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Nouvelles Methodologies En Spectrometrie De Masse Native Et Mobilite Ionique Pour La Caracterisation Structurale De Macrobiomolecules Et De Leurs Complexes Associes
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Book Synopsis Nouvelles méthodologies en spectrométrie de masse native et mobilité ionique pour la caractérisation structurale de macrobiomolécules et de leurs complexes associés by : Johann Stojko
Download or read book Nouvelles méthodologies en spectrométrie de masse native et mobilité ionique pour la caractérisation structurale de macrobiomolécules et de leurs complexes associés written by Johann Stojko and published by . This book was released on 2016 with total page 0 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: Ce travail de thèse porte sur le développement de méthodes en spectrométrie de masse (MS) et mobilité ionique (IM-MS) supramoléculaires pour la caractérisation fine de complexes protéine-ligand et d'assemblages protéiques hétérogènes de hauts poids moléculaires. L'optimisation instrumentale apportée à l'étude de ces systèmes, permet d'étendre le potentiel de ces deux approches en biologie structurale. Le criblage de complexes protéine-ligand permet ici une détermination de leurs propriétés d'interaction et la mise en évidence de subtils changements de conformation induits, pouvant être suivis au cours du temps. L'application de ce couplage à l'analyse de complexes multi-protéiques, réfractaires aux techniques conventionnelles, donne accès à la topologie de ces assemblages, facilitant la proposition de modèles structuraux. Enfin, l'apport récent de la haute résolution en MS native est ici illustré à travers l'étude de protéines complexes et hétérogènes : les anticorps thérapeutiques et leurs conjugués. Ces développements permettent de repousser certaines limites en MS native et IM-MS native, élargissant leurs perspectives d'application dans la recherche et l'industrie pharmaceutique.
Book Synopsis Nouvelles méthodologies en spectrométrie de masse native et mobilité ionique pour la caractérisation structurale de protéines d'intérêt thérapeutique et de complexes multiprotéiques by : Thomas Botzanowski
Download or read book Nouvelles méthodologies en spectrométrie de masse native et mobilité ionique pour la caractérisation structurale de protéines d'intérêt thérapeutique et de complexes multiprotéiques written by Thomas Botzanowski and published by . This book was released on 2019 with total page 0 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: Ce travail de thèse repose sur le développement de méthodes en spectrométrie de masse native et mobilité ionique pour la caractérisation structurale de protéines d'intérêt thérapeutique et de complexes multiprotéiques. L'optimisation fine et conséquente de la préparation d'échantillon et des conditions analytiques ont permis la caractérisation de protéines membranaires solubilisées en milieu détergent, protéines hydrophobes habituellement réfractaires à l'analyse par MS. D'autre part, une nouvelle approche de mobilité ionique appelée Collision Induced Unfolding a été évaluée et mise en place au laboratoire. Elle a permis une caractérisation conformationnelle approfondie et originale de plusieurs formats d'anticorps monoclonaux thérapeutiques. Enfin, les techniques de MS native et de mobilité ionique ont été utilisées pour caractériser des complexes multiprotéiques d'hétérogénéité variable mettant ainsi en lumière leurs avantages et les progrès réalisés dans le domaine de la MS structurale.
Book Synopsis Nouvelles perspectives pour l'analyse et la caractérisation structurale de complexes biologiques par spectrométrie de masse supramoléculaire by : Cédric Atmanene
Download or read book Nouvelles perspectives pour l'analyse et la caractérisation structurale de complexes biologiques par spectrométrie de masse supramoléculaire written by Cédric Atmanene and published by . This book was released on 2009 with total page 285 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: La spectrométrie de masse supramoléculaire (ou MS des complexes non-covalents) est une technique biophysique de plus en plus sollicitée pour la caractérisation des interactions entre biomolécules. Afin d’étendre les potentialités de cette approche pour l’étude d’édifices biologiques non-covalents plus complexes, le travail réalisé au cours de cette thèse s’articule autour de trois axes :• L’automatisation des analyses nanoelectrospray sur puce microfluidique : en augmentant le débit d’analyses tout en réduisant la consommation d’échantillon, nos développements ont renforcé l’intérêt de la MS supramoléculaire pour la caractérisation détaillée de complexes biologiques ainsi que pour le criblage des ligands de protéines cibles.• La caractérisation de complexes protéine/ARN : les stratégies analytiques développées ont permis d’étendre le champ d’applications de la MS supramoléculaire à cette catégorie de complexes, démontrant ainsi la possibilité d’accéder à des informations concernant leur stœchiométrie ou encore leurs réseaux d’interactions.• Le couplage entre spectrométrie de mobilité ionique et MS : les développements méthodologiques réalisés ont permis d’atteindre un niveau supplémentaire dans la caractérisation de complexes biologiques avec la possibilité de différencier des conformères et d’estimer leur section efficace.Ce travail de thèse démontre la versatilité de l’approche de MS supramoléculaire qui se traduit par la diversité des complexes étudiés (protéine/ligand, protéine/oligonucléotide, etc.), ainsi que par la diversité des informations accessibles (stœchiométries, spécificités d’interaction, affinités, dynamiques d’assemblage et conformationnelles, etc.).
Book Synopsis Développements méthodologiques en spectrométrie de masse et en mobilité ionique pour l'étude d'assemblages supramoléculaires en biologie by : Stéphanie Bécard
Download or read book Développements méthodologiques en spectrométrie de masse et en mobilité ionique pour l'étude d'assemblages supramoléculaires en biologie written by Stéphanie Bécard and published by . This book was released on 2012 with total page 0 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: Ce travail de thèse a été focalisé sur le développement d'approches MS et IM-MS supramoléculaires pour la caractérisation fine des interactions protéine/ligand et pour l'analyse de mélanges protéiques complexes. La maîtrise des instruments de MS supramoléculaire ainsi que les optimisations instrumentales et méthodologiques réalisées ont permis d'étendre le potentiel des approches MS et IM-MS pour la caractérisation d'assemblages moléculaires particulièrement complexes. Nous avons ainsi pu suivre la cinétique de formation de complexes protéine/ligand ainsi que les changements conformationnels qui y sont associés, montrant l'intérêt du couplage IM-MS en recherche pharmaceutique. De plus, ce travail a porté sur l'étude de complexes de très hauts poids moléculaires et l'évaluation de l'IM-MS pour obtenir des informations structurales sur ces complexes. Nous avons ainsi permis de repousser certaines limites de la MS et de placer cette technique au cœur des études de biologie structurale.
Book Synopsis Interprétation des spectres de masse en couplage GC-MS - cours et exerices corrigés by : BOUCHONNET Stéphane
Download or read book Interprétation des spectres de masse en couplage GC-MS - cours et exerices corrigés written by BOUCHONNET Stéphane and published by Lavoisier. This book was released on 2012-09-04 with total page 218 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: C’est avec une réelle volonté didactique que cet ouvrage aborde l’interprétation des spectres de masse pour confirmer ou élucider des structures chimiques. Les publications scientifiques dédiées à la spectrométrie de masse sont souvent complexes et présentent une approche très théorique, souvent difficile à comprendre et à mettre en pratique. Ce livre se fait fort, grâce à sa simplicité et à sa démarche ancrée dans la pratique, d’offrir aux débutants comme aux spécialistes du domaine, les clés de cette technique. Un premier chapitre présente des rappels de chimie organique nécessaires à une bonne compréhension des réactions impliquées. Dans un deuxième chapitre, les mécanismes de formation et de dissociation des ions sont détaillés : ruptures simples et réarrangements, fragmentations secondaires, etc. Ces mécanismes sont illustrés de nombreux exemples concrets. La seconde partie de cet ouvrage propose une cinquantaine d'exercices corrigés permettant d'acquérir maîtrise et autonomie. À la fois manuel universitaire et guide pratique quotidien, L’interprétation des spectres de masse en couplage GC-MS constitue une référence pour tous les utilisateurs de couplage GC-MS tels que les ingénieurs, techniciens, chercheurs, étudiants, etc., débutants ou confirmés, désireux d'interpréter judicieusement leurs spectres de masse. Outre l'élucidation structurale, la compréhension des mécanismes qui régissent l'interprétation des spectres permet l'amélioration des méthodes analytiques et la fiabilisation des résultats.
Book Synopsis La spectrométrie de masse en couplage avec la chromatographie en phase gazeuse by : BOUCHONNET Stéphane
Download or read book La spectrométrie de masse en couplage avec la chromatographie en phase gazeuse written by BOUCHONNET Stéphane and published by Lavoisier. This book was released on 2009-09-09 with total page 211 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: Premier ouvrage spécifiquement consacré à ce couplage, La spectrométrie de masse en couplage avec la chromatographie en phase gazeuse se différencie des autres publications scientifiques dédiées à la spectrométrie de masse en abordant la technologie avec une réelle volonté didactique. Ce manuel propose une démarche ancrée dans la pratique et offre des atouts décisifs pour gagner en temps et en qualité : une approche simple et précise du principe de fonctionnement des spectromètres de masse utilisés en couplage GC-MS, avec un minimum d'équations mathématiques, un comparatif des différents types de sources, d'analyseurs et de détecteurs, une mise en avant des aspects pratiques tels que la stratégie de mise au point d'une méthode de dosage ou l'utilisation d'une bibliothèque de spectres, un inventaire des problèmes et des "pièges" habituellement rencontrés par les utilisateurs de couplage GC-MS, un recueil des erreurs les plus communément commises et les solutions claires pour s'en affranchir. Ces conseils sont illustrés par de nombreux exemples choisis dans des domaines aussi divers que la toxicologie ou l'analyse environnementale avec toujours un double objectif pour les utilisateurs : leur permettre de tirer rapidement le meilleur parti de leur spectromètre de masse, les assister dans la détermination du matériel et des méthodes les plus appropriés à un contexte analytique donné (identification structurale, dosages multi-résidus, détermination de composés à l'état de traces en matrices complexes, etc.).
Book Synopsis Etude structurale de biomolécules de grandes tailles, en phase gazeuse, par spectroscopie infrarouge, spectrométrie de mobilité ionique et dissociation induite par attachement d'électron by : Thi Ngà Lê
Download or read book Etude structurale de biomolécules de grandes tailles, en phase gazeuse, par spectroscopie infrarouge, spectrométrie de mobilité ionique et dissociation induite par attachement d'électron written by Thi Ngà Lê and published by . This book was released on 2014 with total page 230 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: Cette thèse présente une étude expérimentale et théorique de peptides protonés contenant plusieurs dizaines d’atomes en phase gazeuse. Le premier objectif de ce travail consistait à coupler trois techniques expérimentales complémentaires, la spectroscopie IRMPD, la spectrométrie de mobilité ionique et la dissociation induite par attachement d’électron (ECD), afin de caractériser la structure des peptides amyloïdes Aβ12-28 et de tryptophane zippers TZ1 et TZ4. L’originalité de cette étude porte sur l’analyse de la distribution d’intensité des fragments c/z obtenus en ECD en relation avec les informations structurelles obtenues par mobilité et IRMPD. Grâce à cette approche combinée, nous avons pu proposer les structures les plus probables adoptées en phase gazeuse par ces peptides flexibles. Nous avons montré que la structure native des peptides n’était pas conservée au passage en phase gazeuse. L’interprétation des données expérimentales repose sur un travail théorique important alliant des dynamiques moléculaires utilisant un champ de force AMBER aux méthodes de chimie quantique au niveau DFT pour simuler les spectres vibrationnels des peptides. Le second axe de ce travail a porté sur la conception, la réalisation et la caractérisation d’une nouvelle technique de mise en phase gazeuse de biomolécules et leurs complexes non-covalents par désorption laser IR sur une micro-gouttelette liquide directement sous vide. Cette technique originale pourrait être une alternative aux techniques ESI et MALDI. Nous avons obtenu les premiers spectres de masse et optimisé les paramètres importants de l’expérience : longueur d’onde, intensité laser, résolution en masse du spectromètre à temps de vol. D’autres développements sont en cours pour améliorer la détection et la résolution en masse de ce type de source qui produit des ions avec une grande dispersion en énergie cinétique : piéger les ions dans une trappe quadrupolaire et entraîner les ions dans une détente supersonique.
Book Synopsis Native Mass Spectrometry and Complementary Techniques to Characterize Biological Macromolecular Assemblies by : Andrew S. Norris
Download or read book Native Mass Spectrometry and Complementary Techniques to Characterize Biological Macromolecular Assemblies written by Andrew S. Norris and published by . This book was released on 2021 with total page 0 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: The structures adopted by biological macromolecules and macromolecular complexes are directly tied to their function. By better understanding the relationship between structure and function of biomolecules, lifesaving and life-changing interventions can be designed such as small molecule inhibitors of viral enzymes. Characterization of macromolecules with high-resolution structural techniques has greatly improved our fundamental understanding of how structures dictate function. High-resolution structural techniques including x-ray crystallography, cryo-electron microscopy, and nuclear magnetic resonance spectroscopy, however, have many challenges and so they require complementary techniques. Native mass spectrometry is one such technique that can be used to interrogate macromolecular assemblies and accurately determine molecular weight(s), oligomeric state(s), ligand-binding, and topology of the assembly. Native mass spectrometry has the advantage of not being limited by some of the common issues encountered by high-resolution techniques like molecular flexibility and sample heterogeneity that can limit resolution attainable or prevent structure determination altogether. This attribute is particularly valuable for the characterization of protein-nucleic acid complexes that have proven to be some of the more challenging complexes for high-resolution techniques. Throughout this work, native mass spectrometry is emphasized as a clear approach for examining differences in macromolecular assemblies that highlight the structural diversity of macromolecular systems which would otherwise not be evident. Chapter 3 describes identification of the physiological protein interface of a plant protein, BX1.This approach demonstrates the use of native mass spectrometry and covalent cross-linking mass spectrometry to solve a common issue with X-ray crystallography, namely artificial protein contacts formed during the crystallization process. Chapter 4 describes the investigation of the assembly pathway for RNase P, a multi-subunit archaeal ribonucleoprotein. Additionally, native mass spectrometry addresses the absence of a protein subunit in the cryo-EM structure of the same RNase P. Chapter 5 describes the investigation of the different assembly states of DNA annealing proteins. A cryo-EM reconstruction of a section of one of the protein-DNA complexes was determined. For this protein, native mass spectrometry complemented the cryo-EM study by determining the composition of the entire complex. With the native mass spectrometry assembly data for DNA annealing proteins and the cryo-EM for one of these proteins, proposed revisions to the current model of single-strand annealing are presented. Finally, in Chapter 6, cooperative ligand binding of three cyclic homo-oligomers is reported and a cooperative binding model, the nearest-neighbor model, was used to fit the data to quantitively determine thermodynamic parameters. RNA binding was also tested, but work is still ongoing. Overall, the work presented herein demonstrates the use of native mass spectrometry to study the assembly states of macromolecular complexes and hereby gain insights not easily accessible by other structural techniques.
Book Synopsis Mass Spectrometry in Biophysics by : Igor A. Kaltashov
Download or read book Mass Spectrometry in Biophysics written by Igor A. Kaltashov and published by John Wiley & Sons. This book was released on 2005-05-06 with total page 320 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: The first systematic summary of biophysical mass spectrometrytechniques Recent advances in mass spectrometry (MS) have pushed the frontiersof analytical chemistry into the biophysical laboratory. As aresult, the biophysical community's acceptance of MS-based methods,used to study protein higher-order structure and dynamics, hasaccelerated the expansion of biophysical MS. Despite this growing trend, until now no single text has presentedthe full array of MS-based experimental techniques and strategiesfor biophysics. Mass Spectrometry in Biophysics expertly closesthis gap in the literature. Covering the theoretical background and technical aspects of eachmethod, this much-needed reference offers an unparalleled overviewof the current state of biophysical MS. Mass Spectrometry inBiophysics begins with a helpful discussion of general biophysicalconcepts and MS-related techniques. Subsequent chaptersaddress: * Modern spectrometric hardware * High-order structure and dynamics as probed by various MS-basedmethods * Techniques used to study structure and behavior of non-nativeprotein states that become populated under denaturingconditions * Kinetic aspects of protein folding and enzyme catalysis * MS-based methods used to extract quantitative information onprotein-ligand interactions * Relation of MS-based techniques to other experimental tools * Biomolecular properties in the gas phase Fully referenced and containing a helpful appendix on the physicsof electrospray mass spectrometry, Mass Spectrometry in Biophysicsalso offers a compelling look at the current challenges facingbiomolecular MS and the potential applications that will likelyshape its future.
Book Synopsis Développement de nouvelles méthodologies par spectrométrie de masse à très haute résolution pour l'analyse structurale de complexes protéiques by : Ophélie Robine
Download or read book Développement de nouvelles méthodologies par spectrométrie de masse à très haute résolution pour l'analyse structurale de complexes protéiques written by Ophélie Robine and published by . This book was released on 2012 with total page 236 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: L'association échanges hydrogène/deutérium et spectrométrie de masse (HDX/MS) est devenue un outil analytique de choix pour l'étude de la structure et dynamique des protéines. L'approche classique "bottom-up" repose sur la digestion à la pepsine de la protéine deutérée et analyse des peptides protéolytiques par MS. Malheureusement, cette approche souffre de deux limitations majeures : (1) la résolution limitée par la taille des peptides après digestion et (2) l'échange inverse en solution avant l'analyse par MS. La MS en tandem classique ne peut pas être utilisée pour améliorer la résolution depuis que des expériences CID (Collision Induced Dissociation) sur des peptides deutérés ont montré une migration intramoléculaire des deutériums avant dissociation ("scrambling"). Par conséquent, il y a un grand intérêt à développer des approches HDX/MS alternatives pour améliorer les problèmes d'échange inverse, scrambling et résolution. Ce travail a donc consisté à mettre au point une méthode top-down HDX/MS robuste. Un nouveau système d'introduction des protéines deutérées dans le spectromètre de masse, appelé "cryosource", a été développé et les techniques d'activation basées sur la capture/transfert d'électron ont été utilisées. Il a récemment été montré que les méthodes ECD/ETD réduisaient le scrambling dans des conditions contrôlées avec une résolution à l'acide aminé près. L'utilisation de la cryosource a permis de diminuer l'échange inverse pendant des temps longs et avec des débits faibles. L'optimisation de tous les paramètres a été réalisée sur des peptides/protéine modèles. Notre objectif final était que notre approche soit applicable à l'analyse structurale du complexe aIF2
Book Synopsis Apports de l'échange hydrogène/deutérium couplé à la spectrométrie de masse en protéomique structurale pour la caractérisation de complexes multi-protéiques by : Guillaume Terral
Download or read book Apports de l'échange hydrogène/deutérium couplé à la spectrométrie de masse en protéomique structurale pour la caractérisation de complexes multi-protéiques written by Guillaume Terral and published by . This book was released on 2016 with total page 0 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: Ce travail de thèse porte sur développement de méthodes en spectrométrie de masse structurale pour l'analyse de protéines recombinantes et de leurs complexes associés. L'objectif central s'est porté sur des développements méthodologiques en échange hydrogène/deutérium couplé à la spectrométrie de masse (HDX-MS). Les techniques biophysiques de caractérisation structurale à haute résolution comme la cristallographie ou la RMN se heurtent régulièrement à des problèmes de productions de cristaux, de taille de complexes analysables ou encore de quantité de matériel nécessaire importante. Le développement de méthodes spécifiques HDX-MS a permis de réaliser une caractérisation structurale de systèmes protéiques variés, et réfractaires aux approches haute résolution. La combinaison de cette approche à différents outils de MS structurale est aussi illustrée, et montre tout son intérêt pour l'obtention d'informations à résolution augmentée.
Book Synopsis Apport de la spectrométrie de masse à l'élucidation de mécanismes biologiques by : Ana Paula Moraes Ventura
Download or read book Apport de la spectrométrie de masse à l'élucidation de mécanismes biologiques written by Ana Paula Moraes Ventura and published by . This book was released on 2005 with total page 552 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: Grâce au séquençage des génomes et aux progrès de la spectrométrie de masse, l'analyse protéomique se révèle un outil puissant pour l'identification des protéines. Les techniques telles que l'électrophorèse bidimensionnelle, la spectrométrie de masse et la bioinformatique constituent les clés d'une approche nommée " méthodologie classique de la protéomique ". La recherche en protéomique évolue de plus en plus vers la caractérisation de protéines issues de mélanges complexes, avec pour but de mieux comprendre les systèmes biologiques, les interactions entre protéines, ainsi que leurs fonctions. Deux méthodes d'ionisation sont mises en oeuvre dans le cadre des études de biologie structurale : le MALDI (Matrix Assisted Laser Desorption/Ionization) et l'électronébulisation (ESI, Electrospray Ionization). Ces deux techniques possèdent l'avantage d'être suffisamment douces pour ioniser et amener à l'état gazeux des macromolécules biologiques (protéines et des acides amines). La technique protéomique a été mise au point lors de ce travail de thèse, au sein du Laboratoire de Spectrométrie de Masse de l'Institut de Chimie des Substances Naturelles (ICSN, CNRS, Gif-sur-Yvette). Ainsi, plusieurs collaborations ont été engagées, qui font intervenir des compétences pluridisciplinaires. Dans une première partie sera décrite l'étude de complexes purifiés selon le protocole TAP. Cette méthodologie a permis la description de nouvelles sous-unités du snRNP U2, ainsi que l'identification d'un nouveau complexe, RES, impliqué dans le processus d'épissage alternatif. La caractérisation d'un complexe ultime (Dcs1 et Dcs2) de dégradation des ARNm a été réalisée. Dans un deuxième temps, la protéomique différentielle a été mise à profil dans le but de mieux appréhender la pathogenèse de la Mucoviscidose. Un élément fondamental a ainsi été révélé : la sous expression de l'Annexine 1, protéine critique du processus anti-inflammatoire/protecteur, et cruciale pour maintenir l'homéostasie et la réparation des tissus après un épisode inflammatoire. Un autre objectif d'étude a consisté en l'identification d'une nitro-réductase issue d'une souche de Bacillus sp. Cette enzyme s'avère capable de réaliser une double réduction du groupement nitro du 3,5-DNBTF. En fin, le dernier chapitre concerne le traitement par plasma froid à pression atmosphérique d'une protéine modèle : le lysosyme. Cette étude a permis d'identifier une modification chimique spécifique des résidus aminés tryptophane. L'ensemble de ces résultats illustre l'importance, dans des domaines très variés, de la protéomique ciblée.
Book Synopsis La Spectrométrie de masse by : Sarah Sanglier
Download or read book La Spectrométrie de masse written by Sarah Sanglier and published by . This book was released on 2002 with total page 248 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: Ces dix dernières années, les développements de la spectrométrie de masse ont été spectaculaires et ont montré que cette technique était capable de transférer en phase gazeuse des complexes protéiques non-covalents sans les détruire. L'ionisation par électrospray permet à la fois d'introduire les échantillons en solution et de maintenir les interactions faibles préformées en solution en contrôlant soigneusement les conditions de fonctionnement de l'interface du spectromètre de masse. L'étude récente de ces complexes non-covalents par spectrométrie de masse est en plein essor : on parle de spectrométrie de masse supramoléculaire par opposition à la spectrométrie de masse moléculaire, où l'instrumentation est réglée de façon à rompre toutes les interactions non-covalentes.Ce travail a pour objectif d'élargir le champ d'applications de la spectrométrie de masse supramoléculaire en biologie. Il a porté principalement sur la mise au point de stratégies expérimentales permettant de répondre à divers problèmes biologiques, à savoir : d'une part, le développement d'une nouvelle approche basée sur la spectrométrie de masse supramoléculaire pour l'étude systématique d'interactions spécifiques entre une protéine et un ligand. Actuellement il est possible de produire un grand nombre de protéines, qui sont autant de cibles thérapeutiques potentielles, mais dont la fonction n'est pas toujours connue. Une nouvelle approche basée sur la spectrométrie de masse supramoléculaire a été mise au point pour identifier les ligands de protéines orphelines et ainsi accéder à leur fonction.d'autre part, la caractérisation par spectrométrie de masse ES de complexes non-covalents multiprotéiques de très hauts poids moléculaires, jusqu'à plusieurs millions de Daltons. Ces études préparent une spectrométrie de masse supramoléculaire capable d'analyser et de caractériser de gros complexes multiprotéiques et, par suite, d'accéder au complexome.
Book Synopsis CARACTERISATION STRUCTURALE DE BIOMOLECULES PAR SPECTROMETRIE DE MASSE A DESORPTION/IONISATION LASER ASSISTEE PAR MATRICE by : MARC.. MONIATTE
Download or read book CARACTERISATION STRUCTURALE DE BIOMOLECULES PAR SPECTROMETRIE DE MASSE A DESORPTION/IONISATION LASER ASSISTEE PAR MATRICE written by MARC.. MONIATTE and published by . This book was released on 1997 with total page 184 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: CE TRAVAIL DE THESE MONTRE L'INTERET DE LA SPECTROMETRIE DE MASSE A DESORPTION/IONISATION LASER ASSISTEE PAR MATRICE (MALDI-TOF MS) COMME OUTIL D'ANALYSE STRUCTURALE DES PROTEINES. LE PRINCIPAL OBJECTIF DE CE TRAVAIL ETAIT D'AMELIORER LES PERFORMANCES DE CETTE TECHNIQUE D'IONISATION AFIN DE L'INTEGRER DANS LES STRATEGIES D'ANALYSE DU LABORATOIRE. LA PREMIERE PARTIE PRESENTE LE PRINCIPE DE FONCTIONNEMENT D'UNE SOURCE MALDI ET D'UN ANALYSEUR A TEMPS DE VOL (TOF) AVEC UNE ATTENTION PARTICULIERE PORTEE SUR LES PARAMETRES CONDITIONNANT LA RESOLUTION ET LA QUALITE DES SPECTRES MALDI-TOF. LA PARTIE RESULTATS PRESENTE LE DEVELOPPEMENT D'APPROCHES ANALYTIQUES NOUVELLES BASEES SUR LA TECHNIQUE D'IONISATION MALDI ET LEUR APPLICATION A DES PROBLEMES DE BIOCHIMIE ANALYTIQUE DIFFICILES A RESOUDRE AVEC LES TECHNIQUES USUELLES TELS QUE (I) LA LOCALISATION RAPIDE DE SITES DE CLIVAGE PROTEOLYTIQUES D'ENZYMES PEU SPECIFIQUES (PROTEASES LEUCOCYTAIRES, CATHEPSINES) SUR DES PROTEINES MEMBRANAIRES (RECEPTEUR PLAQUETTAIRES, APP) (II) L'IDENTIFICATION PRECOCE DE MOLECULES INDUITES (PEPTIDES ANTIBACTERIENS D'INSECTES, HORMONE ANDROGENE DE CRUSTACE) DIRECTEMENT A PARTIR DU TISSUS OU DU FLUIDE DANS LEQUEL ELLES SONT PRODUITES OU VEHICULEES (III) LA VERIFICATION DE L'INTEGRITE DES MOLECULES (DIPTERICINE, HORMONE ANDROGENE) AU COURS DE LEUR PURIFICATION (IV) LA DETERMINATION DE L'HETEROGENEITE DE GLYCOSYLATION DE PROTEINES RECOMBINANTES (HLH, HFSH) (V) LA DETERMINATION DE LA STOECHIOMETRIE DE COMPLEXATION DE PROTEINES MULTIMERIQUES DE HAUT POIDS MOLECULAIRE (HEMOLYSINE, AEROLYSINE). LES DONNEES PRESENTEES DEMONTRENT QUE L'OBTENTION ET LA QUALITE DES RESULTATS PASSENT PAR LA MAITRISE DE L'ETAPE DE PREPARATION DE L'ECHANTILLON. UN MEILLEUR CONTROLE DES DIFFERENTS PARAMETRES DE COCRISTALLISATION DE L'ECHANTILLON AVEC LA MATRICE PERMET DES AMELIORATIONS SIGNIFICATIVES EN TERME DE SENSIBILITE, DE RESOLUTION ET DE PRECISION SUR LA MASSE.
Book Synopsis Ion Mobility-Mass Spectrometry by : Giuseppe Paglia
Download or read book Ion Mobility-Mass Spectrometry written by Giuseppe Paglia and published by . This book was released on 2020 with total page 312 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: This book focuses on ion mobility-mass spectrometry (IM-MS) and informatics approaches to improve traditional analysis of molecules by providing fundamentals and protocols for exploiting the potential of state-of-the-art IM-MS technology for the most common analytical applications. The chapters have been organized into four parts, each dealing with a particular set of IM-MS applications: 1) metabolomics and lipidomics; 2) proteomics and glycomics; 3) imaging and ambient ionization IM-MS; and 4) bioinformatic solutions for analyzing IM-MS data and deriving CCS values. Written for the highly successful Methods in Molecular Biology series, chapters include introductions to their respective topics, lists of the necessary materials and reagents, step-by-step, readily reproducible laboratory protocols, and tips on troubleshooting and avoiding known pitfalls. Authoritative and practical, Ion Mobility-Mass Spectrometry: Methods and Protocols serves as an ideal resource for scientists delving into the technique's unprecedented analytical advantages, enabling novel qualitative and quantitative applications for the analysis of complex biological samples.
Book Synopsis CARACTERISATION DE COMPLEXES BIOLOGIQUES NON COVALENTS PAR SPECTROMETRIE DE MASSE AVEC IONISATION ELECTROSPRAY by : NOELLE.. POTIER
Download or read book CARACTERISATION DE COMPLEXES BIOLOGIQUES NON COVALENTS PAR SPECTROMETRIE DE MASSE AVEC IONISATION ELECTROSPRAY written by NOELLE.. POTIER and published by . This book was released on 1996 with total page 180 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: CE TRAVAIL DE THESE A CONSISTE A DETERMINER DANS QUELLE MESURE ET SOUS QUELLES CONDITIONS IL ETAIT POSSIBLE D'UTILISER LA SPECTROMETRIE DE MASSE AVEC IONISATION ELECTROSPRAY (ESMS) POUR LA CARACTERISATION DE COMPLEXES BIOLOGIQUES NON COVALENTS. POUR CELA, UN CERTAIN NOMBRE DE COMPLEXES NON COVALENTS METTANT EN JEU DES PROTEINES ET DES OLIGONUCLEOTIDES ONT ETE ETUDIES. POUR LA CARACTERISATION DE COMPLEXES NON COVALENTS METTANT EN JEU DES OLIGONUCLEOTIDES, UNE METHODOLOGIE PARTICULIERE A LEUR ETUDE EST PRESENTEE. UNE NOUVELLE PROCEDURE DE DESSALAGE RAPIDE ET EFFICACE, ASSOCIEE AU REMPLACEMENT DES CONTRE-CATIONS RESIDUELS PAR DES IONS AMMONIUM, A ETE MISE AU POINT CE QUI A PERMIS D'ETENDRE LES POSSIBILITES DE L'ESMS A LA CARACTERISATION D'OLIGONUCLEOTIDES SYNTHETIQUES OU NATURELS, MODIFIES CHIMIQUEMENT OU NON, JUSQU'A DES MASSES MOLECULAIRES DE 40 KDA AVEC UNE EXCELLENTE PRECISION (0,01%). DES CONDITIONS EXPERIMENTALES ASSURANT LE MAINTIEN DE LIAISONS NON COVALENTES SPECIFIQUES EN SOLUTION ET CONCILIABLES AVEC LA TECHNIQUE D'ESMS ONT ETE ETABLIES. ELLES ONT PERMIS DE CARACTERISER AVEC SUCCES DES INTERACTIONS NON COVALENTES DU TYPE OLIGONUCLEOTIDE-PEPTIDE, DUPLEX D'OLIGONUCLEOTIDE-ANTIBIOTIQUE (DISTAMYCINE ET ACTINOMYCINE), ANTIGENE-ANTICORPS, PROTEINE-PROTEINE (ALCOOL DESHYDROGENASE). ENFIN, UNE ETUDE DETAILLEE DES INTERACTIONS SPECIFIQUES ENZYME-COFACTEUR-INHIBITEUR DE L'ALDOSE REDUCTASE EST PRESENTEE. CETTE ETUDE A MONTRE QU'IL EST POSSIBLE DE DETERMINER LA SPECIFICITE ET LA STOECHIOMETRIE DE COMPLEXATION DU COFACTEUR ET D'UNE SERIE D'INHIBITEURS. L'ESMS DEVIENT DONC UNE METHODE UTILE POUR EXPLORER LA STRUCTURE TRIDIMENSIONNELLE DES BIOMOLECULES ET POURRA SE PRESENTER COMME UNE ALTERNATIVE INTERESSANTE AUX METHODES DEJA BIEN ETABLIES TELLES QUE LA RMN OU LA DIFFRACTION AUX RAYONS X
Book Synopsis Evaluation de l'approche par mobilité ionique couplée à la spectrométrie de masse pour l'analyse métabolomique by : Aurélie Delvaux
Download or read book Evaluation de l'approche par mobilité ionique couplée à la spectrométrie de masse pour l'analyse métabolomique written by Aurélie Delvaux and published by . This book was released on 2021 with total page 0 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: Les études métabolomiques sont de plus en plus employées dans de nombreux domaines tels que le diagnostic clinique, la santé humaine ou d'autres questionnements biologiques. Ces études utilisent soit des approches non-ciblées par prises d'empreintes d'un échantillon complexe soit des méthodes qui ciblent un ou plusieurs métabolites d'intérêt. Cependant, ces dernières restent difficiles en raison du nombre important de composés de structures différentes à identifier. Bien qu'une séparation chromatographique (LC) soit souvent employée, de nombreux composés isomères et isobares restent non résolus. Afin d'essayer de répondre à ce problème, cette thèse propose une approche par mobilité ionique (IM) couplée à la spectrométrie de masse (MS) en introduction directe comme technique alternative à la LC/MS. Une cellule de type "trapped ion mobility" (TIMS) a été utilisée en couplage avec un temps-de-vol (TOF) pour ces travaux de thèse. Cette cellule de mobilité présente l'avantage de pouvoir régler son pouvoir de résolution selon les expériences à mener et d'atteindre une haute résolution en mobilité. Nous avons, tout d'abord, évaluer la capacité de l'instrumentation TIMS-TOF à séparer des isomères en matrice complexe sur deux familles de standards : les dérivés d'estradiol dans une urine humaine et les oligosaccharides du lait maternel. Tous les isomères étudiées ont pu être caractérisés grâce à différentes solutions analytiques et la séparation en mobilité n'est pas ou peu impactée par la matrice complexe. Nous avons, ensuite, créer une base de données de valeurs CCS (Collisional Cross Section) à partir de métabolites standards afin d'améliorer l'étape d'identification structurale. La librairie finale contient plus de 1300 valeurs TIMSCCSN2 correspondant à plus de 400 métabolites. La comparaison de notre base de données avec 3 autres bases issues de la littérature et produites sur une cellule DTIMS montre une bonne corrélation mais la meilleure est obtenue pour les bases de données produites sur un instrument DTIMS calibré avec la même solution que nous, montrant l'importance de l'étape de calibration dans la détermination des valeurs CCS.
