides nucléiques. Cette méthode consiste à convertir les signaux de spectrométrie en sons, afin de construire une lutherie anharmonique permettant de reproduire les pics de relaxation périodisés, issus des spectres RMN des 20 acides aminés, ainsi que de ceux des 4 bases nucléiques azotées.
Book Synopsis Modélisation et simulation de systèmes biologiques à l'aide de réseaux de Pétri by : Simon Hardy
Download or read book Modélisation et simulation de systèmes biologiques à l'aide de réseaux de Pétri written by Simon Hardy and published by . This book was released on 2004 with total page 166 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt:
Book Synopsis Modélisation algébrique de la dynamique multi-échelles des réseaux de régulation biologique by : Maxime Folschette
Download or read book Modélisation algébrique de la dynamique multi-échelles des réseaux de régulation biologique written by Maxime Folschette and published by . This book was released on 2014 with total page 141 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt:
Book Synopsis Modélisation Et Analyse Des Réseaux de Régulation Biologiques by : Jonathan Fromentin
Download or read book Modélisation Et Analyse Des Réseaux de Régulation Biologiques written by Jonathan Fromentin and published by Omniscriptum. This book was released on 2010-06 with total page 116 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: Les r seaux de r gulation biologiques sont des syst mes complexes dans lesquels les entit s biologiques interagissent entre elles, faisant ainsi merger des comportements particuliers. Dans mon activit de recherche, j'ai propos une m thodologie g n rale afin de mieux comprendre les m canismes en jeu dans ces r seaux de r gulation et tout particuli rement dans ceux ayant un comportement oscillatoire. De fa on g n rale, les diff rentes parties de cette m thodologie ont pour but, soit d'analyser des syst mes biologiques de plus en plus grands, soit de raffiner les analyses sur des mod les moins cons quents. Ces travaux utilisent les propri t s temporelles des mod les biologiques qui sont souvent abondantes mais encore relativement peu exploit es. Pour parvenir int grer les donn es temporelles, j'ai d velopp des mod lisations hybrides qui combinent dans leurs comportements des aspects purement qualitatifs ainsi que des aspects quantitatifs.
Book Synopsis Étude Des Réseaux Biologiques À Grande Échelle Par Modélisation Statique Et Résolution Des Contraintes by : Carito Guziolowski
Download or read book Étude Des Réseaux Biologiques À Grande Échelle Par Modélisation Statique Et Résolution Des Contraintes written by Carito Guziolowski and published by . This book was released on 2010 with total page 171 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: To this date many approaches exist that model a genetic regulatory network in order to elucidate the dynamics of the system. These methods focus, however, mainly on small-scale regulatory models. In this thesis we use a formal approach over qualitative large-scale regulatory networks, that models the equilibrium shift of the cell molecules between two steady states. We test the coherency between the network topology and gene expression data, by using a general interaction logical causal rule. The outputs of our approach are to measure the consistency of our data, diagnose inconsistent regions of the network with respect to the experimental data, and infer the qualitative variation of new network molecules. Our method reasons over the whole network of interactions using eefficient algorithms based either on decision diagrams, dependency graphs, or answer set programming. We proposed programs and bioinformatic tools that, based on these efficient implementations, automatize this reasoning. We validated this approach using the transcriptional networks of E. coli and S. cerevisiae, and the signaling network of the EWS-FLI1 human oncogene. Our main results were: (1) high prediction accuracy of the shifts of the network molecules, (2) effective manual and automatic corrections of the model and/or data, (3) automatic inference of the role of transcription factors, and (4) automatic reasoning over the causes that influence important phenotypes on a signaling network. All in all, we provided a methodology that can be applied to complete regulatory networks built at different molecular levels, by exploiting the constantly increasing high-throughput outputs.
Book Synopsis Modélisation bioinformatique des réseaux de régulation génétique et métabolique by :
Download or read book Modélisation bioinformatique des réseaux de régulation génétique et métabolique written by and published by . This book was released on 2011 with total page 206 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: L'analyse des réseaux biologiques est confrontée à la complexité des régulations entre les différentes entités en présence (gènes, métabolites, enzymes, facteurs de transcription). Dans cette thèse, nous proposons une approche générale afin de mieux intégrer les régulations de l'expression des gènes dans l'étude du comportement des réseaux métaboliques. Le but visé par les trois parties de notre approche est de faciliter l'identification des cibles potentielles de la dérégulation des processus biologiques spécifiques. Ainsi notre approche a été appliquée à l'étude du métabolisme des monocarbones (MMC). La première partie de notre approche consiste à concevoir des modèles mathématiques en se basant sur la théorie des systèmes dynamiques avec intégration des conditions expérimentales dans l'identification des paramètres de chaque modèle. Dans cette partie, nous construisons un modèle continu de réseau métabolique en intégrant les conditions expérimentales à l'aide de la programmation logique. Cette partie nous permet de compléter la démarche usuelle de modélisation continue des réseaux métaboliques en y intégrant les connaissances biologiques en fonction des conditions expérimentales. Une application de notre méthode sur le MMC nous a permis d'étudier le déficit en folates, la mutation génétique de la MTHFR avant d'isoler les métabolites qui sont modulées par ces anomalies biologiques. La deuxième partie porte sur l'analyse bioinformatique des données d'expression des gènes (ADE). Nous avons proposé dans cette partie une démarche intégrée en 12 étapes pour l'analyse des données d'expression des gènes issues des techniques microarray et de PCR. Cette démarche a été appliquée à 4 jeux de données expérimentales pour étudier l'impact des contaminants alimentaires (arsenic et fumonisine) sur la régulation des processus biologiques. Les résultats obtenus ont permis de valider expérimentalement certaines hypothèses de la première partie et de comprendre l'impact de ces contaminants alimentaires sur les gènes du MMC en présence ou en l'absence des folates. La troisième partie du travail consiste à construire formellement la relation entre le gène et le métabolite. Nous avons alors construit un réseau de régulation floue à partir des résultats d'analyse d'expression de gènes de la partie précédente. Le réseau a été construit en utilisant la théorie de la logique floue et les contraintes spécifiques issues des connaissances de la littérature et du réseau métabolique de la première partie. Une fois le réseau des gènes construit, nous avons intégré l'influence des facteurs de transcription et le modèle métabolique de la première partie afin d'obtenir le modèle de la régulation gène-métabolite. L'application de notre approche à l'étude du métabolisme des monocarbones a permis de comprendre l'influence du déficit en donneur du groupement méthyle (le 5-méthyltétrahydrofolate) et l'influence de la présence de contaminants alimentaires (arsenic et fumonisine B1). Les résultats montrent par simulation que le déficit en groupement méthyle provoque des modifications transcriptionnelles dans les voies de transméthylation et de reméthylation. Ce qui a été confirmé expérimentalement avec les données d'expression des gènes.
Book Synopsis Modélisation et simulation de processus de biologie moléculaire basées sur les réseaux de Pétri : une revue de la littérature by : Hardy, Simon
Download or read book Modélisation et simulation de processus de biologie moléculaire basées sur les réseaux de Pétri : une revue de la littérature written by Hardy, Simon and published by Montréal : École polytechnique. This book was released on 2003 with total page 19 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt:
Book Synopsis Service Modelling by : Vilho Räisänen
Download or read book Service Modelling written by Vilho Räisänen and published by John Wiley & Sons. This book was released on 2007-01-11 with total page 296 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: Learn how to use service modelling to streamline and optimize processes! Information about customer needs, the technical composition of services, and service performance are fundamental to effective service management. Service modelling is a structured approach to utilizing this information to improve the way services are delivered. Consistent application of service modelling provides the automation of processes and timely access to information. Service Modelling presents a comprehensive, up-to-date overview of the topic, presented in the context both of business processes, and of requirements stemming from the need to manage network resources. Vilho Raisanen delivers a justification for service modelling, and explains state-of-the-art concepts, frameworks and standards in detail. Service Modelling: Provides a complete and illustrated overview of state-of-the-art concepts for service modelling, covering requirements and frameworks. Includes industry initiatives, conceptual frameworks, and the work of standardisation bodies. Discusses different modelling approaches, and the positioning of modelling of services in service management and in the wider operational context. Sets the modelling framework in the context of business drivers and modelling paradigms. Illustrates principles with real-world use cases, providing both fixed Internet and mobile network examples. Relates concepts to the work of TeleManagement Forum, giving practical examples throughout. Service Modelling: Principles and Applications is an invaluable guide to service modelling for telecommunications and data communications professionals, including vendors, operators, consultants, training organizations, service and content providers, system architects and engineers for IP-based services. Educational organizations, advanced undergraduate and graduate students on telecommunications and networking courses will also find this text invaluable.
Book Synopsis Production of Juvenile Atlantic Salmon, Salmo Salar, in Natural Waters by : National Research Council Canada
Download or read book Production of Juvenile Atlantic Salmon, Salmo Salar, in Natural Waters written by National Research Council Canada and published by NRC Research Press. This book was released on 1993 with total page 276 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: Up-to-date information, knowledge and research in progress in scientific fields related to natural production of juvenile Atlantic salmon and some other ecologically similar fluvial salmonids is contained in the 25 papers and 12 abstracts contained in this publication, which were prepared for an international symposium held in St. John's, Newfoundland. Studies relate to stream ecology, invertebrates and predators, habitat improvement, competitive effects, behaviour and dispersal, habitat and production of juvenile salmon, population dynamics and relationships of juvenile salmon estimates to smolt yields. A list of participants at the conference is also provided.
Book Synopsis Integrated Coastal Zone Management of Coral Reefs by : Kent Gustavson
Download or read book Integrated Coastal Zone Management of Coral Reefs written by Kent Gustavson and published by World Bank Publications. This book was released on 2000 with total page 316 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: "The applied research indicates that, to improve awareness, park education programs should be targeted specifically to the user groups primarily through outreach programs. Further, the Park's management programs should be highlighted, particularly the beneficial, tangible products and services (benefits) the Park provides to each user group... The closer the tie between reef conditions and business earnings, the greater the users' support for reef conservation." Coral reefs are sometimes referred to as "canaries of the sea" because of their early warning ability to show near-shore oceanic stress. Because of their biological diversity, they are also called "rainforests of the sea." Coral reefs are vital to the well being of millions of people. Coral reef managers and government officials trying to save their valuable national resources have turned to research on coral reefs for help. The research presented in this publication merits a great deal of notice because the output is useful for decision support and training tools in integrated coastal zone management (ICZM). The work on cost-effectiveness analysis has developed integrated economic and ecological models, relying extensively on fuzzy logic procedures to model impacts and effects of interventions within the reef environment. By contrast, the marine system valuation work provides economic valuations of coral reefs, demonstrating the use of different modeling methods and treating key policy issues within this context. This publication will interest coastal zone experts and managers worldwide
Book Synopsis The Mediterranean region under climate change by : Collectif
Download or read book The Mediterranean region under climate change written by Collectif and published by IRD Éditions. This book was released on 2018-11-19 with total page 736 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: This book has been published by Allenvi (French National Alliance for Environmental Research) to coincide with the 22nd Conference of Parties to the United Nations Framework Convention on Climate Change (COP22) in Marrakesh. It is the outcome of work by academic researchers on both sides of the Mediterranean and provides a remarkable scientific review of the mechanisms of climate change and its impacts on the environment, the economy, health and Mediterranean societies. It will also be valuable in developing responses that draw on “scientific evidence” to address the issues of adaptation, resource conservation, solutions and risk prevention. Reflecting the full complexity of the Mediterranean environment, the book is a major scientific contribution to the climate issue, where various scientific considerations converge to break down the boundaries between disciplines.
Download or read book Biomimicry written by Janine M. Benyus and published by Harper Collins. This book was released on 2009-08-11 with total page 324 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: Repackaged with a new afterword, this "valuable and entertaining" (New York Times Book Review) book explores how scientists are adapting nature's best ideas to solve tough 21st century problems. Biomimicry is rapidly transforming life on earth. Biomimics study nature's most successful ideas over the past 3.5 million years, and adapt them for human use. The results are revolutionizing how materials are invented and how we compute, heal ourselves, repair the environment, and feed the world. Janine Benyus takes readers into the lab and in the field with maverick thinkers as they: discover miracle drugs by watching what chimps eat when they're sick; learn how to create by watching spiders weave fibers; harness energy by examining how a leaf converts sunlight into fuel in trillionths of a second; and many more examples. Composed of stories of vision and invention, personalities and pipe dreams, Biomimicry is must reading for anyone interested in the shape of our future.
Book Synopsis Landscape-scale Conservation in the Congo Basin by : David Yanggen
Download or read book Landscape-scale Conservation in the Congo Basin written by David Yanggen and published by IUCN. This book was released on 2010 with total page 279 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt:
