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Nouvelles Strategies En Proteomique
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Book Synopsis Nouvelles Stratégies en Protéomique by : Giovanni Chiappetta
Download or read book Nouvelles Stratégies en Protéomique written by Giovanni Chiappetta and published by . This book was released on 2009 with total page 210 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: Le travail de thèse présenté dans ce mémoire consiste en la mise au point de nouvelles méthodologies d'analyse pour les études protéomiques. Le sujet principal de ce travail de thèse a été l'optimisation de procédures innovantes qui se basent sur la manipulation chimique de mélanges peptidiques et sur l' analyses avancée par spectrométrie de masse MS3, et qui ont pour objectif d'améliorer les capacités d'identification et quantification des modifications post-traductionelles par une approche protéomique. Une nouvelle procédure d'identification des sites de nitration des protéines a été mise au point, par le moyen d'une modification sélective des peptides nitrés après dansylation et par l'analyse par spectrométrie de masse en modalité Precursor Ion Scan/MS3. Une telle stratégie pemet de surmonter quelques unes des limites classiques de l'analyse des sites de nitration des protéines, comme la nécessité d'utiliser des techniques d'enrichissement chromatographique mais permet aussi de surmonter les difficultés d'identification des peptides nitrés par spectrométrie de masse. Il a également été optimisé une procédure pour l'identification et la quantification des sites de nitration des protéines par le biais d'une modification sélective des peptides nitrés avec le réactif iTRAQ et par une analyse successive par spectrométrie de masse en modalité Precursor Ion Scan. Cette technique peut etre considérée comme étant la première stratégie capable simultanément d'identifier et de quantifier les sites de nitration des protéines par spectrométrie de masse. En outre, différentes conditions d'analyses pour l'identification des phospopeptides dans des mélanges biologiques ont été évaluées par analyse LC-MSMS en modalité neutral loss et precursor ion scan. De plus, une nouvelle procédure qui utilise la chimie des micro-ondes afin d'améliorer les analyses LC-MALDI-MSMS a également été optimisée, par un marquage extensif des mélanges peptidiques analysés avec du chlorure de dansyle. Cette étude a également permis de comprendre les caractéristiques de la fragmentation des peptides dansylés dans des éxpériences de post source decay. Enfin, des expériences préliminaires ont été réalisées afin de vérifier la possibilité d'utiliser les dérivés de la dansylation pour développer une nouvelle procédure finalisée à l'identification des états d'oxydations des résidus de cystéine des protéines séparées par une électrophorèse bi-dimensionelle. Les rèsultats obtenus indiquent que les dérivés du dansyle permettent de déterminer les variations des états d'oxydation des cysteines par des technniques de cytométrie en flux, électrophorèse bidimensionelle et spectrométrie de masse.
Book Synopsis Développement de nouvelles stratégies de chimie bio-orthogonales pour la protéomique by : Caroline Gurcel
Download or read book Développement de nouvelles stratégies de chimie bio-orthogonales pour la protéomique written by Caroline Gurcel and published by . This book was released on 2008 with total page 209 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: La O-N-acétyl glucosaminylation (O-GlcNAc) des protéines est une modification post-traductionnelle dynamique affectant les protéines nucléo-cytoplasmiques. Elle intervient notamment dans l’activité protéique et des pathologies comme le diabète voient des altérations de la distribution de cette glycosylation. Une détection et une identification spécifiques des protéines O-GlcNAc seraient d’un grand intérêt pour mieux comprendre cette modification. Nous avons mis au point un outil protéomique permettant de détecter et d’enrichir les protéines portant un groupement O-GlcNAc, basé sur une approche chimique bio-orthogonale par la réaction 1,3-dipolaire de Huisgen, aussi appelée click chemistry. Cette réaction, effectuée entre une fonction azido et un alcyne terminal, est compatible avec les milieux biologiques ; de plus, les groupements chimiques intervenant sont inertes vis-à-vis des fonctions du vivant. Lorsque la réaction est réalisée en conditions physiologiques, elle permet un étiquetage hautement spécifique de protéines O-GlcNAc grâce à l’incorporation métabolique d’un analogue azido de la glucosamine pouvant réagir avec des sondes portant la fonction alcyne. Cette méthode a permis la détection et l’identification de protéines O-GlcNAc en utilisant un système par affinité (biotine/streptavidine) suivi par une analyse par spectrométrie de masse. Cette stratégie a été améliorée en se basant sur un système impliquant des liaisons covalentes et clivables par irradiation UV ; elle vise à localiser les sites de modifications en purifiant des protéines et des peptides O-GlcNAc sur une phase solide portant la sonde photoclivable
Book Synopsis Nouvelles applications et opportunités en protéomique by : Nina Guillaumot
Download or read book Nouvelles applications et opportunités en protéomique written by Nina Guillaumot and published by . This book was released on 2017 with total page 0 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: Les objectifs de mes travaux de thèse étaient de développer de nouvelles méthodes d'identification, de caractérisation et de quantification de protéines, mieux adaptées à la diversité des études en protéomique, ce dont la biologie a besoin aujourd'hui. L'analyse protéomique par spectrométrie de masse est apparue comme un outil précieux et pertinent pour évaluer la qualité de l'isolement d'un complexe spécifique, et pour guider les biologistes dans les choix de la stratégie à adopter. La stratégie de marquage de N-terminomique développée a permis de caractériser un processus de maturation biologique en déterminant précisément les sites d'activation de la protéine Perséphone par marquage spécifique des extrémités N-terminales. Ce travail a permis d'élucider un nouveau mécanisme fin de régulation dans l'immunité innée chez la drosophile. De nouveaux modes de marquages ont été mis au point et les familles chimiques des réactifs de marquage étudiés permettront d'adapter au mieux les études de quantifications protéomiques à la nature et aux contraintes des études biologiques à mener.
Book Synopsis Nouvelles méthodologies protéomiques d’aide à l’annotation des génomes et à la validation des séquences protéiques by : Sébastien Gallien
Download or read book Nouvelles méthodologies protéomiques d’aide à l’annotation des génomes et à la validation des séquences protéiques written by Sébastien Gallien and published by . This book was released on 2009 with total page pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: Ces dernières années, l’analyse protéomique par spectrométrie de masse a considérablement progressé grâce à des développements technologiques jusqu’à devenir la méthode de choix pour l’étude des protéines. Les domaines d’application de la protéomique sont aujourd’hui très vastes et parmi ceux-ci un nouveau domaine est en pleine émergence : la protéogénomique dans laquelle la protéomique sert directement d’outil d’aide à l’annotation génomique. L’objectif principal de ce travail de thèse était de développer de nouvelles approches de protéogénomique basées sur les méthodologies de la protéomique pour améliorer la qualité des banques de séquences protéiques disponibles pour la communauté scientifique. Pour atteindre cet objectif, nous avons notamment développé : 1-Une nouvelle stratégie pour améliorer la détermination des peptides N-terminaux des protéines (stratégie N-TOP) afin de faciliter l’identification des codons d’initiation des protéines qui représente sans doute un des plus grands défis de l’annotation génomique. 2-Des stratégies optimisées de recherche de données MS/MS dans les banques de séquences (génomiques ou protéiques) pour faciliter la mise en évidence d’erreurs dans les banques protéiques générées par prédiction in silico. Ces stratégies ont pu être appliquées avec succès dans le cadre de différentes études en permettant d’améliorer la qualité des banques protéiques La stratégie N-TOP a également ouvert d’autres perspectives dans deux grands champs très important de la protéomique : la caractérisation des phosphorylations des protéines et la protéomique quantitative.
Book Synopsis Optimisations des stratégies analytiques quantitatives en protéomique by : Marine Plumel
Download or read book Optimisations des stratégies analytiques quantitatives en protéomique written by Marine Plumel and published by . This book was released on 2015 with total page 0 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: L'analyse protéomique consiste à caractériser l'ensemble des protéines exprimées dans une cellule, dans un état et à un temps donné (le protéome). L'analyse protéomique tend aujourd'hui à fournir des informations quantitatives, cependant, pour pouvoir générer des données fiables et sensibles, des optimisations méthodologiques doivent être apportées à chaque problématique biologique. L'objectif de cette thèse a été d'adapter les stratégies protéomiques quantitatives existantes à diverses problématiques biologiques. Ce travail de thèse a ainsi contribué à apporter des résultats originaux concernant l'étude de désordres métaboliques. Il a également permis la mise au point d'une méthode de suivi du statut reproducteur de la tortue Luth. Finalement, il a permis d'évaluer la réponse d'une lignée cellulaire hépatique à une intoxication chronique à l'acide valproique. Ces données alimenteront des algorithmes de prédiction de toxicité hépatique chronique au travers du consortium NOTOX (EU).
Book Synopsis Développements bioinformatiques en protéomique by : Michaël Heymann
Download or read book Développements bioinformatiques en protéomique written by Michaël Heymann and published by . This book was released on 2009 with total page 143 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt:
Book Synopsis Nouvelles méthodologies en protéomique pour une caractérisation fine des protéines by : Audrey Bednarczyk
Download or read book Nouvelles méthodologies en protéomique pour une caractérisation fine des protéines written by Audrey Bednarczyk and published by . This book was released on 2008 with total page pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: Les nouveaux besoins en analyse protéomique résident dans une caractérisation toujours plus fine des protéines ce qui inclus l’identification de modifications post-traductionnelles (PTMs). Ainsi, deux sujets ont été abordés : La caractérisation de N-glycoprotéines dont l’importance dans les systèmes biologiques n’est plus à démontrer. Ces études ont été réalisées sur une hormone de fécondité la FSH, un anticorps monoclonal, une protéine allergène et le parasite Toxoplasma Gondii. Le protéome du cheveu humain jamais été étudié en protéomique du fait de la complexité et de la nature des protéines. Nous avons mis au point des méthodes analytiques pour identifier les protéines de la tige capillaire, et cela pour mieux comprendre la structure du cheveu en termes de localisation des protéines, modifications des protéines et interactions protéines-protéines. Ainsi nous avons pu caractérisé plusieurs PTMs (méthylation, oxydation) et des connections inter-chaînes peptidiques.
Book Synopsis Développement de stratégies protéomiques pour la découverte de nouvelles protéines codées dans des séquences codantes non canoniques chez les eucaryotes by : Vivian Delcourt
Download or read book Développement de stratégies protéomiques pour la découverte de nouvelles protéines codées dans des séquences codantes non canoniques chez les eucaryotes written by Vivian Delcourt and published by . This book was released on 2017 with total page 0 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: La vision traditionnelle de la synthèse protéique chez les eucaryotes comprend un ARN messager (ARNm) qui porte un seul cadre de lecture ouvert (ORF). Chaque gène codant eucaryote produit généralement une protéine canonique et éventuellement une ou plusieurs isoformes. Cependant, de nombreuses évidences expérimentales récentes démontrent que le protéome des eucaryotes a été sous-estimé, et que les cellules sont capables de synthétiser des protéines qui n'étaient jusqu'alors pas prédites. Ces nouvelles protéines « alternatives » (altProts) peuvent être issues de la traduction d'ORFs non annotés contenus sur des ARNms, ou des ARNs non codants. Ces découvertes ont été possibles grâce aux progrès techniques réalisés en biochimie analytique en protéomique par spectrométrie de masse. Dans le cadre de ces analyses, deux approches sont privilégiées. La première, ou bottom-up se base sur les produits peptidiques issus d'une digestion enzymatique des protéines quand la seconde ou top-down est basée sur la mesure des protéines entières. Les travaux réalisés dans cette thèse s'articulent autour du développement de stratégies pour la découverte et la caractérisation des altProts par approches protéomiques bottom-up et top-down. Ces aspects sont décrits dans plusieurs publications scientifiques qui seront présentées dans ce manuscrit. Elles comprennent une revue de bibliographie, deux publications relatives à l'application de l'approche top-down par micro-extractions de tissus de cerveau de rat et de biopsie tumorale ovarienne et une publication relative à la détermination de la stœchiométrie de deux protéines, l'une alternative et l'autre canonique toutes deux issues du même gène.
Download or read book Phytomicronutriments written by IFN and published by Lavoisier. This book was released on 2012-04-20 with total page 410 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: Cet ouvrage répond aux questionnements scientifiques posés sur les effets biologiques des phytomicronutriments (polyphénols, phytostérols, caroténoïdes, glucosinolates…), dans le double contexte de transition nutritionnelle et du vieillissement de la population, et dans le cadre du rôle potentiel de notre alimentation dans la gestion de notre santé. Fruit d'un travail collectif initié par l'Institut français pour la nutrition (IFN) Les phytomicronutriments présente : - une classification des différentes familles de phytomicronutriments, - les principaux facteurs de variation impactant sur les quantités ingérées et sur leur biodisponibilité, car les effets santé des phytomicronutriments dépendent de leurs niveaux de consommation et de leur biodisponibilité, - leur fonctionnalité puis leur impact dans des populations spécifiques (femmes ménopausées, sportifs et personnes âgées), - les bénéfices/risques de quelques classes de molécules, les plus étudiées : phyto-oestrogènes, phytostérols et caroténoïdes, - une illustration de la composition en phytomicronutriments dans des menus types et la possibilité de les repérer dans les aliments sur la base de la couleur de ces derniers. Cet ouvrage s'adresse aux scientifiques, aux professionnels de l'industrie alimentaire, aux professionnels de la santé, aux enseignants et aux étudiants dans le domaine de la nutrition et de la santé.
Book Synopsis Guide pour la constitution d'une biobanque associée aux études épidémiologiques en population générale by : HENNY Joseph
Download or read book Guide pour la constitution d'une biobanque associée aux études épidémiologiques en population générale written by HENNY Joseph and published by Lavoisier. This book was released on 2012-12-14 with total page 138 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: Les grandes études en population s’accompagnent de plus en plus souvent de la constitution d’une biobanque, associant aux données cliniques, biologiques, environnementales et comportementales collectées la conservation d’échantillons biologiques. Les biobanques constituent ainsi un élément indispensable des dispositifs d’information sur l’état de santé lié aux phénotypes, aux génotypes et aux facteurs d’environnement. La conservation des informations recueillies devient alors indispensable, permettant de disposer de données déjà collectées pour apporter une réponse rapide lorsque surgit une nouvelle question de santé publique ou pour mesurer les paramètres biologiques à l’aide de méthodes plus performantes qu’au moment du recueil des informations ou selon de nouveaux de paramètres. L’objectif de ce livre est de faire le point sur les principaux aspects de la constitution, du fonctionnement et de l’utilisation de biobanques associées à des études en population générale et d’apporter une aide pour l’établissement du cahier des charges d’une biobanque. L’ouvrage comporte : des recommandations générales qui reflètent l’état de l’art en matière d’ingénierie de biobanques ; des éléments relatifs aux principaux choix stratégiques concernant la structure chargée de la conservation des échantillons biologiques et les options techniques pouvant être retenues pour le traitement et la conservation des échantillons ; une présentation de l’infrastructure nationale BIOBANQUES, qui coordonne l’ensemble des biobanques en France et assure le lien avec les structure scientifiques équivalentes à l’échelle européenne et internationale. Cet ouvrage s’adresse : aux médecins et chercheurs impliqués dans la collecte et l’exploitation des ressources biologiques.
Author :Canada Publisher :Canadian Museum of Civilization/Musee Canadien Des Civilisations ISBN 13 : Total Pages :200 pages Book Rating :4.:/5 (89 download)
Book Synopsis Biotechnologie Transforme la Société by : Canada
Download or read book Biotechnologie Transforme la Société written by Canada and published by Canadian Museum of Civilization/Musee Canadien Des Civilisations. This book was released on 2003 with total page 200 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: Depository Library Program.
Book Synopsis Cell Signaling in Host–Pathogen Interactions: The Host Point of View by : Diana Bahia
Download or read book Cell Signaling in Host–Pathogen Interactions: The Host Point of View written by Diana Bahia and published by Frontiers Media SA. This book was released on 2018-03-23 with total page 414 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: The ability of pathogens, such as parasites, bacteria, fungi and viruses to invade, persist and adapt in both invertebrate and vertebrate hosts is multifactorial and depends on both pathogen and host fitness. Communication between a pathogen and its host relies on a wide and dynamic array of molecular interactions. Through this constant communication most pathogens evolved to be relatively benign, whereas killing of its host by a pathogen represents a failure to adapt. Pathogens are lethal to their host when their interaction has not been long enough for adaptation. Evolution has selected conserved immune receptors that recognize signature patterns of pathogens as non-self elements and initiate host innate responses aimed at eradicating infection. Conversely, pathogens evolved mechanisms to evade immune recognition and subvert cytokine secretion in order to survive, replicate and cause disease. The cell signaling machinery is a critical component of the immune system that relays information from the receptors to the nucleus where transcription of key immune genes is activated. Host cells have developed signal transduction systems to maintain homeostasis with pathogens. Most cellular processes and cell signaling pathways are tightly regulated by protein phosphorylation in which protein kinases are key protagonists. Pathogens have developed multiple mechanisms to subvert important signal transduction pathways such as the mitogen activated protein kinase (MAPK) and the nuclear factor kB (NF-kB) pathways. Pathogens also secrete effectors that manipulate actin cytoskeleton and its regulators, hijack cell cycle machinery and alter vesicular trafficking. This research topic focuses on the cellular signaling mechanisms that are essential for host immunity and their subversion by pathogens.
Book Synopsis Antiviral Chemotherapy by : D. J. Jeffries
Download or read book Antiviral Chemotherapy written by D. J. Jeffries and published by . This book was released on 1995-07-11 with total page 614 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: Considerable advances have been made in the treatment of antiviral diseases over the last decade. Several new drugs have been introduced while new clinical information has been gathered on the efficacy of existing drugs. This study aims to provide an examination of the basic science (drug formulae, structure and biochemical activity) and clinical information (usage and efficacy) on chemotherapy, as well as describing future potentials.
Book Synopsis Toward a Canadian Action Agenda for Biotechnology by : Canadian Biotechnology Advisory Committee
Download or read book Toward a Canadian Action Agenda for Biotechnology written by Canadian Biotechnology Advisory Committee and published by Canadian Government Publishing. This book was released on 2006 with total page 156 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt:
Book Synopsis Specificity of Proteolysis by : Borivoj Keil
Download or read book Specificity of Proteolysis written by Borivoj Keil and published by Springer Science & Business Media. This book was released on 2012-12-06 with total page 343 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: Specificity of Proteolysis presents a survey and conclusions on the action or proteinases - enzymes which are cleaving proteins or peptides. The specificity of proteinases which is determined as the sequence of amino acids at the cleavage site of a substrate, is an important criteria to choose an enzyme as tool in protein research. Whenever one is looking for an enzyme to act at a defined site or to give defined cleavage products one will find comprehensive information in this work. Comprehensive information about more than 280 endopeptidases which are based on the database LYSIS including a calculation program to determine cleavage sites, is given in the book.
Author :Elizabeth van Pelt-Verkuil Publisher :Springer Science & Business Media ISBN 13 :1402062419 Total Pages :333 pages Book Rating :4.4/5 (2 download)
Book Synopsis Principles and Technical Aspects of PCR Amplification by : Elizabeth van Pelt-Verkuil
Download or read book Principles and Technical Aspects of PCR Amplification written by Elizabeth van Pelt-Verkuil and published by Springer Science & Business Media. This book was released on 2008-03-14 with total page 333 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: Kary Mullis was awarded a Nobel Prize for inventing the PCR technique more than a decade ago in 1993. Since its "discovery", multiple adaptations and variations of the standard PCR technique have been described. This publication aims to provide the reader with a guide to the standard PCR technique and its many available variants, with particular emphasis being placed on the role of these PCR techniques in the clinical diagnostic laboratory (the central theme of this book).
Book Synopsis Les écosystèmes digestifs by : FONTY Gérard
Download or read book Les écosystèmes digestifs written by FONTY Gérard and published by Lavoisier. This book was released on 2007-10-04 with total page 335 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: Les connaissances sur l'écologie des systèmes digestifs ont considérablement évolué au cours des deux dernières décennies. L'émergence de nouvelles méthodes moléculaires d'investigation a permis aux microbiologistes non seulement de « revisiter » les écosystèmes intestinaux déjà étudiés mais aussi d'accélérer le rythme de description des écosystèmes de nombreuses espèces animales présentant un intérêt pour l'alimentation et la nutrition de l'Homme et pour l'environnement. Cet ouvrage a donc pour objet d'expliquer le fonctionnement des principaux phénomènes observés dans les systèmes microbiens digestifs. Il est à ce jour le livre le plus complet relevant de cette discipline, passant en revue la structure des principales communautés microbiennes chez l'homme et les animaux : ruminants, porcs, volailles, rat, souris, insectes, etc. Il tire par ailleurs son originalité d'un contenu qui intègre les deux grandes composantes de l'écosystème, le biotope et la biocénose. Les écosystèmes digestifs s'adresse aux étudiants en licences et masters de biologie comme en classe préparatoire aux grandes écoles. Il sera également d'un usage précieux pour les agronomes, médecins, vétérinaires, pharmaciens et chercheurs en microbiologie.
