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Apport De La Spectrometrie De Masse A Letude De Modifications Post Traductionnelles Et A La Proteomique
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Book Synopsis Apport de la spectrométrie de masse à l'étude de modifications post-traductionnelles et à la protéomique by : Nükhet Cavusoglu
Download or read book Apport de la spectrométrie de masse à l'étude de modifications post-traductionnelles et à la protéomique written by Nükhet Cavusoglu and published by . This book was released on 2002 with total page 212 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: Ces 10 dernières années ont vu une évolution rapide de la spectrométrie de masse en fonction des besoins croissant des biologistes, dès l'avènement des nouvelles techniques d'ionisation dite douces que sont le MALDI (Désorption Ionisation laser assisté par matrice) et l'ESI (ionisation electrospray) permettant enfin la détection intacte de molécules d'origine biologique.Ce travail de thèse a porté principalement sur le choix et la mise au point de la stratégie instrumentale et analytique pour mener à bien quatre collaborations, soient quatre problèmes montrant à la fois la diversité des approches et la multiplicité des solutions apportées par la spectrométrie de masse. Le premier sujet a porté sur l'isolement de peptides biologiquement actifs dans l'hémolymphe de drosophiles immunisées. Nous avons réalisé le séquençage de novo par spectrométrie de masse de l'un de ces peptides bloqué en N-terminal, appelé DIM 13 (Drosophila Immune Induced molecule 13). Le second sujet a porté sur l'étude de la conformité structurale d'une enzyme, la dipeptidyl-diamino-peptidase. Nous avons pu établir la conformité de la protéine recombinante par rapport à la protéine naturelle et donné la description détaillée de ses modifications post-traductionnnelles.Le troisième sujet a consisté à l'établissement du protéome de la rétine de souris. Une première approche a conduit à l'identification d'une centaine de protéines de la rétine. Puis dans une seconde approche une étude différentielle a été entreprise comparant les protéines observées sur gel SDS PAGE 2D obtenu à partir de rétines de souris normales versus les protéines obtenues à partir de rétines de souris rd1 (retinal degenerescence 1). Enfin la dernière étude a porté sur la description de la composition en protéines d'un complexe de facteur de transcription, le complexe TFTC. Notre approche a permis d'ajouter 2 nouvelles protéines à la liste des protéine déjà identifiées par des méthodes de biochimie classique.
Book Synopsis Apport de la spectrométrie de masse à l'élucidation de mécanismes biologiques by : Ana Paula Moraes Ventura
Download or read book Apport de la spectrométrie de masse à l'élucidation de mécanismes biologiques written by Ana Paula Moraes Ventura and published by . This book was released on 2005 with total page 552 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: Grâce au séquençage des génomes et aux progrès de la spectrométrie de masse, l'analyse protéomique se révèle un outil puissant pour l'identification des protéines. Les techniques telles que l'électrophorèse bidimensionnelle, la spectrométrie de masse et la bioinformatique constituent les clés d'une approche nommée " méthodologie classique de la protéomique ". La recherche en protéomique évolue de plus en plus vers la caractérisation de protéines issues de mélanges complexes, avec pour but de mieux comprendre les systèmes biologiques, les interactions entre protéines, ainsi que leurs fonctions. Deux méthodes d'ionisation sont mises en oeuvre dans le cadre des études de biologie structurale : le MALDI (Matrix Assisted Laser Desorption/Ionization) et l'électronébulisation (ESI, Electrospray Ionization). Ces deux techniques possèdent l'avantage d'être suffisamment douces pour ioniser et amener à l'état gazeux des macromolécules biologiques (protéines et des acides amines). La technique protéomique a été mise au point lors de ce travail de thèse, au sein du Laboratoire de Spectrométrie de Masse de l'Institut de Chimie des Substances Naturelles (ICSN, CNRS, Gif-sur-Yvette). Ainsi, plusieurs collaborations ont été engagées, qui font intervenir des compétences pluridisciplinaires. Dans une première partie sera décrite l'étude de complexes purifiés selon le protocole TAP. Cette méthodologie a permis la description de nouvelles sous-unités du snRNP U2, ainsi que l'identification d'un nouveau complexe, RES, impliqué dans le processus d'épissage alternatif. La caractérisation d'un complexe ultime (Dcs1 et Dcs2) de dégradation des ARNm a été réalisée. Dans un deuxième temps, la protéomique différentielle a été mise à profil dans le but de mieux appréhender la pathogenèse de la Mucoviscidose. Un élément fondamental a ainsi été révélé : la sous expression de l'Annexine 1, protéine critique du processus anti-inflammatoire/protecteur, et cruciale pour maintenir l'homéostasie et la réparation des tissus après un épisode inflammatoire. Un autre objectif d'étude a consisté en l'identification d'une nitro-réductase issue d'une souche de Bacillus sp. Cette enzyme s'avère capable de réaliser une double réduction du groupement nitro du 3,5-DNBTF. En fin, le dernier chapitre concerne le traitement par plasma froid à pression atmosphérique d'une protéine modèle : le lysosyme. Cette étude a permis d'identifier une modification chimique spécifique des résidus aminés tryptophane. L'ensemble de ces résultats illustre l'importance, dans des domaines très variés, de la protéomique ciblée.
Book Synopsis GAIN DE SENSIBILITE EN SPECTROMETRIE DE MASSE DES BIOMOLECULES UTILISATION DE L'IONISATION ELECTROSPRAY ET DE LA DESORPTION LASER ASSISTEE PAR MATRICE POUR LA CARACTERISATION DE PROTEINES ET DE MODIFICATIONS POST-TRADUCTIONNELLES by : DAMARYS.. LOEW
Download or read book GAIN DE SENSIBILITE EN SPECTROMETRIE DE MASSE DES BIOMOLECULES UTILISATION DE L'IONISATION ELECTROSPRAY ET DE LA DESORPTION LASER ASSISTEE PAR MATRICE POUR LA CARACTERISATION DE PROTEINES ET DE MODIFICATIONS POST-TRADUCTIONNELLES written by DAMARYS.. LOEW and published by . This book was released on 1999 with total page 185 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: LA SPECTROMETRIE DE MASSE EST AUJOURD'HUI DEVENUE UNE TECHNIQUE INCONTOURNABLE POUR LA RECHERCHE EN BIOCHIMIE. ELLE A CONNU CES DIX DERNIERES ANNEES, UN ESSOR CONSIDERABLE DANS LA CARACTERISATION DES BIOMOLECULES ET EN PARTICULIER DANS L'ANALYSE DES PEPTIDES ET DES PROTEINES. CE TRAVAIL DE THESE A ETE ORIENTE SIMULTANEMENT DANS DEUX DIRECTIONS. NOUS AVONS D'UNE PART PROGRESSE DANS L'UTILISATION DE LA SPECTROMETRIE DE MASSE POUR OBTENIR DES DONNEES STRUCTURALES, PRINCIPALEMENT EN FOCALISANT SUR L'AMELIORATION DE LA METHODE POUR ATTEINDRE LE DOMAINE SUB-PICOMOLAIRE. NOUS AVONS AMELIORE : - LA SENSIBILITE EN NANOES-MS A L'AIDE D'UN BANC D'ESSAI PERMETTANT L'EVALUATION DU CAPILLAIRE. - LA PRECISION DE LA MESURE DE MASSE EN MALDI-MS GRACE A UNE PREPARATION DE L'ECHANTILLON ADAPTEE. NOUS AVONS D'AUTRE PART, RELEVE LE DEFI QUI CONSISTAIT A RESOUDRE DES PROBLEMES DE CARACTERISATION POSES PAR LES BIOCHIMISTES AUX SPECTROMETRISTES DE MASSE, APRES EPUISEMENT DE TOUTES LES AUTRES POSSIBILITES DES ANALYSES CLASSIQUES (RMN, DEGRADATION D'EDMAN, COMPOSITION EN ACIDES AMINES, GEL D'ELECTROPHORESE). GRACE AU GAIN DE SENSIBILITE ET A L'AMELIORATION DE LA PRECISION DE LA MESURE DE MASSE, NOUS AVONS PU ABORDE L'ETUDE DE PROBLEMES BIOLOGIQUES REELS ET AINSI CARACTERISER : - LA PREMIERE TOXINE DE SCORPION GLYCOSYLEE, - UN PEPTIDE ANTIBACTERIEN DE CREVETTE PANAEUS VANNAMEI, - UNE NOUVELLE MODIFICATION POST-TRADUCTIONNELLE DE LA SCHISTOSOMA MANSONI P28. NOUS AVONS D'AUTRE PART : - IDENTIFIE LA KININOGENE HUMAINE, PROTEINE RESPONSABLE DE L'IMMUNOGENICITE DE LOTS DE FACTEUR VIII. CETTE ETUDE S'INSCRIT DANS LE CADRE GENERAL DU PROJET PROTEOME, - LOCALISE UN PEPTIDE MODIFIE CHIMIQUEMENT PAR PHOTOMARQUAGE LORS DE L'ETUDE DES SITES DE LIAISON DE LA BUCHE, - DETERMINE DES SITES SPECIFIQUES D'HYDROLYSE DE LA GPV ET DE RECEPTEURS COUPLES AUX PROTEINES G (PAR 1, PAR 2).
Book Synopsis Apport de la spectrométrie de masse à l'étude des proteines by : Vanessa Grausi
Download or read book Apport de la spectrométrie de masse à l'étude des proteines written by Vanessa Grausi and published by . This book was released on 2009 with total page 182 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: Depuis les années 80, l'amélioration des techniques d'ionisation dans le domaine de la spectrométrie de masse a permis son application sur des échantillons biologiques solides, et en a fait une technique de choix pour l'étude des protéines. Dans un premier temps, après un bref rappel sur les caractéristiques histologiques et physiologiques de la dentine, nous nous focaliserons sur la composition protéique? Dans un deuxième temps, nous expliquerons les grands principes de la spectrométrie de masse, et notamment le prinicpe de fonctionnement des appareils de type MALDI-TOF. Enfin, dans la troisème partie de cet ouvrage, nous aborderons le partie expérimentale de notre étude autour de trois objectifs principaux : -Rechercher un protocole de préparation des échantillons pour les rendre compatibles avec l'analyse par spectrométrie de masse MALDI-TOF. -Obtenir des profils drotéiques de protèines dentaires. -Obtenir des images par spectrométrie de masse de la distribution de protéines dentaires à la surface d'une coupe longitudinale de dent. Conclusion : seuls les échantillons ayant été déminiéralisés et inclus dans la paraffine ont pu être analysés mais les résultats obtenus sont très prometteurs. La prochaine étape serait d'identifier les protéines mise en évidence lors de nos recherches. Les applications futures sont multiples, tant dans le domaine de la physiologie que de la pathologie dentinaires
Book Synopsis Application du couplage chromatographie liquide-spectrométrie de masse à l'étude de la biodisponibilité de peptides issus de produits laitiers et à la protéomique by : François Delalande
Download or read book Application du couplage chromatographie liquide-spectrométrie de masse à l'étude de la biodisponibilité de peptides issus de produits laitiers et à la protéomique written by François Delalande and published by . This book was released on 2003 with total page 252 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: Le couplage chromatographie liquide-spectrométrie de masse est devenu une méthode de choix pour la quantification de molécules dans une matrice, la détermination des séquences primaires de peptides et de protéines ainsi que la mise en évidence de modifications post-traductionnelles. Les progrès réalisés tant au niveau de la LC qu'au niveau de la spectrométrie de masse ont aussi révolutionné la biologie en permettant une identification sur des quantités femtomolaires de protéines séparées par électrophorèse bidimensionelle dans le cadre d'études protéomiques et la détection toujours plus sensible de molécules d'intérêt par exemple dans les fluides biologiques (plasma, urine, LCR).Mon travail de thèse a porté sur le choix et la mise au point de stratégies instrumentales et analytiques en optimisant de façon poussée tous les paramètres du couplage LC-MS et LC-MS-MS. La première partie concerne la mise au point expérimentale de techniques de microLC-MS et microLC-MS-MS pour la caractérisation de composés peptidiques et la mesure de leur biodisponibilité. La seconde partie porte sur le développement, l'optimisation et l'utilisation de la nano-LC-MS pour l'étude protéomique avec une première étude protéomique visant à caractériser les interactions entre le riz et le rice yellow mottle virus. Ce travail a permis par les techniques MALDI-MS et LC-MS-MS, de mettre en évidence les protéines du riz recrutées par les protéines de capside du virus et l'identification des protéines différentiellement exprimées selon la variété de riz (résistant/sensible). La seconde étude protéomique concerne la caractérisation de marqueurs d'expressions liés à l'anomalie "Mantled" chez le palmier à huile faisant appel au séquençage de novo. Pour conclure, nous avons utilisé les multiples potentiels du couplage microLC-MS et nanoLC-MS-MS pour répondre à différents problèmes biologiques. Ces réponses n'ont pu être obtenues que grâce à la mise au point de méthodologie particulière.
Book Synopsis Spectrométrie de masse MALDI-TOF pour l'étude structurale, les approches protéomiques et le profilage en masse by : Christophe Flahaut
Download or read book Spectrométrie de masse MALDI-TOF pour l'étude structurale, les approches protéomiques et le profilage en masse written by Christophe Flahaut and published by . This book was released on 2013 with total page 184 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: Parmi l’ensemble des techniques spectroscopiques, la spectrométrie de masse s’est imposée au fil des années comme une méthode analytique incontournable tant au niveau de discipline comme la chimie, la pharmacologie, la géologie, l’environnement, la biologie/biochimie, la médecine ou les sciences médico-légales... Cet outil a la capacité de séparer, de mesurer, de quantifier et d’obtenir de l’information structurale de particules subatomiques, d’atomes, de groupes d’atomes, de molécules, de macromolécules et maintenant d’agrégats moléculaires. Après un bref historique consacré à identifier les travaux de recherche du siècle dernier qui ont conduit à la naissance de la spectrométrie de masse, ce mémoire présente une vision pédagogique nouvelle de l’enseignement de la spectrométrie de masse auprès d’étudiants (non physiciens) en biologie/biochimie, en médecine, en chimie... La spectrométrie de masse de type matrix-assisted laser/desorption ionization (MALDI)-time-of-flight (TOF) est plus particulièrement développée et est illustrée par la présentation de travaux relatifs à : (i) la caractérisation structurale de modifications post-traductionnelles comme la glycosylation, (ii) l’approche protéomique des cellules endothéliales de capillaires cérébraux au phénotype barrière hémato-encéphalique et (iii) le profilage en masse de milieu biologique ou de bactéries. De par ses atouts, la spectrométrie de masse de type MALDI-TOF jouera sans nul doute dans les prochaines années un rôle prépondérant pour le management de la qualité et de la sécurité alimentaires. Les méthodes et les concepts restent cependant à inviter et à d’adapter au domaine agro-alimentaire. We are what we eat !
Book Synopsis Détection et localisation de modifications post-traductionnelles ou de mutations sur des protéines par spectrométrie de masse by : Françoise Pratbernou
Download or read book Détection et localisation de modifications post-traductionnelles ou de mutations sur des protéines par spectrométrie de masse written by Françoise Pratbernou and published by . This book was released on 1990 with total page 212 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: LA SPECTROMETRIE DE MASSE FAB OCCUPE A L'HEURE ACTUELLE UNE PLACE IMPORTANCE DANS L'ETUDE DES PROTEINES; ELLE TROUVE SA PLEINE UTILISATION DANS CERTAINES ANALYSES TRES DIFFICILES A REALISER PAR LES METHODES TRADITIONNELLES COMME LA LOCALISATION ET LA DETERMINATION DE MODIFICATIONS POST-TRADUCTIONNELLES ET DE MUTATIONS EN PATHOLOGIE HUMAINE. DES ANALYSES UTILISANT CONJOINTEMENT DES METHODES DE SPECTROMETRIE DE MASSE: FAB-MAPPING ET SPECTROMETRIE DE MASSE EN TANDEM ET DES DEGRADATIONS ENZYMATIQUES NOUS ONT PERMIS DE CARACTERISER DE NOUVEAUX MUTANTS DE L'HEMOGLOBINE (MUTANT GRENOBLE ET MUTANT R). LA STRATEGIE UTILISEE A ETE PREALABLEMENT TESTEE SUR DES MUTANTS CONNUS. L'IDENTIFICATION DE DEUX RESIDUS ACETYLE SUR DES ENZYMES ERYTHROCYTAIRES MPGM ET DPGM A ETE REALISE SELON DES STRATEGIES VOISINES. AFIN D'ESSAYER DE RESOUDRE LES PROBLEMES POSES PAR LA DESORPTION DE PEPTIDES EN MELANGE DANS LE MODE D'IONISATION FAB, NOUS AVONS, EN REGARD AVEC DES DONNEES DE LA LITTERATURE, REALISE UNE SERIE DE DERIVATIONS TENDANT A AUGMENTER L'HYDROPHOBIE DES DIFFERENTS CONSTITUANTS ET ACCROITRE AINSI LE RENDEMENT D'IONISATION. CETTE TECHNIQUE DE DERIVATION A PERMIS LA VISUALISATION DE LA TOTALITE DES PEPTIDES ISSUS DE LA CHAINE AINSI QUE L'IDENTIFICATION DE MODIFICATIONS POST-TRADUCTIONNELLES SUR LE PEPTIDE C TERMINAL DE LA TUBULINE QUI N'ETAIT PAS DESORBE A L'ETAT NATIF
Book Synopsis Manuel de spectrométrie de masse à l'usage des biochimistes by : Rusconi, Filippo
Download or read book Manuel de spectrométrie de masse à l'usage des biochimistes written by Rusconi, Filippo and published by Lavoisier. This book was released on 2011 with total page 675 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt:
Book Synopsis Contribution de la spectrométrie de masse à l'étude structurale des protéines by : Mostafa Kouach
Download or read book Contribution de la spectrométrie de masse à l'étude structurale des protéines written by Mostafa Kouach and published by . This book was released on 1993 with total page 390 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: Au cours de la spermatogenèse, la chromatine passe d'un état diffus dans la cellule somatique à un état fortement condensé dans les spermatozoïdes murs. Ce remaniement s'accompagne d'un remplacement des histones somatiques par des protéines plus basiques appelées protamines, soit directement, soit après mise en place de protéines intermédiaires spécifiques des spermatides. La compréhension des différents mécanismes impliqués dans cette condensation chromatinienne passe par la détermination de la structure primaire de ces protéines, mais également par la localisation de leurs différentes modifications post-traductionnelles. La structure de ces protéines spécifiques de la spermatogenèse se caractérise par : des séquences répétitives de groupements arginyl, la présence de variants structuraux, la faible diversité en acides aminés et divers degrés de phosphorylation. L'apport de la spectrométrie de masse a été fondamental dans la résolution de ces problèmes structuraux. La spectrométrie de masse à bombardement par atomes rapides ou fab ainsi que la technique électrospray ou es-ms nous ont permis d'élucider la structure complète de la protamine z3 de roussette, de mettre en évidence deux variants structuraux de la protéine intermédiaire tp1 de bélier, d'obtenir des éléments de structure de la protéine tp2 de bélier, et enfin de localiser le site de phosphorylation de la protamine isolée du testicule de bélier. Ces techniques ont été également prépondérantes dans la détermination du groupement acétyl bloquant de l'histone h5 de xenopus laevis et dans le positionnement des résidus acétyles et méthyles de la partie nh#2-terminale de l'histone h4 de thymus de veau
Book Synopsis Etude de modifications covalentes de protéines par spectrométrie de masse Maldi-Tof et Esi-Tof by : Maya Belghazi
Download or read book Etude de modifications covalentes de protéines par spectrométrie de masse Maldi-Tof et Esi-Tof written by Maya Belghazi and published by . This book was released on 2001 with total page 404 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: La spectrométrie de masse MALDI-TOF (matrix-assisted laser desorption/ionization- time of flight) et ESI-TOF (electrospray ionization- time of flight) permettent d'accéder à des méthodologies performantes pour l'étude de la structure primaire des protéines. Ce travail a mis en oeuvre ces deux modes d'ionisation pour étudier les modifications covalentes de trois protéines impliquées dans des contextes biologiques différents. En premier lieu, les modifications post-traductionnelles de deux nitrile hydratases (NHases), métalloenzymes bactériennes catalysant l'hydrolyse de nitriles en amides, ont été caractérisées. Des études sur les protéines intactes ont mis en évidence deux modifications post-traductionnelles--un acide sulfénique et un acide sulfinique--sur les cystéines du centre actif de deux NHases de bactéries différentes. Ensuite, nous avons caractérisé les modifications post-traductionnelles d'une protéine intervenant dans la coagulation sanguine, le facteur IX (FIX), dans le but d'établir une référence structurale du FIX plasmatique. Cette protéine comporte un ensemble de modifications complexes incluant en particulier N-glycosylations, O-glycosylations, phosphorylation et sulfatation, localisées sur une région de la protéine, le peptide d'activation. En dernier lieu, nous avons étudié les mécanismes d'inhibition suicide de deux cytochromes P450. Pour cela, nous avons caractérisé, grâce à des techniques de marquage par des isotopes stables, les métabolites produits lors de l'hydroxylation de l'acide tiénilique par le P450 2C9, réaction conduisant également à l'inactivation de l'enzyme. Ces expériences ont conduit à proposer deux mécanismes réactionnels différents pour ce composé. Le mécanisme de l'inhibition suicide d'un P450 d'origine végétale a été abordé en cherchant à identifier les peptides marqués pendant la réaction. Cette identification n'a pas été obtenue, vraisemblablement en raison de l'instabilité du marquage dans nos conditions d'analyse.
Book Synopsis Spectrométrie de masse des modifications induites ou post-traductionnelles de protéines by : Guillaume Gabant
Download or read book Spectrométrie de masse des modifications induites ou post-traductionnelles de protéines written by Guillaume Gabant and published by . This book was released on 2014 with total page 0 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: Les modifications de protéines, qu'elles soient post-traductionnelles (PTMs) ou induites chimiquement, ont une influence considérable sur l'activité des protéines. Des méthodes de spectrométrie de masse (MS) HRMS, MS/MS CID et ETD, et de biochimie ont été développées pour la caractérisation structurale et cinétique de complexes protéine-ligand et de PTMs, dans le but de disséquer leur mécanisme et de concevoir des médicaments covalents contre des protéines liant des protéases, des kinases, ou l'ADN. La MS combinée avec des outils biochimiques a permis de séquencer l'inhibiteur de protéases grégline, et de détecter une PTM originale. De même, la transposase MOS1, modèle de l'intégrase du VIH pour la conception d'inhibiteurs, s'avère être à la fois acétylée et phosphorylée. Pour la lyase Abf2, une stratégie de piégeage, purification, protéolyse et hydrolyse ADN du complexe covalent Abf2-ADN, couplée à l'analyse MS, a été développée. Enfin, l'interaction entre le surpresseur de métastase hPEBP1 et la locostatine a été disséquée sur la protéine entière et par approche bottom-up. La locostatine s'hydrolyse en butyrate après fixation. Afin d'identifier le site ciblé par la locostatine, les conditions de réaction et de protéolyse ont été optimisées. La présence de réactions non spécifiques a conduit au développement 1) d'un modèle mathématique permettant de déterminer la fraction de liaison optimale pour discriminer le site spécifique des sites non-spécifiques, et 2) d'une méthode pour la quantification parallèle et exhaustive du degré de modification de tous les sites modifiés d'une protéine. Ces outils sont applicables aux ligands covalents de protéines et/ou à leurs PTMs.
Book Synopsis DETERMINATION DE STRUCTURE DE PROTEINES PAR SPECTROMETRIE DE MASSE AVEC IONISATION ELECTROSPRAY by : MICHEL.. JAQUINOD
Download or read book DETERMINATION DE STRUCTURE DE PROTEINES PAR SPECTROMETRIE DE MASSE AVEC IONISATION ELECTROSPRAY written by MICHEL.. JAQUINOD and published by . This book was released on 1993 with total page pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: DANS LE CADRE DES ETUDES PORTANT SUR LES RELATIONS STRUCTURES/FONCTIONS DES MOCROMOLECULES BIOLOGIQUES, NOUS AVONS DEVELOPPE ET ADAPTE LA SPECTROMETRIE DE MASSE AVEC IONISATION PAR ELECTROSPRAY (ESMS) A L'ETUDE STRUCTURALE DES PROTEINES. CETTE NOUVELLE METHODE UTILISEE EN COMPLEMENT D'AUTRES TECHNIQUES D'ANALYSE A PERMIS DE METTRE EN EVIDENCE DES CHANGEMENTS MEME MINEURS DE LA STRUCTURE DES PROTEINES. EN ADAPTANT LES CONDITIONS D'IONISATION, NOUS AVONS PU MONTRER LA PRESENCE DE MODIFICATIONS POST-TRADUCTIONNELLES ACIDOLABILES (SULFATATION, PHOSPHORYLATION) OU CHIMIQUES (INTERMEDIAIRE CYCLIQUE DE D'AMIDATION). DE PLUS, LA CONNAISSANCE DE LA PHYSICO-CHIMIE DU SPRAY NOUS A PERMIS D'OUVRIR LA VOIE A L'ETUDE DE COMPLEXES DE TYPE NON-COVALENTS (ENZYME/SUBSTRATS, ENZYME/COFACTEUR) DIFFICILEMENT ETUDIABLES PAR LES METHODES CLASSIQUES DE BIOCHIMIE
Book Synopsis Nouvelles Stratégies en Protéomique by : Giovanni Chiappetta
Download or read book Nouvelles Stratégies en Protéomique written by Giovanni Chiappetta and published by . This book was released on 2009 with total page 210 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: Le travail de thèse présenté dans ce mémoire consiste en la mise au point de nouvelles méthodologies d'analyse pour les études protéomiques. Le sujet principal de ce travail de thèse a été l'optimisation de procédures innovantes qui se basent sur la manipulation chimique de mélanges peptidiques et sur l' analyses avancée par spectrométrie de masse MS3, et qui ont pour objectif d'améliorer les capacités d'identification et quantification des modifications post-traductionelles par une approche protéomique. Une nouvelle procédure d'identification des sites de nitration des protéines a été mise au point, par le moyen d'une modification sélective des peptides nitrés après dansylation et par l'analyse par spectrométrie de masse en modalité Precursor Ion Scan/MS3. Une telle stratégie pemet de surmonter quelques unes des limites classiques de l'analyse des sites de nitration des protéines, comme la nécessité d'utiliser des techniques d'enrichissement chromatographique mais permet aussi de surmonter les difficultés d'identification des peptides nitrés par spectrométrie de masse. Il a également été optimisé une procédure pour l'identification et la quantification des sites de nitration des protéines par le biais d'une modification sélective des peptides nitrés avec le réactif iTRAQ et par une analyse successive par spectrométrie de masse en modalité Precursor Ion Scan. Cette technique peut etre considérée comme étant la première stratégie capable simultanément d'identifier et de quantifier les sites de nitration des protéines par spectrométrie de masse. En outre, différentes conditions d'analyses pour l'identification des phospopeptides dans des mélanges biologiques ont été évaluées par analyse LC-MSMS en modalité neutral loss et precursor ion scan. De plus, une nouvelle procédure qui utilise la chimie des micro-ondes afin d'améliorer les analyses LC-MALDI-MSMS a également été optimisée, par un marquage extensif des mélanges peptidiques analysés avec du chlorure de dansyle. Cette étude a également permis de comprendre les caractéristiques de la fragmentation des peptides dansylés dans des éxpériences de post source decay. Enfin, des expériences préliminaires ont été réalisées afin de vérifier la possibilité d'utiliser les dérivés de la dansylation pour développer une nouvelle procédure finalisée à l'identification des états d'oxydations des résidus de cystéine des protéines séparées par une électrophorèse bi-dimensionelle. Les rèsultats obtenus indiquent que les dérivés du dansyle permettent de déterminer les variations des états d'oxydation des cysteines par des technniques de cytométrie en flux, électrophorèse bidimensionelle et spectrométrie de masse.
Book Synopsis Développement de nouvelles stratégies analytiques pour la caractérisation moléculaire des états d'oxydation à l'échelle protéomique by : Shakir Mahmood Shakir Shakir
Download or read book Développement de nouvelles stratégies analytiques pour la caractérisation moléculaire des états d'oxydation à l'échelle protéomique written by Shakir Mahmood Shakir Shakir and published by . This book was released on 2015 with total page 0 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: L'analyse des modifications post-traductionnelles (PTMs) est une des contributions les plus importantes de la protéomique aux sciences du vivant. Malgré les progrès importants des techniques séparatives et de la spectrométrie de masse, la quantification des PTMs reste un défi analytique. Le nombre limité de PTMs identifiées robustement dans une recherche, la nécessité d'enrichissement et l'estimation quantitative basée sur un seul peptide ne représentent que les difficultés les plus évidentes. De plus, la quantification des PTMs doit toujours être associée au profil d'expression de la protéine pour éviter les faux positifs.Nous avons développé de nouvelles stratégies analytiques de quantification des PTMs, en prenant en compte le niveau d'expression des protéines. Ces stratégies ont été appliquées à l'étude de l'oxydation des cystéines dans le cadre du stress oxydatif et de l'homéostasie redox.La stratégie OcSILAC est une adaptation de la technique biotin switch au marquage métabolique des cultures cellulaires et a été appliquée à un modèle de levure n'exprimant pas la thiorédoxine réductase. OcSILAC apporte des améliorations techniques importantes et une innovation dans le traitement des données. Les résultats obtenus sont en accord avec le système redox de ce modèle. OcSILAC a ensuite été adaptée au fractionnement subcellulaire pour étendre la couverture du redoxome.Une deuxième stratégie, OxiTMT, a été développée en se basant sur des tandem mass tags spécifiques de la cystéine. OxiTMT a été employée à l'étude de cellules E. Coli soumises à un traitement oxydatif. OxiTMT offre l'avantage d'une large gamme d'applications qui peut s'étendre aux tissus et aux biopsies.
Book Synopsis Advances in mass spectrometry based proteomics by : Guillaume Bechade
Download or read book Advances in mass spectrometry based proteomics written by Guillaume Bechade and published by . This book was released on 2009 with total page 247 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: L’engouement autour de l’analyse protéomique par spectrométrie de masse a masqué des questions essentielles comme la qualité et la validation des résultats. Des difficultés majeures persistent pour identifier toutes les protéines d’un échantillon et en obtenir un recouvrement de séquence maximal. Actuellement, l’information recueillie est largement incomplète et incertaine. Les progrès à réaliser passent par l’amélioration des techniques séparatives, de la spectrométrie de masse, et des outils bioinformatiques de validation des données protéomiques. Dans ce contexte, ce travail de thèse s’est articulé autour de deux thématiques : ‣ Le développement de méthodologies pour améliorer l’analyse protéomique. Une étude de la répétabilité des analyses nanoLC-MS/MS d’échantillons protéiques complexes a conduit à la mise en place de solutions simples pour améliorer le nombre et la qualité des identifications. Ces innovations ont été appliquées à (1) la recherche de biomarqueurs spécifiques de leucémies au diagnostic ambigu ; (2) l’identification de partenaires d’interaction de facteurs de transcription suppresseurs de tumeur dans le foie. ‣ La mise au point d’approches pour la caractérisation de complexes protéiques covalents à liaison cystéine-cystéine. Des mesures de protéines entières par LC-MS haute résolution et l’analyse par nanoLC-MS/MS de dipeptides ont notamment permis l’étude de mécanismes rédox intracellulaires. Ces travaux, proposant une utilisation plus fine et fiable de la spectrométrie de masse, ont montré de manière univoque la pertinence de l’approche protéomique pour la découverte clinique, l’analyse fonctionnelle et l’étude de mécanismes enzymatiques.
Book Synopsis La Spectrométrie de masse by : Sarah Sanglier
Download or read book La Spectrométrie de masse written by Sarah Sanglier and published by . This book was released on 2002 with total page 248 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: Ces dix dernières années, les développements de la spectrométrie de masse ont été spectaculaires et ont montré que cette technique était capable de transférer en phase gazeuse des complexes protéiques non-covalents sans les détruire. L'ionisation par électrospray permet à la fois d'introduire les échantillons en solution et de maintenir les interactions faibles préformées en solution en contrôlant soigneusement les conditions de fonctionnement de l'interface du spectromètre de masse. L'étude récente de ces complexes non-covalents par spectrométrie de masse est en plein essor : on parle de spectrométrie de masse supramoléculaire par opposition à la spectrométrie de masse moléculaire, où l'instrumentation est réglée de façon à rompre toutes les interactions non-covalentes.Ce travail a pour objectif d'élargir le champ d'applications de la spectrométrie de masse supramoléculaire en biologie. Il a porté principalement sur la mise au point de stratégies expérimentales permettant de répondre à divers problèmes biologiques, à savoir : d'une part, le développement d'une nouvelle approche basée sur la spectrométrie de masse supramoléculaire pour l'étude systématique d'interactions spécifiques entre une protéine et un ligand. Actuellement il est possible de produire un grand nombre de protéines, qui sont autant de cibles thérapeutiques potentielles, mais dont la fonction n'est pas toujours connue. Une nouvelle approche basée sur la spectrométrie de masse supramoléculaire a été mise au point pour identifier les ligands de protéines orphelines et ainsi accéder à leur fonction.d'autre part, la caractérisation par spectrométrie de masse ES de complexes non-covalents multiprotéiques de très hauts poids moléculaires, jusqu'à plusieurs millions de Daltons. Ces études préparent une spectrométrie de masse supramoléculaire capable d'analyser et de caractériser de gros complexes multiprotéiques et, par suite, d'accéder au complexome.
Book Synopsis Apports de la biochimie et de la protéomique dans l'étude de modifications du métabolisme cellulaire à travers deux exemples by : Françoise Torterotot-Immel
Download or read book Apports de la biochimie et de la protéomique dans l'étude de modifications du métabolisme cellulaire à travers deux exemples written by Françoise Torterotot-Immel and published by . This book was released on 2013 with total page 0 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: Un certain nombre de maladies neurodégénératives, comme la maladie de Creutzfeld-Jacob chez l'homme ou la maladie dite de "la vache folle" chez les bovins, sont dues au mauvais repliement d'une protéine cellulaire dite prion. Plusieurs protéines prions ont été identifiées chez des microorganismes comme Ure2p chez Saccharomyces cerevisiae ou HET-s chez Podospora anserina. Ces protéines sont non pathogènes pour l'homme et se comportent comme le prion de mammifères c'est à dire en s'assemblant également en fibres amyloïdes. Chez S. cerevisiae, la protéine Ure2p est associée au phénotype prion [URE3] et est agrégée dans ce type de cellule. Dans un premier temps, nous avons montré que les agrégats [URE3] obtenu in vivo étaient d'une nature différente des fibres amyloïdes produites in vitro. Dans un second temps, la technicité acquise au cours de l'étude biochimique d'Ure2p m'a permis d'aborder celle d'un orthologue, Ure2p de Saccharomyces paradoxus (Ure2p-Sp), qui n'est pas un prion "in vivo". Après avoir montré que les deux protéines sous forme soluble présentent les mêmes caractéristiques biochimiques, je montre qu'elles possèdent la même propension à former des fibres amyloïdes. Dans le cadre de cette étude nous montrons également que ces fibres sont infectieuses laissant penser qu'in vivo cette incapacité de la protéine Ure2p-Sp à basculer sous forme prion est plutôt due à une défaillance du mécanisme de propagation des prions plutôt qu'à une différence de la structure amyloïde proprement dite. Enfin, nous avons pu montrer qu'il était possible de transformer une protéine amyloïde non toxique en une protéine toxique en ne changeant que quelques acides aminés. En poursuivant cette étude par une étude in vitro, j'ai également pu observer que la protéine toxique s'organisait in vitro en de courtes fibres amyloïdes qui pouvaient mimer les intermédiaires responsables de la toxicité au cours des maladies neurodégénératives. Si dans cette première partie l'apport de la biochimie dans l'étude ciblée de différentes protéines amyloïdes de champignons ascomycètes est évident, l'étude des protéines peut également se faire par une approche biochimique globale sans a priori comme dans l'étude de la réponse protéique d'une plante à un stress environnemental. Grâce au séquençage des génomes, la biochimie post-génomique connait un essor exceptionnel et permet de mettre en évidence de nouvelles protéines dans le cadre d'études fonctionnelles. Dans ce but, j'ai mis en oeuvre une technique de protéomique différentielle : l'électrophorèse bidimensionnelle de type DiGE (Differential in-Gel Electrophoresis) dans le cadre de l'étude du protéome d'une plante invasive, le solidage Solidago canadensis, soumise à un stress d'origine anthropique. Cette étude protéomique vient en complément d'une étude phytosociologique des plantes capables de coloniser un sol très dégradé mais aussi de données de biodiversité, croissance et de mesures de la réponse anti-oxydante de ces végétaux. Cette analyse a révélé que sur des sols pollués, le solidage parvient non seulement à produire l'énergie nécessaire à sa croissance mais il parvient également à synthétiser les intermédiaires de biosynthèse du glutathion et des phytochélatines. Ainsi, le solidage est capable de s'adapter à ce milieu ce qui lui permet d'être tolérant à la pollution. Mes premiers résultats de biochimie post-génomique offrent de nouvelles bases pour la compréhension des mécanismes de tolérance au milieu de certaines plantes permettant le développement de technologies innovantes de phytorémédiation afin de restaurer les sols pollués.
