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Detection Et Localisation De Modifications Post Traductionnelles Ou De Mutations Sur Des Proteines Par Spectrometrie De Masse
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Book Synopsis Détection et localisation de modifications post-traductionnelles ou de mutations sur des protéines par spectrométrie de masse by : Françoise Pratbernou
Download or read book Détection et localisation de modifications post-traductionnelles ou de mutations sur des protéines par spectrométrie de masse written by Françoise Pratbernou and published by . This book was released on 1990 with total page 212 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: LA SPECTROMETRIE DE MASSE FAB OCCUPE A L'HEURE ACTUELLE UNE PLACE IMPORTANCE DANS L'ETUDE DES PROTEINES; ELLE TROUVE SA PLEINE UTILISATION DANS CERTAINES ANALYSES TRES DIFFICILES A REALISER PAR LES METHODES TRADITIONNELLES COMME LA LOCALISATION ET LA DETERMINATION DE MODIFICATIONS POST-TRADUCTIONNELLES ET DE MUTATIONS EN PATHOLOGIE HUMAINE. DES ANALYSES UTILISANT CONJOINTEMENT DES METHODES DE SPECTROMETRIE DE MASSE: FAB-MAPPING ET SPECTROMETRIE DE MASSE EN TANDEM ET DES DEGRADATIONS ENZYMATIQUES NOUS ONT PERMIS DE CARACTERISER DE NOUVEAUX MUTANTS DE L'HEMOGLOBINE (MUTANT GRENOBLE ET MUTANT R). LA STRATEGIE UTILISEE A ETE PREALABLEMENT TESTEE SUR DES MUTANTS CONNUS. L'IDENTIFICATION DE DEUX RESIDUS ACETYLE SUR DES ENZYMES ERYTHROCYTAIRES MPGM ET DPGM A ETE REALISE SELON DES STRATEGIES VOISINES. AFIN D'ESSAYER DE RESOUDRE LES PROBLEMES POSES PAR LA DESORPTION DE PEPTIDES EN MELANGE DANS LE MODE D'IONISATION FAB, NOUS AVONS, EN REGARD AVEC DES DONNEES DE LA LITTERATURE, REALISE UNE SERIE DE DERIVATIONS TENDANT A AUGMENTER L'HYDROPHOBIE DES DIFFERENTS CONSTITUANTS ET ACCROITRE AINSI LE RENDEMENT D'IONISATION. CETTE TECHNIQUE DE DERIVATION A PERMIS LA VISUALISATION DE LA TOTALITE DES PEPTIDES ISSUS DE LA CHAINE AINSI QUE L'IDENTIFICATION DE MODIFICATIONS POST-TRADUCTIONNELLES SUR LE PEPTIDE C TERMINAL DE LA TUBULINE QUI N'ETAIT PAS DESORBE A L'ETAT NATIF
Book Synopsis Analysis of Protein Post-Translational Modifications by Mass Spectrometry by : John R. Griffiths
Download or read book Analysis of Protein Post-Translational Modifications by Mass Spectrometry written by John R. Griffiths and published by John Wiley & Sons. This book was released on 2016-10-12 with total page 415 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: Covers all major modifications, including phosphorylation, glycosylation, acetylation, ubiquitination, sulfonation and and glycation Discussion of the chemistry behind each modification, along with key methods and references Contributions from some of the leading researchers in the field A valuable reference source for all laboratories undertaking proteomics, mass spectrometry and post-translational modification research
Author :Willy Vincent Bienvenut Publisher :Springer Science & Business Media ISBN 13 :9781402033186 Total Pages :324 pages Book Rating :4.0/5 (331 download)
Book Synopsis Acceleration and Improvement of Protein Identification by Mass Spectrometry by : Willy Vincent Bienvenut
Download or read book Acceleration and Improvement of Protein Identification by Mass Spectrometry written by Willy Vincent Bienvenut and published by Springer Science & Business Media. This book was released on 2005-04-19 with total page 324 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: At present where protein identification and characterisation using mass spectrometry is a method of choice, this book is presenting a review of basic proteomic techniques. The second part of the book is related to the novel high throughput protein identification technique called the 'molecular scanner'. Several protein identification techniques are described, especially the peptide mass fingerprint with MALDI-MS based method. E.g. ionisation process, matrix available, signal reproducibility and suppression effect, as well as date treatment for protein identification using bioinformatics tools.
Book Synopsis Apport de la spectrométrie de masse à l'étude de modifications post-traductionnelles et à la protéomique by : Nükhet Cavusoglu
Download or read book Apport de la spectrométrie de masse à l'étude de modifications post-traductionnelles et à la protéomique written by Nükhet Cavusoglu and published by . This book was released on 2002 with total page 212 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: Ces 10 dernières années ont vu une évolution rapide de la spectrométrie de masse en fonction des besoins croissant des biologistes, dès l'avènement des nouvelles techniques d'ionisation dite douces que sont le MALDI (Désorption Ionisation laser assisté par matrice) et l'ESI (ionisation electrospray) permettant enfin la détection intacte de molécules d'origine biologique.Ce travail de thèse a porté principalement sur le choix et la mise au point de la stratégie instrumentale et analytique pour mener à bien quatre collaborations, soient quatre problèmes montrant à la fois la diversité des approches et la multiplicité des solutions apportées par la spectrométrie de masse. Le premier sujet a porté sur l'isolement de peptides biologiquement actifs dans l'hémolymphe de drosophiles immunisées. Nous avons réalisé le séquençage de novo par spectrométrie de masse de l'un de ces peptides bloqué en N-terminal, appelé DIM 13 (Drosophila Immune Induced molecule 13). Le second sujet a porté sur l'étude de la conformité structurale d'une enzyme, la dipeptidyl-diamino-peptidase. Nous avons pu établir la conformité de la protéine recombinante par rapport à la protéine naturelle et donné la description détaillée de ses modifications post-traductionnnelles.Le troisième sujet a consisté à l'établissement du protéome de la rétine de souris. Une première approche a conduit à l'identification d'une centaine de protéines de la rétine. Puis dans une seconde approche une étude différentielle a été entreprise comparant les protéines observées sur gel SDS PAGE 2D obtenu à partir de rétines de souris normales versus les protéines obtenues à partir de rétines de souris rd1 (retinal degenerescence 1). Enfin la dernière étude a porté sur la description de la composition en protéines d'un complexe de facteur de transcription, le complexe TFTC. Notre approche a permis d'ajouter 2 nouvelles protéines à la liste des protéine déjà identifiées par des méthodes de biochimie classique.
Book Synopsis Spectrométrie de masse des modifications induites ou post-traductionnelles de protéines by : Guillaume Gabant
Download or read book Spectrométrie de masse des modifications induites ou post-traductionnelles de protéines written by Guillaume Gabant and published by . This book was released on 2014 with total page 0 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: Les modifications de protéines, qu'elles soient post-traductionnelles (PTMs) ou induites chimiquement, ont une influence considérable sur l'activité des protéines. Des méthodes de spectrométrie de masse (MS) HRMS, MS/MS CID et ETD, et de biochimie ont été développées pour la caractérisation structurale et cinétique de complexes protéine-ligand et de PTMs, dans le but de disséquer leur mécanisme et de concevoir des médicaments covalents contre des protéines liant des protéases, des kinases, ou l'ADN. La MS combinée avec des outils biochimiques a permis de séquencer l'inhibiteur de protéases grégline, et de détecter une PTM originale. De même, la transposase MOS1, modèle de l'intégrase du VIH pour la conception d'inhibiteurs, s'avère être à la fois acétylée et phosphorylée. Pour la lyase Abf2, une stratégie de piégeage, purification, protéolyse et hydrolyse ADN du complexe covalent Abf2-ADN, couplée à l'analyse MS, a été développée. Enfin, l'interaction entre le surpresseur de métastase hPEBP1 et la locostatine a été disséquée sur la protéine entière et par approche bottom-up. La locostatine s'hydrolyse en butyrate après fixation. Afin d'identifier le site ciblé par la locostatine, les conditions de réaction et de protéolyse ont été optimisées. La présence de réactions non spécifiques a conduit au développement 1) d'un modèle mathématique permettant de déterminer la fraction de liaison optimale pour discriminer le site spécifique des sites non-spécifiques, et 2) d'une méthode pour la quantification parallèle et exhaustive du degré de modification de tous les sites modifiés d'une protéine. Ces outils sont applicables aux ligands covalents de protéines et/ou à leurs PTMs.
Book Synopsis GAIN DE SENSIBILITE EN SPECTROMETRIE DE MASSE DES BIOMOLECULES UTILISATION DE L'IONISATION ELECTROSPRAY ET DE LA DESORPTION LASER ASSISTEE PAR MATRICE POUR LA CARACTERISATION DE PROTEINES ET DE MODIFICATIONS POST-TRADUCTIONNELLES by : DAMARYS.. LOEW
Download or read book GAIN DE SENSIBILITE EN SPECTROMETRIE DE MASSE DES BIOMOLECULES UTILISATION DE L'IONISATION ELECTROSPRAY ET DE LA DESORPTION LASER ASSISTEE PAR MATRICE POUR LA CARACTERISATION DE PROTEINES ET DE MODIFICATIONS POST-TRADUCTIONNELLES written by DAMARYS.. LOEW and published by . This book was released on 1999 with total page 185 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: LA SPECTROMETRIE DE MASSE EST AUJOURD'HUI DEVENUE UNE TECHNIQUE INCONTOURNABLE POUR LA RECHERCHE EN BIOCHIMIE. ELLE A CONNU CES DIX DERNIERES ANNEES, UN ESSOR CONSIDERABLE DANS LA CARACTERISATION DES BIOMOLECULES ET EN PARTICULIER DANS L'ANALYSE DES PEPTIDES ET DES PROTEINES. CE TRAVAIL DE THESE A ETE ORIENTE SIMULTANEMENT DANS DEUX DIRECTIONS. NOUS AVONS D'UNE PART PROGRESSE DANS L'UTILISATION DE LA SPECTROMETRIE DE MASSE POUR OBTENIR DES DONNEES STRUCTURALES, PRINCIPALEMENT EN FOCALISANT SUR L'AMELIORATION DE LA METHODE POUR ATTEINDRE LE DOMAINE SUB-PICOMOLAIRE. NOUS AVONS AMELIORE : - LA SENSIBILITE EN NANOES-MS A L'AIDE D'UN BANC D'ESSAI PERMETTANT L'EVALUATION DU CAPILLAIRE. - LA PRECISION DE LA MESURE DE MASSE EN MALDI-MS GRACE A UNE PREPARATION DE L'ECHANTILLON ADAPTEE. NOUS AVONS D'AUTRE PART, RELEVE LE DEFI QUI CONSISTAIT A RESOUDRE DES PROBLEMES DE CARACTERISATION POSES PAR LES BIOCHIMISTES AUX SPECTROMETRISTES DE MASSE, APRES EPUISEMENT DE TOUTES LES AUTRES POSSIBILITES DES ANALYSES CLASSIQUES (RMN, DEGRADATION D'EDMAN, COMPOSITION EN ACIDES AMINES, GEL D'ELECTROPHORESE). GRACE AU GAIN DE SENSIBILITE ET A L'AMELIORATION DE LA PRECISION DE LA MESURE DE MASSE, NOUS AVONS PU ABORDE L'ETUDE DE PROBLEMES BIOLOGIQUES REELS ET AINSI CARACTERISER : - LA PREMIERE TOXINE DE SCORPION GLYCOSYLEE, - UN PEPTIDE ANTIBACTERIEN DE CREVETTE PANAEUS VANNAMEI, - UNE NOUVELLE MODIFICATION POST-TRADUCTIONNELLE DE LA SCHISTOSOMA MANSONI P28. NOUS AVONS D'AUTRE PART : - IDENTIFIE LA KININOGENE HUMAINE, PROTEINE RESPONSABLE DE L'IMMUNOGENICITE DE LOTS DE FACTEUR VIII. CETTE ETUDE S'INSCRIT DANS LE CADRE GENERAL DU PROJET PROTEOME, - LOCALISE UN PEPTIDE MODIFIE CHIMIQUEMENT PAR PHOTOMARQUAGE LORS DE L'ETUDE DES SITES DE LIAISON DE LA BUCHE, - DETERMINE DES SITES SPECIFIQUES D'HYDROLYSE DE LA GPV ET DE RECEPTEURS COUPLES AUX PROTEINES G (PAR 1, PAR 2).
Book Synopsis Dveloppement de nouvelles mthodes d'identification des sites de SUMOylation par protéomique by : Frederic Lamoliatte
Download or read book Dveloppement de nouvelles mthodes d'identification des sites de SUMOylation par protéomique written by Frederic Lamoliatte and published by . This book was released on 2016 with total page pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: La régulation des protéines par les modifications post-traductionnelles (PTMs) est un événement clé dans le maintien des fonctions biologiques de la cellule. Parmi elles, on retrouve les modifications causées par une famille de molécules appelées Ubiquitin Like Modifiers (UBls), incluant l'ubiquitination, la neddylation ou encore la SUMOylation. Au contraire des modifications classiques faisant intervenir des petits groupements chimiques, telles que la phosphorylation ou l'acétylation, les UBls sont eux-mêmes des protéines se greffant sur le groupement amine en position e des lysines des protéines ciblées, générant des protéines ramifiées. Alors que la principale fonction de l'ubiquitination est la dégradation des protéines par le protéasome, les autres UBls sont encore mal caractérisées. Dans ce contexte, le but de cette thèse était de développer de nouvelles approches protéomiques afin de définir le rôle de la SUMOylation dans des cellules humaines. En effet, l'identification des sites de SUMOylation par spectrométrie de masse (MS) est un défi. Ceci s'explique par la très faible abondance des protéines SUMOylées dans la cellule ainsi que par la longue chaine de 19 à 34 acides aminés laissés sur la protéine ciblée après digestion à la trypsine. Afin de pallier à ces deux problèmes, un mutant de la protéine SUMO a été généré au sein du laboratoire. La première altération sur ce mutant est l'insertion d'une séquence 6xHis à l'extrémité N-terminale de la protéine afin de faciliter l'enrichissement des protéines SUMOylés. La seconde altération de la protéine SUMO est la mutation d'une glutamine en arginine en position 6 à partir du C-terminal. Cette mutation a pour effet de libérer des peptides trypsiques ramifiés contenant seulement 5 acides aminés provenant de SUMO sur le peptide ciblé. Le premier but de cette thèse était de développer une méthode permettant de cibler spécifiquement les peptides SUMOylés lors d'une analyse par LC-MS. Cette méthode repose sur le patron de fragmentation propre de la chaine de 5 acides aminés commune à tous les peptides SUMOylés et utilise la technologie Sequential Window Acquisition of all THeoretical Mass Spectra (SWATH). Lors d'une telle analyse, l'échantillon est injecté une première fois en fragmentant de larges fenêtres de masses. Ceci permet d'obtenir des spectres MS/MS pour tous les peptides présents dans l'échantillon. Un algorithme est ensuite utilisé afin de détecter les fenêtres de masses contenant des peptides SUMOylés et de recalculer le rapport masse sur charge des peptides candidats. Les injections subséquentes permettent ensuite de fragmenter uniquement les peptides candidats. Cette méthode s'est avérée être complémentaire aux méthodes conventionnelles et a permis l'identification d'un total de 54 peptides SUMOylés à partir d'extraits protéiques enrichis sur billes NiNTA. La seconde approche envisagée était d'ajouter une étape d'enrichissement supplémentaire au niveau peptidique. Pour cela, un anticorps reconnaissant la chaine de 5 acides aminés laissée après digestion tryptique a été produit. Cette étape d'immuno-purification supplémentaire a permis l'identification d'un total de 954 sites de SUMOylation dans des cellules humaines lors d'une analyse à grande échelle. Afin de valider les nouvelles cibles identifiées, une étude fonctionnelle de la SUMOylation de la protéine CDC73 a été réalisée. Cette étude a montré que la SUMOylation de CDC73 était requise pour sa rétention nucléaire, confirmant ainsi un rôle important pour la SUMOylation de cette protéine. Cependant, le principal défaut de la précédente approche était la nécessité de cultiver 500 millions de cellules par condition étudiée. Cette approche a donc été optimisée afin de pouvoir réduire le nombre de cellules utilisées dans une analyse. L'optimisation de chacun des paramètres analytiques nous a permis de réduire ce nombre de 50 fois, permettant ainsi d'identifier plus de 1000 sites de SUMOylation à partir de seulement 10 millions de cellules. De plus, nous avons montré que cette approche permet l'identification concomitante des sites de SUMOylation et d'ubiquitination dans un seul échantillon biologique. Ceci a permis d'identifier un nouveau mécanisme de régulation des deubiquitinases par les UBls, ainsi que d'élucider les mécanismes de translocation du protéasome dans la cellule. Dans l'ensemble, nous avons développé des méthodes permettant de mieux caractériser la SUMOylation des protéines et avons prouvé que ces méthodes sont applicables à l'étude de plusieurs UBls en parallèle. Nous sommes certains que l'approche par immuno-purification permettra à l'avenir d'identifier la SUMOylation à un niveau endogène.
Book Synopsis ANALYSE STRUCTURALE DE PROTEINES PAR SPECTROMETRIE DE MASSE by : CATHERINE.. DEON
Download or read book ANALYSE STRUCTURALE DE PROTEINES PAR SPECTROMETRIE DE MASSE written by CATHERINE.. DEON and published by . This book was released on 1997 with total page 206 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: CE TRAVAIL ILLUSTRE L'UTILISATION DE METHODES COMBINEES DE SPECTROMETRIE DE MASSE DANS LA CARACTERISATION DE MUTANTS D'HEMOGLOBINE HUMAINE ET LA DETERMINATION D'UN SITE DE PHOSPHORYLATION SUR LA PROTEINE FIXJD54N. DANS UNE PREMIERE PARTIE, DIFFERENTS VARIANTS D'HEMOGLOBINE HUMAINE ONT ETE ANALYSES. LES VARIATIONS DE MASSE DUES AUX MUTATIONS SONT CARACTERISEES PAR ELECTROSPRAY. APRES DIGESTION ENZYMATIQUE DE LA CHAINE MUTEE ET SEPARATION CHROMATOGRAPHIQUE DES PEPTIDES, LE PEPTIDE MUTE EST ANALYSE PAR SPECTROMETRIE DE MASSE LSIMS ET ELECTROSPRAY AFIN DE DETERMINER SA MASSE MOLECULAIRE ET SON ETAT DE CHARGE. AFIN DE LOCALISER AVEC PRECISION LE SITE DE LA MUTATION, LE PEPTIDE EST SEQUENCE SOIT PAR SPECTROMETRIE DE MASSE EN TANDEM SOIT PAR DIGESTION ENZYMATIQUE RECURRENTE AU MOYEN DE CARBOXYPEPTIDASES COUPLEE A UNE ANALYSE MALDI-TOF. CINQ NOUVEAUX VARIANTS D'HEMOGLOBINES ONT ETE IDENTIFIES, ISSUS D'UNE MUTATION PONCTUELLE (HB ALZETTE, HB VILLEURBANNE ET HB LES ANDELYS), D'UNE DOUBLE MUTATION (HB VILLEPARISIS) OU D'UNE DELETION DE SEQUENCE (HB J BISKRA). LA DEUXIEME PARTIE EST CONSACREE A LA CARACTERISATION DU SITE SECONDAIRE DE PHOSPHORYLATION SECONDAIRE DE LA PROTEINE FIXJD54N, MUTANT DE LA PROTEINE FIXJ QUI JOUE LE ROLE DE REGULATEUR DANS LE SYSTEME DE TRANSDUCTION DU SIGNAL A DEUX COMPOSANTS FIXL/FIXJ CHEZ RHIZOBIUM MELILOTI. NOUS AVONS MONTRE PAR DIFFERENTES TECHNIQUES DE SPECTROMETRIE DE MASSE (ELECTROSPRAY, MALDI, COUPLAGE LC/MS) QUE CE SITE DE PHOSPHORYLATION EST UNE THREONINE ADJACENTE A L'ACIDE ASPARTIQUE 54 SITE DE LA PHOSPHORYLATION PRINCIPALE.
Book Synopsis Méthode computationnelle pour la prédiction de la mobilité des peptides et l'identification de leurs sites de phosphorylation par empreinte phospho-peptidique bidimensionnelle sur couche mince de cellulose by : Cyril Berthenet
Download or read book Méthode computationnelle pour la prédiction de la mobilité des peptides et l'identification de leurs sites de phosphorylation par empreinte phospho-peptidique bidimensionnelle sur couche mince de cellulose written by Cyril Berthenet and published by . This book was released on 2007 with total page 228 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: Actuellement, un des plus importants challenges en biologie est la compréhension des mécanismes moléculaires modulant et régulant les fonctions cellulaires, et plus particulièrement le rôle des modifications post-traductionnelles des protéines. Contrairement au génome, qui est le même pour chacun des cellules d'un organisme, les protéomes varient dynamiquement en fonction du type cellulaire, de la physiologie cellulaire et au travers de modifications post-traductionnelles intervenant sur plusieurs sites simultanément. Pour les protéines eucaryotes, la phosphorylation réversible est parmi les plus importantes modifications et agit en modulant de nombreux évènements cellulaires incluant la progression du cycle cellulaire, la croissance et la différentiation. Approximativement 30% des protéines cellulaires sont susceptibles d'être phosphorylées et environ 30% de ces protéines sont phosphorylées à tout moment. Bien que le marquage métabolique avec [32P] permette d'accroître le seuil de détection des phospho-protéines, ce dernier n'est pas compatible avec la spectrométrie de masse. Nous avons donc développé une méthode alternative pour l'identification des protéines et de leurs modifications post-traductionnelles à partir de la séparation de peptides trypsiques en deux dimensions sur couche mince de cellulose. Les peptides sont, dans un premier temps, séparés par électrophorèse à haut voltage en fonction de leurs charges nettes et de leurs masses moléculaires avant d'être séparés en deuxième dimension en fonction de leurs propriétés physico-chimiques par chromatographie ascendante. La mobilité est mesurée pour chacun des peptides dans les deux dimensions en co-migrant des peptides marqueurs pour calibrer la migration, et leur identification est établie à partir de leurs scores d'identité dérivés des modèles calculant les mobilités électrophorétiques et chromatographiques théoriques à partir de la séquence primaire des peptides. Le taux de réussite de notre approche est estimé à 98% pour un mélange peptidique simple et à 80% sur l'ensemble des digestions protéiques. De plus, nous sommes capable d'identifier spécifiquement une même séquence peptidique contenant des sites phosphorylés, oxydés et/ou d'exception pour la trypsine
Book Synopsis Etude de modifications covalentes de protéines par spectrométrie de masse Maldi-Tof et Esi-Tof by : Maya Belghazi
Download or read book Etude de modifications covalentes de protéines par spectrométrie de masse Maldi-Tof et Esi-Tof written by Maya Belghazi and published by . This book was released on 2001 with total page 404 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: La spectrométrie de masse MALDI-TOF (matrix-assisted laser desorption/ionization- time of flight) et ESI-TOF (electrospray ionization- time of flight) permettent d'accéder à des méthodologies performantes pour l'étude de la structure primaire des protéines. Ce travail a mis en oeuvre ces deux modes d'ionisation pour étudier les modifications covalentes de trois protéines impliquées dans des contextes biologiques différents. En premier lieu, les modifications post-traductionnelles de deux nitrile hydratases (NHases), métalloenzymes bactériennes catalysant l'hydrolyse de nitriles en amides, ont été caractérisées. Des études sur les protéines intactes ont mis en évidence deux modifications post-traductionnelles--un acide sulfénique et un acide sulfinique--sur les cystéines du centre actif de deux NHases de bactéries différentes. Ensuite, nous avons caractérisé les modifications post-traductionnelles d'une protéine intervenant dans la coagulation sanguine, le facteur IX (FIX), dans le but d'établir une référence structurale du FIX plasmatique. Cette protéine comporte un ensemble de modifications complexes incluant en particulier N-glycosylations, O-glycosylations, phosphorylation et sulfatation, localisées sur une région de la protéine, le peptide d'activation. En dernier lieu, nous avons étudié les mécanismes d'inhibition suicide de deux cytochromes P450. Pour cela, nous avons caractérisé, grâce à des techniques de marquage par des isotopes stables, les métabolites produits lors de l'hydroxylation de l'acide tiénilique par le P450 2C9, réaction conduisant également à l'inactivation de l'enzyme. Ces expériences ont conduit à proposer deux mécanismes réactionnels différents pour ce composé. Le mécanisme de l'inhibition suicide d'un P450 d'origine végétale a été abordé en cherchant à identifier les peptides marqués pendant la réaction. Cette identification n'a pas été obtenue, vraisemblablement en raison de l'instabilité du marquage dans nos conditions d'analyse.
Book Synopsis Contribution de la spectrométrie de masse à l'étude structurale des protéines by : Mostafa Kouach
Download or read book Contribution de la spectrométrie de masse à l'étude structurale des protéines written by Mostafa Kouach and published by . This book was released on 1993 with total page 390 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: Au cours de la spermatogenèse, la chromatine passe d'un état diffus dans la cellule somatique à un état fortement condensé dans les spermatozoïdes murs. Ce remaniement s'accompagne d'un remplacement des histones somatiques par des protéines plus basiques appelées protamines, soit directement, soit après mise en place de protéines intermédiaires spécifiques des spermatides. La compréhension des différents mécanismes impliqués dans cette condensation chromatinienne passe par la détermination de la structure primaire de ces protéines, mais également par la localisation de leurs différentes modifications post-traductionnelles. La structure de ces protéines spécifiques de la spermatogenèse se caractérise par : des séquences répétitives de groupements arginyl, la présence de variants structuraux, la faible diversité en acides aminés et divers degrés de phosphorylation. L'apport de la spectrométrie de masse a été fondamental dans la résolution de ces problèmes structuraux. La spectrométrie de masse à bombardement par atomes rapides ou fab ainsi que la technique électrospray ou es-ms nous ont permis d'élucider la structure complète de la protamine z3 de roussette, de mettre en évidence deux variants structuraux de la protéine intermédiaire tp1 de bélier, d'obtenir des éléments de structure de la protéine tp2 de bélier, et enfin de localiser le site de phosphorylation de la protamine isolée du testicule de bélier. Ces techniques ont été également prépondérantes dans la détermination du groupement acétyl bloquant de l'histone h5 de xenopus laevis et dans le positionnement des résidus acétyles et méthyles de la partie nh#2-terminale de l'histone h4 de thymus de veau
Book Synopsis Mass Spectrometry-Based Proteomics by : Kris Gevaert
Download or read book Mass Spectrometry-Based Proteomics written by Kris Gevaert and published by Humana. This book was released on 2023-09-05 with total page 0 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: This detailed volume explores contemporary techniques in mass spectrometry-based proteomics. After covering overall proteome coverage and the cellular surfaceome, the book delves into proximity-induced biotinylation, abduction of protein complexes in viral-like particles, and thermal proteome profiling, as well as protocols for identifying protein N-terminal acetylation, protein processing by proteases, protein N-glycosylation, and protein phosphorylation. The book also collects chapters on automated preparation of clinical samples, the analysis of formalin-fixed paraffin-embedded samples, protocols for the isolation of extracellular vesicles and for the monitoring of selected protein modifications in clinical samples, and, finally, structural proteomics. Written for the highly successful Methods in Molecular Biology series, chapters include introductions to their respective topics, lists of the necessary materials and reagents, step-by-step and readily reproducible laboratory protocols, and tips on troubleshooting and avoiding known pitfalls. Authoritative and practical, Mass Spectrometry-Based Proteomics serves as an ideal guide to its subject for both novices in the field of proteomics as well as specialists.
Book Synopsis Peptide Identification by Tandem Mass Spectrometry by : Patricia Hernandez (informaticienne.)
Download or read book Peptide Identification by Tandem Mass Spectrometry written by Patricia Hernandez (informaticienne.) and published by . This book was released on 2005 with total page 0 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: Dans la majorité des projets de recherche en protéomique, il faut, à un moment ou un autre, déterminer l'identité des protéines présentes dans l'échantillon biologique étudié. Généralement, la méthode utilisée est la corrélation de spectres obtenus par spectrométrie de masse avec des séquences protéiques répertoriées dans des banques de données. Nous avons développé une méthode pour identifier des protéines portant des modifications non attendues. Lorsque les spectres contiennent suffisamment d'information, il est possible de spécifier la position et la nature des modifications présentes.
Book Synopsis Développement méthodologique en couplage nanoLC-spectrométrie de masse pour l'analyse de protéines entières by : Adeline Page
Download or read book Développement méthodologique en couplage nanoLC-spectrométrie de masse pour l'analyse de protéines entières written by Adeline Page and published by . This book was released on 2013 with total page 0 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: La recherche de biomarqueur dans les fluides physiologiques est actuellement un axe de recherche en plein essor. L'identification de ces protéines est cruciale pour détecter plus précocement les maladies. Actuellement l'identification de protéine est effectuée à partir de la détection de leurs peptides obtenus après digestion enzymatique. Il est cependant difficile de détecter par cette méthode tant les modifications post-traductionnelles que les protéines de petite masse moléculaire présentes à faible concentration dans un mélange biologique complexe. Le développement de nouvelles méthodes sensibles permettant d'analyser ces protéines intactes est donc nécessaire. L'objectif de ce travail a donc été de développer une nouvelle méthode de détection de protéines entières basée sur un couplage nano-chromatographie liquide / spectrométrie de masse. L'utilisation d'une nanocolonne C4 montée sur la nanoLC couplée à un spectromètre de masse à trappe ionique permet de séparer et de détecter en ligne les protéines entières. L'acquisition en mode SIM (Selected Ion Monitoring) offre une meilleure sensibilité et spécificité de détection en sélectionnant trois ions multichargés caractéristiques de la protéine. La méthode développée a ensuite été appliquée pour détecter le NGF (Nerve Growth Factor), protéine neurotrophique de 13,5 kDa, qui est un marqueur potentiel du cancer du sein. Une limite de détection de 0,1 ng/mL a été atteinte pour détecter le NGF recombinant humain. Cette méthode a permis de détecter et doser le NGF dans la lignée cellulaire cancéreuse mammaire MCF-7, ce résultat a été confirmé par une analyse à haute résolution (FTICR-MS). L'étude de sérums a mis en évidence l'importance d'éliminer avant l'analyse les protéines de forte abondance. La déplétion des protéines majoritaires par immunoaffinité a permis d'analyser les échantillons de sérums de souris ou de patientes atteintes d'un cancer du sein, pour y détecter le NGF. Ces résultats montrent la possibilité d'utiliser le couplage nanoLC - spectrométrie de masse en protéine entière pour détecter un nouveau marqueur potentiel du cancer du sein. Cette méthode pourra être également appliquée à d'autres pathologies.
Book Synopsis Spectral Techniques In Proteomics by : Daniel S. Sem
Download or read book Spectral Techniques In Proteomics written by Daniel S. Sem and published by CRC Press. This book was released on 2007-03-30 with total page 464 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: Facilitating the innovation, development, and application of new spectroscopic methods in proteomics, Spectral Techniques in Proteomics provides a broad overview of the spectroscopic toolbox that can be used, either with proteome or sub-proteome mixtures or with individual/purified proteins studied in parallel. It gives a modest overview of existing and proven techniques as well as a detailed examination of less established spectroscopic methods with studied speculation on future applications. Intended for a broad audience of protein biochemists and biophysicists, the book adopts a wider definition of proteomics to include the systems-based study of proteomes and sub-proteomes involving proteins related through regulatory cascades, metabolic pathways, post-translational modifications, or associated biologic effect, as well as the parallel study of subsets such as proteins with associated protein folds (structural proteomics) or binding sites (chemical proteomics). Beginning by defining the scope of the field as is relevant to spectroscopists, the book then briefly reviews current commonly used spectroscopic methods. It covers separation techniques that typically precede ESI studies as well as MALDI MS/MS based protein identification. SELDI is also presented as a tool that combines separation techniques with MS analysis on the same chip. The book presents studies of protein-protein and protein-ligand interactions using NIR fluorescence, NMR, MS, and SPR. Recent developments in ICAT labeling strategies are addressed along with a discussion of metabolomics. A description of advances in structural proteomics using NMR, x-ray crystallography, and EPR precedes a final summary of current technology and future prospects of the science. Analyzing the current state of the science and the future evolution of the field, Spectral Techniques in Proteomics applies a systems-based approach to studying the function and mechanism of proteins.
Book Synopsis Application du couplage chromatographie liquide-spectrométrie de masse à l'étude de la biodisponibilité de peptides issus de produits laitiers et à la protéomique by : François Delalande
Download or read book Application du couplage chromatographie liquide-spectrométrie de masse à l'étude de la biodisponibilité de peptides issus de produits laitiers et à la protéomique written by François Delalande and published by . This book was released on 2003 with total page 252 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: Le couplage chromatographie liquide-spectrométrie de masse est devenu une méthode de choix pour la quantification de molécules dans une matrice, la détermination des séquences primaires de peptides et de protéines ainsi que la mise en évidence de modifications post-traductionnelles. Les progrès réalisés tant au niveau de la LC qu'au niveau de la spectrométrie de masse ont aussi révolutionné la biologie en permettant une identification sur des quantités femtomolaires de protéines séparées par électrophorèse bidimensionelle dans le cadre d'études protéomiques et la détection toujours plus sensible de molécules d'intérêt par exemple dans les fluides biologiques (plasma, urine, LCR).Mon travail de thèse a porté sur le choix et la mise au point de stratégies instrumentales et analytiques en optimisant de façon poussée tous les paramètres du couplage LC-MS et LC-MS-MS. La première partie concerne la mise au point expérimentale de techniques de microLC-MS et microLC-MS-MS pour la caractérisation de composés peptidiques et la mesure de leur biodisponibilité. La seconde partie porte sur le développement, l'optimisation et l'utilisation de la nano-LC-MS pour l'étude protéomique avec une première étude protéomique visant à caractériser les interactions entre le riz et le rice yellow mottle virus. Ce travail a permis par les techniques MALDI-MS et LC-MS-MS, de mettre en évidence les protéines du riz recrutées par les protéines de capside du virus et l'identification des protéines différentiellement exprimées selon la variété de riz (résistant/sensible). La seconde étude protéomique concerne la caractérisation de marqueurs d'expressions liés à l'anomalie "Mantled" chez le palmier à huile faisant appel au séquençage de novo. Pour conclure, nous avons utilisé les multiples potentiels du couplage microLC-MS et nanoLC-MS-MS pour répondre à différents problèmes biologiques. Ces réponses n'ont pu être obtenues que grâce à la mise au point de méthodologie particulière.
Book Synopsis DETERMINATION DE STRUCTURE DE PROTEINES PAR SPECTROMETRIE DE MASSE AVEC IONISATION ELECTROSPRAY by : MICHEL.. JAQUINOD
Download or read book DETERMINATION DE STRUCTURE DE PROTEINES PAR SPECTROMETRIE DE MASSE AVEC IONISATION ELECTROSPRAY written by MICHEL.. JAQUINOD and published by . This book was released on 1993 with total page pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: DANS LE CADRE DES ETUDES PORTANT SUR LES RELATIONS STRUCTURES/FONCTIONS DES MOCROMOLECULES BIOLOGIQUES, NOUS AVONS DEVELOPPE ET ADAPTE LA SPECTROMETRIE DE MASSE AVEC IONISATION PAR ELECTROSPRAY (ESMS) A L'ETUDE STRUCTURALE DES PROTEINES. CETTE NOUVELLE METHODE UTILISEE EN COMPLEMENT D'AUTRES TECHNIQUES D'ANALYSE A PERMIS DE METTRE EN EVIDENCE DES CHANGEMENTS MEME MINEURS DE LA STRUCTURE DES PROTEINES. EN ADAPTANT LES CONDITIONS D'IONISATION, NOUS AVONS PU MONTRER LA PRESENCE DE MODIFICATIONS POST-TRADUCTIONNELLES ACIDOLABILES (SULFATATION, PHOSPHORYLATION) OU CHIMIQUES (INTERMEDIAIRE CYCLIQUE DE D'AMIDATION). DE PLUS, LA CONNAISSANCE DE LA PHYSICO-CHIMIE DU SPRAY NOUS A PERMIS D'OUVRIR LA VOIE A L'ETUDE DE COMPLEXES DE TYPE NON-COVALENTS (ENZYME/SUBSTRATS, ENZYME/COFACTEUR) DIFFICILEMENT ETUDIABLES PAR LES METHODES CLASSIQUES DE BIOCHIMIE
