Nouvelles Methodes Pour La Modelisation De Structures Tridimensionnelles De Molecules En Solution En Relation Avec Les Donnees De La Rmn 2d

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NOUVELLES METHODES POUR LA MODELISATION DE STRUCTURES TRIDIMENSIONNELLES DE MOLECULES EN SOLUTION EN RELATION AVEC LES DONNEES DE LA RMN 2D

Author : BERNARD.. STAWARZ
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ISBN 13 :
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Book Synopsis NOUVELLES METHODES POUR LA MODELISATION DE STRUCTURES TRIDIMENSIONNELLES DE MOLECULES EN SOLUTION EN RELATION AVEC LES DONNEES DE LA RMN 2D by : BERNARD.. STAWARZ

Download or read book NOUVELLES METHODES POUR LA MODELISATION DE STRUCTURES TRIDIMENSIONNELLES DE MOLECULES EN SOLUTION EN RELATION AVEC LES DONNEES DE LA RMN 2D written by BERNARD.. STAWARZ and published by . This book was released on 1990 with total page pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: LA RESONANCE MAGNETIQUE NUCLEAIRE (RMN) PERMET D'APPORTER UN GRAND D'INFORMATIONS SUR LA STRUCTURE MOLECULAIRE. LA RMN DU PROTON #1H PERMET D'ACCEDER AUX DISTANCES INTERPROTONS EN UTILISANT LES EFFETS OVERHAUSER OU NOE. CES NOE SONT UTILISES POUR MODELISER LES STRUCTURES MOLECULAIRES PAR MECANIQUE OU DYNAMIQUE MOLECULAIRE AVEC OU SANS CONTRAINTES. LES STRUCTURES OBTENUES SONT, EN GENERAL, RAFFINEES PAR DES METHODES DE CALCUL EN RETOUR QUI CONSISTENT A MINIMISER UNE FONCTION DU TYPE (A-A#0)#2 OU A#0 REPRESENTE LA VALEUR EXPERIMENTALE. CE TRAVAIL CONSISTE A DEVELOPPER UNE METHODE GLOBALE D'OPTIMISATION DE STRUCTURE UTILISANT DIRECTEMENT LES INTENSITES NOE. UN NOUVEAU POTENTIEL DE CONTRAINTE A ETE INTEGRE DANS UN PROGRAMME DE CALCUL APPELE MUNIC (MODELLING USING NOE INTENSITY CONSTRAINT) S'ARTICULANT AUTOUR DU LOGICIEL DE MODELISATION MOLECULAIRE GROMOS. CETTE NOUVELLE TECHNIQUE A ETE APPLIQUEE A L'ETUDE DE LA STRUCTURE TRIDIMENSIONNELLE DE LA STENDOMYCINE, LIPOPEPTIDE CYCLIQUE ANTIFONGIQUE. LES QUALITES DE CONVERGENCE DU POTENTIEL DE CONTRAINTE DEVELOPPE ONT ETE MONTREES. IL EST TOUT A FAIT ENVISAGEABLE DE CONDUIRE UNE SIMULATION DE DYNAMIQUE MOLECULAIRE AVEC CONTRAINTES D'INTENSITES NOE DANS LE BUT DE DECRIRE LA DYNAMIQUE INTERNE DES SYSTEMES BIOLOGIQUES

Nouvelles techniques pour la reconstruction par RMN de la structure tridimensionnelle de molécules en solution

Author : Véronique Stoven
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ISBN 13 :
Total Pages : 244 pages
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Book Synopsis Nouvelles techniques pour la reconstruction par RMN de la structure tridimensionnelle de molécules en solution by : Véronique Stoven

Download or read book Nouvelles techniques pour la reconstruction par RMN de la structure tridimensionnelle de molécules en solution written by Véronique Stoven and published by . This book was released on 1989 with total page 244 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: De nouvelles techniques de traitement des spectres de Résonance Magnétique Nucléaire à deux dimensions (RMN-2D) sont présentées, en vue d’aider à la reconstitution de la structure tridimensionnelle des molécules. L’expérience de NOESY-2D étant l’expérience clef dans la détermination des conformations, les problèmes posés par l’interprétation quantitative de l’Effet Nucléaire Overhauser (NOE), sont présentées en détail. Une méthode est proposée pour la détection et l’intégration automatique des pics dans les cartes de RMN-2D. Elle est utilisée dans la détermination de distances internucléaires à partir des cartes NOE, y compris en cas de présence de cohérences zéro-quanta. Les principes de la confrontation entre les données RMN, et celles de méthode de calculs théoriques de conformations, sont exposés. Un exemple d’application est donné par la détermination de la géométrie d’un oligo-nucléotide platiné. Cet exemple constitue un modèle dans l’étude de l’interaction entre l’ADN et une drogue antitumorale : le cisdiamine-dichloro-platine (II). Par ailleurs, l’auteur propose un algorithme de phasage automatique, et une méthode de déconvolution dans le cadre général de la reconstruction inverse des spectres par Maximum Entropie. Ces techniques devraient aider le spectroscopiste dans le traitement et l’interprétation de spectres complexes de macro-molécules.

TECHNIQUES DE MODELISATION MOLECULAIRE DEDIEES A L'ETUDE STRUCTURALE DE PEPTIDES ET PROTEINES EN SOLUTION, A PARTIR DE DONNEES DE RMN. APPLICATION A L'ETUDE DE LA COMPLEMENTATION D'UN MUTANT DE LA PHOSPHOGLYCERATE KINASE ET DU CHANGEMENT CONFORMATIONNEL PH-DEPENDANT DE L'ALPHA-COBRATOXINE

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Author : Éric Leroy
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Total Pages : 226 pages
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Book Synopsis TECHNIQUES DE MODELISATION MOLECULAIRE DEDIEES A L'ETUDE STRUCTURALE DE PEPTIDES ET PROTEINES EN SOLUTION, A PARTIR DE DONNEES DE RMN. APPLICATION A L'ETUDE DE LA COMPLEMENTATION D'UN MUTANT DE LA PHOSPHOGLYCERATE KINASE ET DU CHANGEMENT CONFORMATIONNEL PH-DEPENDANT DE L'ALPHA-COBRATOXINE by : Éric Leroy

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ETUDE PAR RMN 2D DE LA STRUCTURE TRIDIMENSIONNELLE EN SOLUTION AQUEUSE, DE PROTEINES DE TRANSFERT DE LIPIDES, ET DE LEURS INTERACTIONS AVEC LES LIPIDES

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Author : MARIE-CHRISTINE.. PETIT
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Total Pages : 168 pages
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Book Synopsis ETUDE PAR RMN 2D DE LA STRUCTURE TRIDIMENSIONNELLE EN SOLUTION AQUEUSE, DE PROTEINES DE TRANSFERT DE LIPIDES, ET DE LEURS INTERACTIONS AVEC LES LIPIDES by : MARIE-CHRISTINE.. PETIT

Download or read book ETUDE PAR RMN 2D DE LA STRUCTURE TRIDIMENSIONNELLE EN SOLUTION AQUEUSE, DE PROTEINES DE TRANSFERT DE LIPIDES, ET DE LEURS INTERACTIONS AVEC LES LIPIDES written by MARIE-CHRISTINE.. PETIT and published by . This book was released on 1994 with total page 168 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: LES PROTEINES DE TRANSFERT DE LIPIDES (NS-LTP) D'ORIGINE VEGETALE, FORMENT UNE FAMILLE DE PETITES PROTEINES (ENVIRON 9000 DALTONS), BASIQUES, QUI COMPRENNENT DANS LEURS SEQUENCES HUIT CYSTEINES ORGANISEES EN QUATRE PONTS DISULFURE. LE ROLE BIOLOGIQUE DE CES PROTEINES EST ENCORE MAL CONNU. IN VITRO, ELLES TRANSFERENT LES LIPIDES D'UNE MEMBRANE ARTIFICIELLE A UNE AUTRE. CE TRAVAIL PRESENTE LA DETERMINATION PAR RESONANCE MAGNETIQUE NUCLEAIRE (RMN), DE LA STRUCTURE TRIDIMENSIONNELLE EN SOLUTION DE LA NS-LTP EXTRAITE DU MAIS. DANS CE BUT DES EXPERIENCES DE RMN 2D DU TYPE TQF COSY ET COSY DQ, ONT ETE UTILISEES POUR RESOUDRE LES PROBLEMES D'ATTRIBUTION DES SPECTRES, INHERENTS A LA REPETITION DE CERTAINS ACIDES AMINES (SER, ALA, GLY). A PARTIR DES CONTRAINTES DEDUITES DES EXPERIENCES NOESY, LA STRUCTURE DE LA NS-LTP DE MAIS PU ETRE MODELISEE. IL S'AGIT D'UN ENROULEMENT DROIT DE QUATRE HELICES. AFIN D'APPREHENDER LES RELATIONS STRUCTURE/FONCTION DE CES PROTEINES, DES ETUDES ONT ETE ENTREPRISES SUR LES INTERACTIONS ENTRE LA NS-LTP DE MAIS ET DES PHOSPHOLIPIDES TELS QUE LA LYSOLAUROYL-PHOSPHATIDYLCHOLINE ET LA LYSO-PALMITOYL-PHOSPHATIDYLCHOLINE. POUR POUVOIR ETABLIR UNE COMPARAISON AVEC UNE PROTEINE DE LA MEME FAMILLE, DONT LA STRUCTURE A ETE RESOLUE AU LABORATOIRE, CES MEMES ETUDES ONT ETE REALISEES AVEC LA NS-LTP DE BLE. LES DONNEES DE LA RMN SUGGERENT UNE FIXATION DU LIPIDE A L'INTERIEUR DES POCHES HYDROPHOBES DES DEUX PROTEINES

MODELISATION DE LA STRUCTURE TRIDIMENSIONNELLE DE MACROMOLECULES A PARTIR DE DONNEES RMN

Author : EDITH.. GINCEL
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Total Pages : 165 pages
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Book Synopsis MODELISATION DE LA STRUCTURE TRIDIMENSIONNELLE DE MACROMOLECULES A PARTIR DE DONNEES RMN by : EDITH.. GINCEL

Download or read book MODELISATION DE LA STRUCTURE TRIDIMENSIONNELLE DE MACROMOLECULES A PARTIR DE DONNEES RMN written by EDITH.. GINCEL and published by . This book was released on 1993 with total page 165 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: L'INTERACTION DE MACROMOLECULES BIOLOGIQUES OU LA COMPLEXATION AVEC DES LIGANDS NECESSITE DES REARRANGEMENTS CONFORMATIONNELS ESSENTIELS A LEUR ACTIVITE BIOLOGIQUE. LA MODELISATION MOLECULAIRE PERMET DE DETERMINER LES STRUCTURES A PARTIR DE PARAMETRES EXPERIMENTAUX. MON TRAVAIL DE THESE A PORTE SUR L'ETUDE DE CES REARRANGEMENTS EN UTILISANT DES DONNEES DE RMN 2D. DEUX SYSTEMES ONT ETE ETUDIES: I) UN OLIGONUCLEOTIDE, L'OPERON LACTOSE COMPLEXE OU NON A SON REPRESSEUR. II) UNE PROTEINE DE BLE TRANSPORTANT DES LIPIDES, LA LTP (EN VUE D'ETUDIER LES DIFFERENCES STRUCTURALES OBTENUES AVEC CETTE MEME PROTEINE COMPLEXEE A UN PHOSPHOLIPIDE). POUR L'OPERON LACTOSE, NOUS DISPOSIONS DE CONTRAINTES RMN SUR L'OPERATEUR ISOLE ET COMPLEXE. UNE ETUDE EFFECTUEE EN UTILISANT LE LOGICIEL AMBER EN MECANIQUE ET DYNAMIQUE MOLECULAIRE NOUS A CONDUITS A DES RESULTATS DIFFICILES A EXPLOITER. SEULE LA MECANIQUE MOLECULAIRE EN COORDONNEES INTERNES (LOGICIEL JUMNA) PERMET DE S'AFFRANCHIR DES STRUCTURES INITIALES. LES MODIFICATIONS DE STRUCTURES ENTRE L'ADN ISOLE ET COMPLEXE SONT TRES LOCALISEES ET CONCERNENT LA STRUCTURE TRES FINE COMME PAR EXEMPLE UNE COURBURE DE LA DOUBLE HELICE. DANS LE CAS DE LA PROTEINE DE BLE, LA GENERATION DE STRUCTURES SE FAIT EN PLUSIEURS TEMPS. TOUT D'ABORD, LA GEOMETRIE DES DISTANCES EN UTILISANT LE LOGICIEL DSPACE PUIS UNE ETAPE DE RECUIT SIMULE A 1000K, ET ENFIN UNE ETAPE DE DYNAMIQUE MOLECULAIRE DE 100 PS A 300K EN UTILISANT LE LOGICIEL X-PLOR. C'EST LA PREMIERE STRUCTURE DE LTP ETABLIE. CETTE PROTEINE EST FORMEE DE QUATRE FRAGMENTS HELICOIDAUX ENROULES SELON UNE SPIRALE DROITE JUSQU'A UN FRAGMENT C-TERMINAL AYANT LA FORME D'UN SAXOPHONE

UTILISATION DE CONTRAINTES ORIENTATIONNELLES POUR LA DETERMINATION DE STRUCTURE PAR RMN

Author : JEAN-CHRISTOPHE.. HUS
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ISBN 13 :
Total Pages : 236 pages
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Book Synopsis UTILISATION DE CONTRAINTES ORIENTATIONNELLES POUR LA DETERMINATION DE STRUCTURE PAR RMN by : JEAN-CHRISTOPHE.. HUS

Download or read book UTILISATION DE CONTRAINTES ORIENTATIONNELLES POUR LA DETERMINATION DE STRUCTURE PAR RMN written by JEAN-CHRISTOPHE.. HUS and published by . This book was released on 2000 with total page 236 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: LA RMN EN SOLUTION S'EST IMPOSEE COMME UNE METHODE DE CHOIX POUR DETERMINER LA STRUCTURE TRIDIMENSIONNELLE DE BIOMOLECULES, UTILISANT PRINCIPALEMENT DES INFORMATIONS DE DISTANCE ET D'ANGLE DIEDRE, OBTENUES PAR LA MESURE DE NOE ET DE COUPLAGES 3J. LA RMN CLASSIQUE EST CEPENDANT LIMITEE DANS L'ETUDE DE PROTEINES GLOBULAIRES DE MASSE IMPORTANTE ET DE BIOMOLECULES D'ARCHITECTURE COMPLEXE COMME LES PROTEINES MODULAIRES, MEME AVEC LES TECHNIQUES LES PLUS AVANCEES, COMME LA DEUTERATION. SI LA RMN CLASSIQUE PREND AVANTAGE DU MOYENNEMENT ISOTROPE DES INTERACTIONS ETUDIEES, IL EST APPARU DES METHODES ALTERNATIVES BASEES SUR UN MOYENNEMENT INCOMPLET DE CELLES-CI. EN UTILISANT L'ANISOTROPIE DE REORIENTATION D'UNE BIOMOLECULE SUR ELLE-MEME OU EN ALIGNANT CELLE-CI FAIBLEMENT SUIVANT UNE DIRECTION PRIVILEGIEE, GRACE A UNE SUSCEPTIBILITE MAGNETIQUE ANISOTROPE OU EN UTILISANT DES MILIEUX CRISTAUX LIQUIDES, ON PEUT MESURER DE NOUVELLES CONTRAINTES STRUCTURALES, QUALIFIEES D'ORIENTATIONNELLES. APRES AVOIR DECRIT LES SPECIFICITES DE CES CONTRAINTES, NOUS AVONS UTILISE LE RAPPORT DES VITESSES DE RELAXATION R 2/R 1 POUR DETERMINER LE TENSEUR DE DIFFUSION ROTATIONNELLE DU CYTOCHROME C DE RHODOBACTER CAPSULATUS ET SON ETAT D'OLIGOMERISATION. NOUS AVONS ALORS CARACTERISE SA DYNAMIQUE INTERNE PUIS AFFINE LA STRUCTURE DE LA CHAINE PEPTIDIQUE. EN UTILISANT CES DONNEES DE RELAXATION, LES DEPLACEMENTS CHIMIQUES PARAMAGNETIQUES, LES CONSTANTES DE COUPLAGE DIPOLAIRE RESIDUEL ET UN EFFET DE CORRELATION CROISEE CURIE-DIPOLAIRE EN COMBINAISON AVEC UNE ANALYSE DE LA STRUCTURE SECONDAIRE, NOUS AVONS DETERMINE AB INITIO LA STRUCTURE GLOBALE DE CETTE MOLECULE PARAMAGNETIQUE. NOUS AVONS POUR CELA DEVELOPPE LE PROGRAMME SCULPTOR. ENFIN, NOUS AVONS MIS AU POINT UN ALGORITHME QUI MONTRE QUE LA MESURE DE CONSTANTES DE COUPLAGE DIPOLAIRE RESIDUEL DANS DES MILIEUX CRISTAUX LIQUIDES SUFFIT A DETERMINER LA STRUCTURE D'UNE PROTEINE.

ANTHEPROT

Author : Christophe Geourjon
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ISBN 13 :
Total Pages : 167 pages
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Book Synopsis ANTHEPROT by : Christophe Geourjon

Download or read book ANTHEPROT written by Christophe Geourjon and published by . This book was released on 1994 with total page 167 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: UNE DES ETAPES CAPITALE DE L'ETUDE DES RELATIONS STRUCTURES-FONCTIONS DES PROTEINES CONSISTE A EFFECTUER UNE ANALYSE EXHAUSTIVE DES SEQUENCES PROTEIQUES AFIN D'EN EXTRAIRE LE MAXIMUM D'INFORMATION. NOUS AVONS MIS AU POINT UNE NOUVELLE METHODE DE PREDICTION DE LA STRUCTURE SECONDAIRE APPELEE SOPM, POUR SELF OPTIMISED PREDICTION METHOD QUI EST AUJOURD'HUI UNE DES PLUS PERFORMANTE (69%) POUR 3 ETATS STRUCTURAUX: HELICE, FEUILLET ET REGIONS APERIODIQUES). CETTE METHODE ASSOCIE ETROITEMENT RECHERCHE DE PROTEINES HOMOLOGUES, RECHERCHE DE PROTEINES APPARTENANT A UNE MEME CLASSE STRUCTURALE ET AUTO-OPTIMISATION DE LA PREDICTION. NOUS AVONS DEVELOPPE UN LOGICIEL GRAPHIQUE INTERACTIF D'ANALYSE THEORIQUE DE SEQUENCE DE PROTEINE SUR STATION DE TRAVAIL IBM RISC 6000, LE LOGICIEL ANTHEPROT. CE LOGICIEL RASSEMBLE UN LARGE EVENTAIL DE METHODES D'ETUDES DES SEQUENCES DE PROTEINES: RECHERCHE DE SITES FONCTIONNELS, RECHERCHE DE PROTEINES HOMOLOGUES DANS LES BANQUES DE SEQUENCES, TECHNIQUES D'ALIGNEMENTS MULTIPLES, ETUDE DE PARAMETRES PHYSICO-CHIMIQUES, PREDICTION DE STRUCTURES SECONDAIRES. LE LOGICIEL ANTHEPROT PERMET LA VISUALISATION ET LA MANIPULATION DE STRUCTURES TRIDIMENSIONNELLES DE MACROMOLECULES. IL POSSEDE LES DIFFERENTS OUTILS COURAMMENT UTILISES: MODES DE REPRESENTATIONS, SELECTIONS, MODULE DE SUPERPOSITION, OUTILS GEOMETRIQUES, VISUALISATION DE PROPRIETES PHYSICO-CHIMIQUES, EXPLOITATION DE RESULTATS DE DYNAMIQUE MOLECULAIRE. AFIN DE REPONDRE AUX BESOINS SPECIFIQUES DE LA MODELISATION MOLECULAIRE SOUS CONTRAINTES RMN, NOUS AVONS DEVELOPPE A L'INTERIEUR D'ANTHEPROT UN MODULE RMN PERMETTANT UNE INTERFACE AVEC LE LOGICIEL X-PLOR. CE MODULE GRAPHIQUE ET INTERACTIF PERMET UNE EXPLOITATION RAPIDE DES DONNEES ISSUES DE LA RMN ET DE LA MODELISATION. CETTE STRATEGIE GLOBALE D'ETUDE DES RELATIONS STRUCTURE-FONCTION, A ETE UTILISEE DANS LE CADRE DU PROJET DE CARACTERISATION STRUCTURALE ET FONCTIONNELLE DU DOMAINE DE FIXATION A L'ADN DU REPRESSEUR FRUR DE L'OPERON ACE D'ESCHERICHIA COLI. CE DOMAINE A ETE SUREXPRIME ET PURIFIE A L'HOMOGENEITE, SA STRUCTURE A ETE DETERMINEE PAR MODELISATION MOLECULAIRE SOUS CONTRAINTES RMN EN UTILISANT LES LOGICIELS X-PLOR ET ANTHEPROT

MODELISATION DE LA FLEXIBILITE DES GLYCANNES COMPLEXES EN SOLUTION ET EN INTERACTION AVEC DES PROTEINES

Author : JAN.. GRUZA
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ISBN 13 :
Total Pages : 148 pages
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Book Synopsis MODELISATION DE LA FLEXIBILITE DES GLYCANNES COMPLEXES EN SOLUTION ET EN INTERACTION AVEC DES PROTEINES by : JAN.. GRUZA

Download or read book MODELISATION DE LA FLEXIBILITE DES GLYCANNES COMPLEXES EN SOLUTION ET EN INTERACTION AVEC DES PROTEINES written by JAN.. GRUZA and published by . This book was released on 1998 with total page 148 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: LE COMPORTEMENT CONFORMATIONNEL DES GLYCANNES, ET DONC LEUR FLEXIBILITE, PEUVENT INFLUENCER DIRECTEMENT LA REACTIVITE CHIMIQUE ET L'ACTIVITE BIOLOGIQUE DE CES MOLECULES. DANS CE TRAVAIL, LA MODELISATION MOLECULAIRE D'UNE SERIE DE GLYCANNES DE COMPLEXITE CROISSANTE A ETE REALISEE EN UTILISANT PLUSIEURS METHODES D'EXPLORATION DE L'ESPACE CONFORMATIONNEL, DONT LA METHODE HEURISTIQUE CICADA, ASSOCIEES A DIFFERENTS CHAMPS DE FORCE : MM3 ET AMBER AVEC PLUSIEURS PARAMETRISATIONS DISPONIBLES POUR LES GLYCANNES. LA VALIDATION DES MODELES A ETE APPORTEE PAR DES METHODES THEORIQUES DE CHIMIE QUANTIQUE ET DES METHODES EXPERIMENTALES TELLES QUE LA RESONANCE MAGNETIQUE NUCLEAIRE ET LA CRISTALLOGRAPHIE AUX RAYONS X. POUR LES MONOSACCHARIDES, LES COMPORTEMENTS CONFORMATIONNELS DE DEUX CYCLES FURANOSE ONT ETE ETUDIES PAR PLUSIEURS METHODES ET LES RESULTATS ONT ETE COMPARES AUX STRUCTURES CRISTALLINES CONNUES. LES CONSTANTES DE COUPLAGE #3J#H#-#H INTRACYCLIQUES ONT ETE CALCULEES ET COMPAREES AUX DONNEES DE RMN. CETTE APPROCHE A PERMIS DE DETERMINER LES CONFORMATIONS DE PLUS BASSE ENERGIE AINSI QUE DE DEMONTRER LA GRANDE FLEXIBILITE DE CES SYSTEMES. LE COMPORTEMENT CONFORMATIONNEL DE LA LIAISON GLYCOSIDIQUE A ETE ETUDIE PAR MODELISATION MOLECULAIRE DE DEUX DISACCHARIDES ET D'UN HEPTASACCHARIDE. CES ETUDES ONT DEMONTRE LA CAPACITE DE LA METHODE CICADA A EXPLORER DES ESPACES CONFORMATIONNELS TRES COMPLEXES DE FACON RAPIDE ET EFFICACE. LES DONNEES RMN ET CRISTALLOGRAPHIQUES ONT CONFIRME L'EXISTENCE DES MODELES DE PLUS BASSE ENERGIE. AFIN D'ETUDIER LES INTERACTIONS PROTEINE-GLUCIDE, UN MODELE TRIDIMENSIONNEL D'UN COMPLEXE ENTRE LA LECTINE DE LATHYRUS OCHRUS ET UN NONASACCHARIDE BIANTENNE ET FLUCOSYLE A ETE CONSTRUIT. LES COMPORTEMENTS CONFORMATIONNELS DU NONASACCHARIDE LIBRE ET COMPLEXE ONT ETE ETABLIS EN UTILISANT LES METHODES CONFORMATIONNELLES VALIDEES SUR LES MOLECULES PLUS PETITES. LES RESULTATS DE LA MODELISATION ONT PU ETRE COMPARES AVEC LES DONNEES CRISTALLOGRAPHIQUES DE PLUSIEURS COMPLEXES LECTINE/OLIGOSACCHARIDES. LES LIMITES DES METHODES DE MODELISATION MOLECULAIRE UTILISEES DANS CETTE ETUDE SONT DISCUTEES.

Détermination de la structure de protéines à l’aide de données faiblement résolues

Author : Marc Piuzzi
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ISBN 13 :
Total Pages : 157 pages
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Book Synopsis Détermination de la structure de protéines à l’aide de données faiblement résolues by : Marc Piuzzi

Download or read book Détermination de la structure de protéines à l’aide de données faiblement résolues written by Marc Piuzzi and published by . This book was released on 2010 with total page 157 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: La connaissance des structures tridimensionnelles des macromolécules biologiques est indispensable pour mieux comprendre leur rôle et pour la conception de nouvelles molécules thérapeutiques. Les techniques utilisées actuellement offrent une grande variété d’approches qui utilisent à la fois des informations spécifiques à la protéine étudiée et des informations génériques communes à l’ensemble des protéines. Il est possible de classer ces méthodes en fonction de la quantité d’information utilisée dans chacune de ces deux catégories avec d’un côté des méthodes utilisant le plus possible de données spécifiques à la protéine étudiée et de l’autre les méthodes utilisant le plus possibles de données génériques présentes dans les bases de données.Le travail présenté dans cette thèse aborde deux utilisations de techniques mixtes, présentant une autre combinaison entre données spécifiques et données génériques. En particulier nous avons cherché à obtenir la structure de protéines composée d’un ou deux domaines en ne disposant que d’un nombre restreint de données spécifiques. Pour déterminer la structure d’une protéine de grande taille composée de deux domaines à l’aide de données de diffusion des rayons X et de modèles obtenus par de la modélisation par homologie, nous avons adapté puis optimisé un programme récemment développé au laboratoire. Nous avons ensuite modélisé la structure d’un domaine d’une protéine de virus en incorporant un faible nombre de contraintes issues des données obtenues par RMN dans une méthode de prédiction de structure « ab initio ». Enfin, nous avons étudié l’intérêt d’intégrer les courants de cycle, une composante du déplacement chimique, dans un programme d’arrimage moléculaire pour la résolution de complexes protéine-ADN.

Simulation numérique et approche orientée connaissance pour la découverte de nouvelles molécules thérapeutiques

Author : Léo Aymar Ghemtio Wafo
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ISBN 13 :
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Book Synopsis Simulation numérique et approche orientée connaissance pour la découverte de nouvelles molécules thérapeutiques by : Léo Aymar Ghemtio Wafo

Download or read book Simulation numérique et approche orientée connaissance pour la découverte de nouvelles molécules thérapeutiques written by Léo Aymar Ghemtio Wafo and published by . This book was released on 2010 with total page 0 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: L'innovation thérapeutique progresse traditionnellement par la combinaison du criblage expérimental et de la modélisation moléculaire. En pratique, cette dernière approche est souvent limitée par la pénurie de données expérimentales, particulièrement les informations structurales et biologiques. Aujourd'hui, la situation a complètement changé avec le séquençage à haut débit du génome humain et les avancées réalisées dans la détermination des structures tridimensionnelles des protéines. Cette détermination permet d'avoir accès à une grande quantité de données pouvant servir à la recherche de nouveaux traitements pour un grand nombre de maladies. À cet égard, les approches informatiques permettant de développer des programmes de criblage virtuel à haut débit offrent une alternative ou un complément aux méthodes expérimentales qui font gagner du temps et de l'argent dans la découverte de nouveaux traitements.Cependant, la plupart de ces approches souffrent des mêmes limitations. Le coût et la durée des temps de calcul pour évaluer la fixation d'une collection de molécules à une cible, qui est considérable dans le contexte du haut débit, ainsi que la précision des résultats obtenus sont les défis les plus évidents dans le domaine. Le besoin de gérer une grande quantité de données hétérogènes est aussi particulièrement crucial.Pour surmonter les limitations actuelles du criblage virtuel à haut débit et ainsi optimiser les premières étapes du processus de découverte de nouveaux médicaments, j'ai mis en place une méthodologie innovante permettant, d'une part, de gérer une masse importante de données hétérogènes et d'en extraire des connaissances et, d'autre part, de distribuer les calculs nécessaires sur les grilles de calcul comportant plusieurs milliers de processeurs, le tout intégré à un protocole de criblage virtuel en plusieurs étapes. L'objectif est la prise en compte, sous forme de contraintes, des connaissances sur le problème posé afin d'optimiser la précision des résultats et les coûts en termes de temps et d'argent du criblage virtuel.

ETUDE PAR SIMULATION MOLECULAIRE DU DEPLIEMENT DU DOMAINE II DE L'ANNEXINE I HUMAINE

Author : GABRIEL-VICTOR.. MUSAT
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ISBN 13 :
Total Pages : 116 pages
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Book Synopsis ETUDE PAR SIMULATION MOLECULAIRE DU DEPLIEMENT DU DOMAINE II DE L'ANNEXINE I HUMAINE by : GABRIEL-VICTOR.. MUSAT

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L'ARRIMAGE MOLECULAIRE SOUS CONTRAINTES RMN

Author : XAVIER.. MORELLI
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ISBN 13 :
Total Pages : 149 pages
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Book Synopsis L'ARRIMAGE MOLECULAIRE SOUS CONTRAINTES RMN by : XAVIER.. MORELLI

Download or read book L'ARRIMAGE MOLECULAIRE SOUS CONTRAINTES RMN written by XAVIER.. MORELLI and published by . This book was released on 2000 with total page 149 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: LA PROTEIN DATA BANK POSSEDE PLUS DE 11000 STRUCTURES DONT SEULEMENT 4% SONT DES STRUCTURES DE COMPLEXES. DEUX METHODES MAJEURES PERMETTENT ACTUELLEMENT DE DETERMINER DE TELLES STRUCTURES. LA CRISTALLOGRAPHIE EST LIMITEE PAR L'ETAPE DE CO-CRISTALLISATION TANDIS QUE LA RESONANCE MAGNETIQUE NUCLEAIRE EST LIMITEE PAR LA MASSE MOLECULAIRE DES PROTEINES. L'ARRIMAGE MOLECULAIRE SOUS CONTRAINTES RMN PEUT ETRE UNE ALTERNATIVE A CES LIMITATIONS. L'EXEMPLE DU COMPLEXE CYTOCHROME C 5 5 3/FERREDOXINE ETANT PARFAITEMENT INTEGRE DANS L'APPROXIMATION DES CORPS RIGIDES (PEU DE CHANGEMENTS CONFORMATIONNELS ENTRE LA FORME LIBRE ET LA FORME COMPLEXEE), NOUS AVONS MARQUE LES DEUX MOLECULES A L'AZOTE 1 5N AFIN D'ENTREPRENDRE UNE ETUDE DE LA FORMATION DU COMPLEXE AVEC LE PARTENAIRE (NON MARQUE) PAR RMN HETERONUCLEAIRE. NOUS AVONS AINSI OBTENU LE SITE D'INTERACTION DE LA FERREDOXINE (NON MARQUEE) SUR LE CYTOCHROME (MARQUE) ET VICE-VERSA. LA DERNIERE ETAPE A CONCERNE L'ETUDE DE LA MODELISATION DE LA STRUCTURE TRIDIMENSIONNELLE PAR ARRIMAGE MOLECULAIRE SOUS CONTRAINTES RMN. NOUS AVONS INTEGRE UN NOUVEAU MODULE PERMETTANT D'INJECTER LES VALEURS DES DEPLACEMENTS CHIMIQUES OBTENUS PAR RMN HETERONUCLEAIRE, DANS LE LOGICIEL BIGGER. NOUS PROPOSONS ICI UN MODELE TRIDIMENSIONNEL CONCERNANT CE COMPLEXE D'OXYDOREDUCTION. CETTE APPROCHE OUVRE LA VOIE A TOUS LES AUTRES COMPLEXES REPONDANT AUX CONDITIONS D'APPROXIMATION DES CORPS RIGIDES. NOUS AVONS ENSUITE APPLIQUE CETTE STRATEGIE AU COMPLEXE HYDROGENASE / CYTOCHROME C 5 5 3 (COMPLEXE PHYSIOLOGIQUE DE 60 KDA) EN APPLIQUANT UNE NOUVELLE SEQUENCE D'IMPULSION DE RMN HETERONUCLEAIRE, LE TROSY, QUI PERMET DE REALISER L'ETUDE DE COMPLEXE A HAUT POIDS MOLECULAIRE PAR RMN EN DIMINUANT L'EFFET D'ELARGISSEMENT DE LA LARGEUR DE RAIE OBSERVEE. CETTE ETUDE A CONDUIT AU PREMIER MODELE STRUCTURAL DE CE COMPLEXE. LE CHEMIN DE TRANSFERT D'ELECTRON TROUVE IMPLIQUE LA CYSTEINE 10 DU CYTOCHROME ET LA CYSTEINE 38 DE L'HYDROGENASE. LA DISTANCE HEME/FES ETANT DE L'ORDRE DE 12A.

Etude de l'ordre local dans les biopolymères par RMN du solide

Author : Mickae͏̈l Paris
Publisher :
ISBN 13 :
Total Pages : 185 pages
Book Rating : 4.:/5 (834 download)

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Book Synopsis Etude de l'ordre local dans les biopolymères par RMN du solide by : Mickae͏̈l Paris

Download or read book Etude de l'ordre local dans les biopolymères par RMN du solide written by Mickae͏̈l Paris and published by . This book was released on 2000 with total page 185 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: L'acquisition de spectres RMN haute résolution du13C sur des substrats amylacés bien définis - semi-cristallins (natifs) et recristallisés - et leurs décompositions spectrales ont montré I'existence de trois phases dans les amidons natifs (amorphe, intermédiaire et cristalline) et de deux phases dans les amyloses recristallisées, indépendamment du type cristallin. Les rôles plastifian/structurant de l'eau ont été mis en évidence sur chacune des phases. La comparaison des taux de cristallinité déterminés par RMN et diffraction des rayons X montre que l'eau agit simultanément à deux échelles : une locale (nm) et une microscopique (mm). La multiplicité de phases non cristallines nous a alors amené à initier la première étude expérimentale de caractérisation locale des structures amorphes à base d'amidon. Sur des substrats amorphes préparés à partir d'amidon ou de ses constituants par différentes procédures, l'acquisition de spectres RMN haute résolution du13C et leurs décompositions spectrales ont montré la nature hétérogène mais reproductible de ces sructures amorphes. En effet, seuls 4 types de conformations bien identifiables et stables de liaisons a(1-4) composent ces substrats. De plus, deux de ces familles de conformations sont plus particulièrement sensibles à l'histoire de l'échantillon (méthode de préparation et structure intrinsèque primaire). En complément de la caractérisation par décomposition spectrale, une approche dynamique a été réalisée. Pour les substrats amorphes étudiés, la courbe d'aimantation en fonction du temps de contact en polarisation croisée de chacune des raies élémentaires mises en évidence a été construite. La simulation de ces courbes nécessite l'utilisation d'un modèle de polarisation croisée à deux réservoirs de protons. Couplées à des expériences de RMN 2D WISE, la détermination et I'interprétation des paramètres du modèle à deux réservoirs de protons perrnettent d'obtenir des informations sur la répartition des molécules d'eau à I'intérieur des échantillons. De plus, cette approche dynamique a permis de confirmer certains résultats obtenus par décomposition spectrale. Enfin, des calculs ab initio (Gaussian 98) ont été réalisés pour prédire l'anisotropie de déplacement chimique des carbones en fonction des angles de torsion (A,Y) de la liaison glycosidique a(1-4). Nous avons également déterminé expérimentalement cette anisotropie par des expériences de RMN 2D de recouplage de déplacement chimique. La comparaison de ces anisotropies a permis d'estimer les valeurs des angles glycosidiques associées à différents types de liaisons a(1-4). Les premiers résultats issus de cette méthode ont été discutés.

MODELISATION MOLECULAIRE ET RMN

Author : LONG-HA.. BACH
Publisher :
ISBN 13 :
Total Pages : pages
Book Rating : 4.:/5 (49 download)

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Book Synopsis MODELISATION MOLECULAIRE ET RMN by : LONG-HA.. BACH

Download or read book MODELISATION MOLECULAIRE ET RMN written by LONG-HA.. BACH and published by . This book was released on 1989 with total page pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: CE TRAVAIL DE MODELISATION MOLECULAIRE A POUR BUT DE TESTER ET DEVELOPPER DES METHODOLOGIES INFOGRAPHIQUES ET DE SIMULATION SUR ORDINATEUR PERMETTANT DE DETERMINER DES STRUCTURES DE CATENANDS ET CATENANTES COMPATIBLES AVEC LA RMN EN SOLUTION. NOUS AVONS MODELISE LES CATENATES-30, -27 ET LE CATENAND-30, MOLECULES SYNTHETIQUES TELLES QUE DEUX UNITES MACROCYCLIQUES SONT ENTRELACEES. POUR CELA DES SIMULATIONS DE DYNAMIQUE MOLECULAIRE SANS CONTRAINTE A 300#OK SUIVIES DE RECUIT SIMULE PARTANT DE DYNAMIQUE A 2000#OK ONT ETE EFFECTUEES. UNE ANALYSE CONFORMATIONNELLE DETAILLEE DES STRUCTURES ISSUES DE CES SIMULATIONS A ETE REALISEE EN RECHERCHANT CELLES COMPATIBLES INSTANTANEMENT AVEC LA RMN. NOUS METTONS EN EVIDENCE DES COMPORTEMENTS DYNAMIQUES DIFFERENTS DES CATENATES -30 ET -27, LIES A LA TAILLE DES UNITES MACROCYCLIQUES CONSTITUTIVES. D'AUTRES COMPOSES APPARENTES AUX CATENATES COMPLEXES NUD, CATENATE ET MONOMERE ONT ETE ETUDIES DE MEME PAR DYNAMIQUE ET MECANIQUE MOLECULAIRE ET COMPARES ENTRE EUX. AU POINT DE VUE METHODOLOGIQUE, NOUS METTONS EN EVIDENCE LES POSSIBILITES QU'OFFRE LA DYNAMIQUE MOLECULAIRE POUR EXPLORER UN ESPACE CONFORMATIONNEL, MAIS AUSSI LES DIFFICULTES D'INTEGRER DES CONTRAINTES ISSUES EN MOYENNE DE LA RMN DANS LES STRUCTURES INSTANTANES

Analyse quantitative des perturbations de déplacement chimique pour la détermination de structures tridimensionnelles de complexes protéine-ligand

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Author : Clémentine Aguirre
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ISBN 13 :
Total Pages : 0 pages
Book Rating : 4.:/5 (898 download)

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Book Synopsis Analyse quantitative des perturbations de déplacement chimique pour la détermination de structures tridimensionnelles de complexes protéine-ligand by : Clémentine Aguirre

Download or read book Analyse quantitative des perturbations de déplacement chimique pour la détermination de structures tridimensionnelles de complexes protéine-ligand written by Clémentine Aguirre and published by . This book was released on 2014 with total page 0 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: Les interactions intermoléculaires entre une protéine et ses différents partenaires représentent des cibles de plus en plus prisées pour l'élaboration de composés thérapeutiques capables d'intervenir dans des processus biologiques. La méthode FBDD (Fragment-Based Drug Design) permet de concevoir des molécules bioactives tels que des inhibiteurs, à partir de la structure tridimensionnelle du complexe formé entre la protéine et une molécule fragment. Dans le cadre de ce projet de thèse nous proposons d'utiliser le déplacement chimique pour l'étude des structures 3D de ces complexes protéine-ligand. Nous nous focaliserons sur la mesure des perturbations de déplacement chimique CSP (Chemical Shift Perturbations) des atomes d'une protéine cible, induites par la liaison d'un fragment. Nous démontrerons la puissance de cet outil RMN à travers la simulation des CSP induits par l'interaction d'un fragment sur une protéine cible et leur comparaison aux CSP expérimentaux. L'analyse sera réalisée sur deux protéines cibles et la comparaison des données expérimentales et simulées permettra dans un premier temps de mettre en évidence un réarrangement structural de la protéine Bcl-xL lors de son interaction avec un fragment. Puis, dans un second temps, nous montrerons que cette analyse quantitative des CSP peut permettre de déterminer l'orientation des fragments dans le site d'interaction de la protéine PRDX5. Nous comparerons alors les performances de la méthode pour différents types de protons proposant ainsi de nouvelles pistes pour la compréhension du comportement des CSP vis-à-vis de leurs contributions électroniques.

Contributions des techniques de RMN avancées à la déformulation de systèmes fluides complexes

Author : Anne-Gaëlle Fournial
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ISBN 13 :
Total Pages : 242 pages
Book Rating : 4.:/5 (494 download)

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Book Synopsis Contributions des techniques de RMN avancées à la déformulation de systèmes fluides complexes by : Anne-Gaëlle Fournial

Download or read book Contributions des techniques de RMN avancées à la déformulation de systèmes fluides complexes written by Anne-Gaëlle Fournial and published by . This book was released on 2008 with total page 242 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: La déformulation d'un produit consiste à déterminer sa composition (échelle moléculaire) et sa microstructure (échelle supramoléculaire) pour expliquer son mécanisme de fonctionnement. Elle se distingue d'une simple analyse chimique par deux aspects : (i) La complexité de constitution des produits formulés résultant du nombre élevé d'ingrédients (5 à 40), qui sont très souvent eux-mêmes des mélanges de molécules (ii) la présence de systèmes microstructurés (émulsions, suspensions, cristaux liquides) au sein des produits formulés qui sont à l'origine de leurs propriétés d'usage. L'objectif de ces travaux a été d'examiner comment les méthodes de RMN (RMN 1D et 2D, DOSY, 2H, HR-MAS) permettent de fournir des informations sur la nature, la composition et la dégradation éventuelle d'ingrédients complexes utilisés en formulation, comme les tensioactifs et les parfums, et sur les microstructures présentes dans des formules liquides à base aqueuse, utilisées en détergence ou cosmétique par exemple. La première partie de ce travail souligne l'intérêt de la RMN (expériences 1D et 2D et DOSY) pour la caractérisation à l'échelle moléculaire de matières premières complexes et de leurs dégradations (oxydation et hydrolyse). La RMN s'est en effet révélée très performante pour la différenciation et la quantification d'homologues de tensioactifs non ioniques polyéthoxylés dans des mélanges commerciaux, mais également pour la séparation virtuelle de composés terpéniques dans des huiles essentielles. Elle a également permis l'identification des différents produits d'oxydation de molécules parfumées, sans nécessiter de séparation physique préalable, l'analyse en composante principale (ACP) des spectres ayant finalement permis de mettre en évidence l'existence d'intermédiaires réactionnels instables. Enfin, l'étude détaillée de la cinétique d'hydrolyse d'un tensioactif présentant une biodégradabilité élevée a pu être complètement réalisée par RMN. Le deuxième volet de ces travaux concerne l'étude à une échelle supramoléculaire de deux nouveaux composés à biodégradabilité élevée, un tensioactif vrai (C9COE4) et un amphiphile à chaîne courte (C3COE1). Cette étude a permis d'évaluer l'apport des expériences de diffusion et de deutérium à la caractérisation de microstructures (Micelles, Cristaux liquides, microémulsions), en systèmes binaire (Tensioactif / Eau) et ternaire (Tensioactif / Eau / huile), et de confirmer la difficulté de caractériser des systèmes formulés avec des amphiphiles courts. Finalement, les méthodologies développées sur ces systèmes simplifiés ont été appliquées à l'étude d'un produit formulé fini, un shampooing. Les expériences réalisées ont permis de mettre en évidence un effet synergique lors du mélange des deux tensioactifs utilisés dans la formule (SLES et CAPB). Grâce notamment à l'utilisation d'une sonde HR-MAS, les techniques de RMN développées ont permis d'accéder à des informations sur la composition et la structuration de ce produit fini, montrant que la RMN peut être un outil puissant de déformulation

DETERMINATION DE LA STRUCTURE TRIDIMENSIONNELLE DE PROTEINES EN SOLUTION PAR R.M.N.

Author : REMI.. LE GOAS
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ISBN 13 :
Total Pages : pages
Book Rating : 4.:/5 (116 download)

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Book Synopsis DETERMINATION DE LA STRUCTURE TRIDIMENSIONNELLE DE PROTEINES EN SOLUTION PAR R.M.N. by : REMI.. LE GOAS

Download or read book DETERMINATION DE LA STRUCTURE TRIDIMENSIONNELLE DE PROTEINES EN SOLUTION PAR R.M.N. written by REMI.. LE GOAS and published by . This book was released on 1991 with total page pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: LA RESONANCE MAGNETIQUE NUCLEAIRE PERMET L'ETUDE DES PROTEINES EN SOLUTION, AUSSI BIEN D'UN POINT DE VUE STRUCTURAL QUE DYNAMIQUE. APRES UN RAPPEL DES PROPRIETES DETERMINANTES DE LA STRUCTURE TRIDIMENSIONNELLE DES PROTEINES, SONT ABORDEES LES EXPERIENCES MAJEURES DE LA R.M.N. A DEUX DIMENSIONS, QUI DELIVRENT LES PARAMETRES NECESSAIRES A LA RECONSTRUCTION D'UN MODELE STRUCTURAL (DISTANCES INTER-HYDROGENES ET ANGLES DIEDRES). L'OBTENTION DE CE MODELE REPOSE, D'UNE PART SUR L'ANALYSE CORRECTE DES DISTANCES ISSUES DES EXPERIENCES, D'AUTRE PART SUR L'UTILISATION D'ALGORITHMES INFORMATIQUES PERMETTANT DE PARCOURIR EFFICACEMENT L'ESPACE CONFORMATIONNEL, TELS QUE LA METHODE DE DISTANCE-GEOMETRIE ET LA DYNAMIQUE MOLECULAIRE. UNE STRATEGIE HYBRIDE UTILISANT SUCCESSIVEMENT LES DEUX TYPES D'ALGORITHME A ETE EMPLOYEE SUR L'ALPHA-COBRATOXINE (71 ACIDES AMINES): ELLE A PERMIS L'EVALUATION DES DEUX METHODES ET A CONDUIT A UN ENSEMBLE DE SOLUTIONS STRUCTURALES QUI SONT COMPAREES AVEC LE MODELE CRISTALLOGRAPHIQUE INDEPENDAMMENT PROPOSE