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Modelisation De Reseaux Biologiques
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Book Synopsis Modélisation de réseaux biologiques by : Kirill Evlampiev
Download or read book Modélisation de réseaux biologiques written by Kirill Evlampiev and published by . This book was released on 2007 with total page 204 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: Dans le présent mémoire, nous avons analysé les effets de l'évolution par duplication-divergence à différentes échelles génétiques sur les propriétés des réseaux d'interactions protéine-protéine et des réseaux de régulation transcriptionnelle. Pour les réseaux d'interactions protéine-protéine, nous avons démontré l'existence de deux régimes dynamiques stationnaires de croissance, exponentiel et sans échelle, et un régime non stationnaire dense. Nous avons trouvé que ces propriétés s'expliquent par la conservation statistique des protéines au cours de l'évolution et sont liées à la divergence asymétrique des gènes suivant leur duplication. Nous avons montré, en particulier, que les réseaux stationnaires conservés qui sont potentiellement les seuls d'intérêt biologique, sont aussi nécessairement sans échelle indépendamment des variations des paramètres microscopiques au cours de l'évolution. Ces conclusions sont confirmées par la comparaison des prédictions du modèle avec les propriétés mesurées de réseaux réels (la levure S.Cerevisiae). Pour les réseaux de régulation transcriptionnelle, nous avons identifié des régimes similaires pour les structures locales des connectivités in et out et avons montré que l'asymétrie observée entre degrés in et out dans les réseaux réels est la conséquence directe de l'asymétrie fonctionnelle entre les gènes régulateurs (facteurs de transcription) et leurs gènes cibles régulés.
Book Synopsis Modélisation incrémentale des réseaux biologiques by : Anastasia Yartseva Smidtas
Download or read book Modélisation incrémentale des réseaux biologiques written by Anastasia Yartseva Smidtas and published by . This book was released on 2007 with total page 172 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: Le domaine scientifique de la Biologie des Systèmes étudie les interactions entre les composantes d'un système biologique afin d'en comprendre son fonctionnement global. Au cours de cette these, nous avons d’abord utilisé des graphes simples. Cette approche a permis d' appréhender la manière dont un réseau biologique peut interagir avec son environnement, lui-même modélisé par un autre réseau. Nous avons ensuite défini le formalisme MIB (Model of Interactions in Biology) qui permet de définir, rechercher et étudier les motifs hétérogènes. Enfin pour approfondir l'étude de la structure et de la dynamique, nous avons proposé le formalisme MIN. MIN possède la structure bipartie de MIB, mais permet d'avoir des annotations beaucoup plus riches des noeuds et des arcs du réseau qui peuvent être utilisées pour la traduction des données automatiquement en d'autres formalismes couramment utilisés en modélisation biologique, tels que les équations différentielles ou la modélisation logique.
Book Synopsis Modélisation grande échelle de réseaux biologiques by : Philippe Veber
Download or read book Modélisation grande échelle de réseaux biologiques written by Philippe Veber and published by . This book was released on 2007 with total page 147 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: Les techniques de biologie moléculaire haut-débit permettent de mesurer un grand nombre de variables simultanément. Nous abordons la question de leur intégration : comment combiner les différentes sources dans un modèle et en tirer des conclusions pertinentes ? Nous introduisons un critère de consistance entre un modèle graphique des régulations cellulaires et des données de déplacement d'équilibre. Nous montrons ensuite comment l'utiliser pour obtenir des prédictions ou proposer des corrections en cas d'incompatibilité. Ces différentes tâches impliquent la résolution de contraintes à variables sur domaines finis, pour lesquelles nous proposons deux approches complémentaires. L'utilisation de ces techniques est illustrée avec des données réelles sur la bactérie E. coli et sur la levure. Nous montrons enfin, sur ces données, comment notre critère de consistance nous permet d'arriver à des prédictions robustes, ainsi que des corrections pertinentes du modèle étudié.
Book Synopsis Modélisation et simulation de systèmes biologiques à l'aide de réseaux de Pétri by : Simon Hardy
Download or read book Modélisation et simulation de systèmes biologiques à l'aide de réseaux de Pétri written by Simon Hardy and published by . This book was released on 2004 with total page 166 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt:
Book Synopsis Modélisation Et Analyse Des Réseaux de Régulation Biologiques by : Jonathan Fromentin
Download or read book Modélisation Et Analyse Des Réseaux de Régulation Biologiques written by Jonathan Fromentin and published by Omniscriptum. This book was released on 2010-06 with total page 116 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: Les r seaux de r gulation biologiques sont des syst mes complexes dans lesquels les entit s biologiques interagissent entre elles, faisant ainsi merger des comportements particuliers. Dans mon activit de recherche, j'ai propos une m thodologie g n rale afin de mieux comprendre les m canismes en jeu dans ces r seaux de r gulation et tout particuli rement dans ceux ayant un comportement oscillatoire. De fa on g n rale, les diff rentes parties de cette m thodologie ont pour but, soit d'analyser des syst mes biologiques de plus en plus grands, soit de raffiner les analyses sur des mod les moins cons quents. Ces travaux utilisent les propri t s temporelles des mod les biologiques qui sont souvent abondantes mais encore relativement peu exploit es. Pour parvenir int grer les donn es temporelles, j'ai d velopp des mod lisations hybrides qui combinent dans leurs comportements des aspects purement qualitatifs ainsi que des aspects quantitatifs.
Book Synopsis Modélisation de la dynamique des réseaux biologiques by : Hana Hazgui
Download or read book Modélisation de la dynamique des réseaux biologiques written by Hana Hazgui and published by . This book was released on 2015 with total page 0 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: Dans cette thèse, nous nous intéressons à la modélisation statistique de données biologiques, et plus particulièrement à l'étude de l'information génétique et protéique.Dans un premier volet, nous avons amélioré un modèle statistique des données immunologiques existant chez la souris, que nous avons transposé à l'homme, afin d'étudier les différentes recombinaisons qui apparaissent au sein du thymus, à la fin de la vie embryonnaire, entre les segments des gènes de la portion V(D)J du chromosome 14 humain, appelées recombinaisons V(D)J.Dans un deuxième volet, nous avons étudié l'information génétique par le biais des réseaux de régulations génétique, celui de la maladie familiale « atrésie biliaire », ainsi que dans les réseaux de contrôle du système immunitaire, que nous avons appelés « Immunetworks ».Dans un troisième volet, nous proposons une nouvelle approche de la compression des données biologiques, qui intègre une étape de modélisation des processus dynamiques qui leur ont donné naissance : nous avons appelé cette approche la transformée Dynalet et nous l'appliquons, entre autres, à des signaux de spectrométrie RMN (Résonance Magnétique Nucléaire) des protéines et acides nucléiques. Cette méthode consiste à convertir les signaux de spectrométrie en sons, afin de construire une lutherie anharmonique permettant de reproduire les pics de relaxation périodisés, issus des spectres RMN des 20 acides aminés, ainsi que de ceux des 4 bases nucléiques azotées.
Book Synopsis Analyses de mod`eles et orientations au-dela` by : Dr. Henry Garrett
Download or read book Analyses de mod`eles et orientations au-dela` written by Dr. Henry Garrett and published by Dr. Henry Garrett. This book was released on 2023-02-01 with total page 138 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: In this research book, there are some research chapters on “Analyses de mod`eles et orientations au-dela`”. With researches on the basic properties, the research book starts to make Analyses de mod`eles et orientations au-dela` more understandable. Some studies and researches about neutrosophic graphs, are proposed as book in the following by Henry Garrett (2022) which is indexed by Google Scholar and has more than 2498 readers in Scribd. It’s titled “Beyond Neutrosophic Graphs” and published by Ohio: E-publishing: Educational Publisher 1091 West 1st Ave Grandview Heights, Ohio 43212 United State. This research book covers different types of notions and settings in neutrosophic graph theory and neutrosophic SuperHyperGraph theory. [Ref] Henry Garrett, (2022). “Beyond Neutrosophic Graphs”, Ohio: E-publishing: Educational Publisher 1091 West 1st Ave Grandview Heights, Ohio 43212 United States. ISBN: 978-1-59973-725-6 (http://fs.unm.edu/BeyondNeutrosophicGraphs.pdf). Also, some studies and researches about neutrosophic graphs, are proposed as book in the following by Henry Garrett (2022) which is indexed by Google Scholar and has more than 3218 readers in Scribd. It’s titled “Neutrosophic Duality” and published by Florida: GLOBAL KNOWLEDGE - Publishing House 848 Brickell Ave Ste 950 Miami, Florida 33131 United States. This research book presents different types of notions SuperHyperResolving and SuperHyperDominating in the setting of duality in neutrosophic graph theory and neutrosophic SuperHyperGraph theory. This research book has scrutiny on the complement of the intended set and the intended set, simultaneously. It’s smart to consider a set but acting on its complement that what’s done in this research book which is popular in the terms of high readers in Scribd. [Ref] Henry Garrett, (2022). “Neutrosophic Duality”, Florida: GLOBAL KNOW- LEDGE - Publishing House 848 Brickell Ave Ste 950 Miami, Florida 33131 United States. ISBN: 978-1-59973-743-0 (http://fs.unm.edu/NeutrosophicDuality.pdf). \section{Background} There are some researches covering the topic of this research. In what follows, there are some discussion and literature reviews about them. \\ First article is titled ``properties of SuperHyperGraph and neutrosophic SuperHyperGraph'' in \textbf{Ref.} \cite{HG1} by Henry Garrett (2022). It's first step toward the research on neutrosophic SuperHyperGraphs. This research article is published on the journal ``Neutrosophic Sets and Systems'' in issue 49 and the pages 531-561. In this research article, different types of notions like dominating, resolving, coloring, Eulerian(Hamiltonian) neutrosophic path, n-Eulerian(Hamiltonian) neutrosophic path, zero forcing number, zero forcing neutrosophic- number, independent number, independent neutrosophic-number, clique number, clique neutrosophic-number, matching number, matching neutrosophic-number, girth, neutrosophic girth, 1-zero-forcing number, 1-zero- forcing neutrosophic-number, failed 1-zero-forcing number, failed 1-zero-forcing neutrosophic-number, global- offensive alliance, t-offensive alliance, t-defensive alliance, t-powerful alliance, and global-powerful alliance are defined in SuperHyperGraph and neutrosophic SuperHyperGraph. Some Classes of SuperHyperGraph and Neutrosophic SuperHyperGraph are cases of research. Some results are applied in family of SuperHyperGraph and neutrosophic SuperHyperGraph. Thus this research article has concentrated on the vast notions and introducing the majority of notions. \\ The seminal paper and groundbreaking article is titled ``neutrosophic co-degree and neutrosophic degree alongside chromatic numbers in the setting of some classes related to neutrosophic hypergraphs'' in \textbf{Ref.} \cite{HG2} by Henry Garrett (2022). In this research article, a novel approach is implemented on SuperHyperGraph and neutrosophic SuperHyperGraph based on general forms without using neutrosophic classes of neutrosophic SuperHyperGraph. It's published in prestigious and fancy journal is entitled “Journal of Current Trends in Computer Science Research (JCTCSR)” with abbreviation ``J Curr Trends Comp Sci Res'' in volume 1 and issue 1 with pages 06-14. The research article studies deeply with choosing neutrosophic hypergraphs instead of neutrosophic SuperHyperGraph. It's the breakthrough toward independent results based on initial background. \\ The seminal paper and groundbreaking article is titled ``Super Hyper Dominating and Super Hyper Resolving on Neutrosophic Super Hyper Graphs and Their Directions in Game Theory and Neutrosophic Super Hyper Classes'' in \textbf{Ref.} \cite{HG3} by Henry Garrett (2022). In this research article, a novel approach is implemented on SuperHyperGraph and neutrosophic SuperHyperGraph based on fundamental SuperHyperNumber and using neutrosophic SuperHyperClasses of neutrosophic SuperHyperGraph. It's published in prestigious and fancy journal is entitled “Journal of Mathematical Techniques and Computational Mathematics(JMTCM)” with abbreviation ``J Math Techniques Comput Math'' in volume 1 and issue 3 with pages 242-263. The research article studies deeply with choosing directly neutrosophic SuperHyperGraph and SuperHyperGraph. It's the breakthrough toward independent results based on initial background and fundamental SuperHyperNumbers. \\ In some articles are titled ``0039 | Closing Numbers and Super-Closing Numbers as (Dual)Resolving and (Dual)Coloring alongside (Dual)Dominating in (Neutrosophic)n-SuperHyperGraph'' in \textbf{Ref.} \cite{HG4} by Henry Garrett (2022), ``0049 | (Failed)1-Zero-Forcing Number in Neutrosophic Graphs'' in \textbf{Ref.} \cite{HG5} by Henry Garrett (2022), ``Extreme SuperHyperClique as the Firm Scheme of Confrontation under Cancer’s Recognition as the Model in The Setting of (Neutrosophic) SuperHyperGraphs'' in \textbf{Ref.} \cite{HG6} by Henry Garrett (2022), ``Uncertainty On The Act And Effect Of Cancer Alongside The Foggy Positions Of Cells Toward Neutrosophic Failed SuperHyperClique inside Neutrosophic SuperHyperGraphs Titled Cancer’s Recognition'' in \textbf{Ref.} \cite{HG7} by Henry Garrett (2022), ``Neutrosophic Version Of Separates Groups Of Cells In Cancer’s Recognition On Neutrosophic SuperHyperGraphs'' in \textbf{Ref.} \cite{HG8} by Henry Garrett (2022), ``The Shift Paradigm To Classify Separately The Cells and Affected Cells Toward The Totality Under Cancer’s Recognition By New Multiple Definitions On the Sets Polynomials Alongside Numbers In The (Neutrosophic) SuperHyperMatching Theory Based on SuperHyperGraph and Neutrosophic SuperHyperGraph'' in \textbf{Ref.} \cite{HG9} by Henry Garrett (2022), ``Breaking the Continuity and Uniformity of Cancer In The Worst Case of Full Connections With Extreme Failed SuperHyperClique In Cancer’s Recognition Applied in (Neutrosophic) SuperHyperGraphs'' in \textbf{Ref.} \cite{HG10} by Henry Garrett (2022), ``Neutrosophic Failed SuperHyperStable as the Survivors on the Cancer’s Neutrosophic Recognition Based on Uncertainty to All Modes in Neutrosophic SuperHyperGraphs'' in \textbf{Ref.} \cite{HG11} by Henry Garrett (2022), ``Extremism of the Attacked Body Under the Cancer's Circumstances Where Cancer's Recognition Titled (Neutrosophic) SuperHyperGraphs'' in \textbf{Ref.} \cite{HG12} by Henry Garrett (2022), ``(Neutrosophic) 1-Failed SuperHyperForcing in Cancer’s Recognitions And (Neutrosophic) SuperHyperGraphs'' in \textbf{Ref.} \cite{HG13} by Henry Garrett (2022), ``Neutrosophic Messy-Style SuperHyperGraphs To Form Neutrosophic SuperHyperStable To Act on Cancer’s Neutrosophic Recognitions In Special ViewPoints'' in \textbf{Ref.} \cite{HG14} by Henry Garrett (2022), ``Neutrosophic 1-Failed SuperHyperForcing in the SuperHyperFunction To Use Neutrosophic SuperHyperGraphs on Cancer’s Neutrosophic Recognition And Beyond'' in \textbf{Ref.} \cite{HG15} by Henry Garrett (2022), ``(Neutrosophic) SuperHyperStable on Cancer’s Recognition by Well- SuperHyperModelled (Neutrosophic) SuperHyperGraphs '' in \textbf{Ref.} \cite{HG16} by Henry Garrett (2022), ``Neutrosophic Messy-Style SuperHyperGraphs To Form Neutrosophic SuperHyperStable To Act on Cancer’s Neutrosophic Recognitions In Special ViewPoints'' in \textbf{Ref.} \cite{HG12} by Henry Garrett (2022), ``Basic Notions on (Neutrosophic) SuperHyperForcing And (Neutrosophic) SuperHyperModeling in Cancer’s Recognitions And (Neutrosophic) SuperHyperGraphs'' in \textbf{Ref.} \cite{HG17} by Henry Garrett (2022), ``Neutrosophic Messy-Style SuperHyperGraphs To Form Neutrosophic SuperHyperStable To Act on Cancer’s Neutrosophic Recognitions In Special ViewPoints'' in \textbf{Ref.} \cite{HG18} by Henry Garrett (2022),``(Neutrosophic) SuperHyperModeling of Cancer’s Recognitions Featuring (Neutrosophic) SuperHyperDefensive SuperHyperAlliances'' in \textbf{Ref.} \cite{HG19} by Henry Garrett (2022), ``(Neutrosophic) SuperHyperAlliances With SuperHyperDefensive and SuperHyperOffensive Type-SuperHyperSet On (Neutrosophic) SuperHyperGraph With (Neutrosophic) SuperHyperModeling of Cancer’s Recognitions And Related (Neutrosophic) SuperHyperClasses'' in \textbf{Ref.} \cite{HG20} by Henry Garrett (2022), ``SuperHyperGirth on SuperHyperGraph and Neutrosophic SuperHyperGraph With SuperHyperModeling of Cancer’s Recognitions'' in \textbf{Ref.} \cite{HG21} by Henry Garrett (2022), ``Some SuperHyperDegrees and Co-SuperHyperDegrees on Neutrosophic SuperHyperGraphs and SuperHyperGraphs Alongside Applications in Cancer’s Treatments'' in \textbf{Ref.} \cite{HG22} by Henry Garrett (2022), ``SuperHyperDominating and SuperHyperResolving on Neutrosophic SuperHyperGraphs And Their Directions in Game Theory and Neutrosophic SuperHyperClasses'' in \textbf{Ref.} \cite{HG23} by Henry Garrett (2022), ``SuperHyperMatching By (R-)Definitions And Polynomials To Monitor Cancer’s Recognition In Neutrosophic SuperHyperGraphs'' in \textbf{Ref.} \cite{HG24} by Henry Garrett (2023), ``The Focus on The Partitions Obtained By Parallel Moves In The Cancer's Extreme Recognition With Different Types of Extreme SuperHyperMatching Set and Polynomial on (Neutrosophic) SuperHyperGraphs'' in \textbf{Ref.} \cite{HG25} by Henry Garrett (2023), ``Extreme Failed SuperHyperClique Decides the Failures on the Cancer's Recognition in the Perfect Connections of Cancer's Attacks By SuperHyperModels Named (Neutrosophic) SuperHyperGraphs'' in \textbf{Ref.} \cite{HG26} by Henry Garrett (2023), ``Indeterminacy On The All Possible Connections of Cells In Front of Cancer's Attacks In The Terms of Neutrosophic Failed SuperHyperClique on Cancer's Recognition called Neutrosophic SuperHyperGraphs'' in \textbf{Ref.} \cite{HG27} by Henry Garrett (2023), ``Perfect Directions Toward Idealism in Cancer's Neutrosophic Recognition Forwarding Neutrosophic SuperHyperClique on Neutrosophic SuperHyperGraphs'' in \textbf{Ref.} \cite{HG28} by Henry Garrett (2023), ``Demonstrating Complete Connections in Every Embedded Regions and Sub-Regions in the Terms of Cancer's Recognition and (Neutrosophic) SuperHyperGraphs With (Neutrosophic) SuperHyperClique'' in \textbf{Ref.} \cite{HG29} by Henry Garrett (2023), ``Different Neutrosophic Types of Neutrosophic Regions titled neutrosophic Failed SuperHyperStable in Cancer’s Neutrosophic Recognition modeled in the Form of Neutrosophic SuperHyperGraphs'' in \textbf{Ref.} \cite{HG30} by Henry Garrett (2023), ``Using the Tool As (Neutrosophic) Failed SuperHyperStable To SuperHyperModel Cancer's Recognition Titled (Neutrosophic) SuperHyperGraphs'' in \textbf{Ref.} \cite{HG31} by Henry Garrett (2023), ``Neutrosophic Messy-Style SuperHyperGraphs To Form Neutrosophic SuperHyperStable To Act on Cancer’s Neutrosophic Recognitions In Special ViewPoints'' in \textbf{Ref.} \cite{HG32} by Henry Garrett (2023), ``(Neutrosophic) SuperHyperStable on Cancer’s Recognition by Well-SuperHyperModelled (Neutrosophic) SuperHyperGraphs'' in \textbf{Ref.} \cite{HG33} by Henry Garrett (2023), ``Neutrosophic 1-Failed SuperHyperForcing in the SuperHyperFunction To Use Neutrosophic SuperHyperGraphs on Cancer’s Neutrosophic Recognition And Beyond'' in \textbf{Ref.} \cite{HG34} by Henry Garrett (2022), ``(Neutrosophic) 1-Failed SuperHyperForcing in Cancer’s Recognitions And (Neutrosophic) SuperHyperGraphs'' in \textbf{Ref.} \cite{HG35} by Henry Garrett (2022), ``Basic Notions on (Neutrosophic) SuperHyperForcing And (Neutrosophic) SuperHyperModeling in Cancer’s Recognitions And (Neutrosophic) SuperHyperGraphs'' in \textbf{Ref.} \cite{HG36} by Henry Garrett (2022), ``Basic Neutrosophic Notions Concerning SuperHyperDominating and Neutrosophic SuperHyperResolving in SuperHyperGraph'' in \textbf{Ref.} \cite{HG37} by Henry Garrett (2022), ``Initial Material of Neutrosophic Preliminaries to Study Some Neutrosophic Notions Based on Neutrosophic SuperHyperEdge (NSHE) in Neutrosophic SuperHyperGraph (NSHG)'' in \textbf{Ref.} \cite{HG38} by Henry Garrett (2022), there are some endeavors to formalize the basic SuperHyperNotions about neutrosophic SuperHyperGraph and SuperHyperGraph. \\ Some studies and researches about neutrosophic graphs, are proposed as book in \textbf{Ref.} \cite{HG39} by Henry Garrett (2022) which is indexed by Google Scholar and has more than 2732 readers in Scribd. It's titled ``Beyond Neutrosophic Graphs'' and published by Ohio: E-publishing: Educational Publisher 1091 West 1st Ave Grandview Heights, Ohio 43212 United State. This research book covers different types of notions and settings in neutrosophic graph theory and neutrosophic SuperHyperGraph theory. \\ Also, some studies and researches about neutrosophic graphs, are proposed as book in \textbf{Ref.} \cite{HG40} by Henry Garrett (2022) which is indexed by Google Scholar and has more than 3504 readers in Scribd. It's titled ``Neutrosophic Duality'' and published by Florida: GLOBAL KNOWLEDGE - Publishing House 848 Brickell Ave Ste 950 Miami, Florida 33131 United States. This research book presents different types of notions SuperHyperResolving and SuperHyperDominating in the setting of duality in neutrosophic graph theory and neutrosophic SuperHyperGraph theory. This research book has scrutiny on the complement of the intended set and the intended set, simultaneously. It's smart to consider a set but acting on its complement that what's done in this research book which is popular in the terms of high readers in Scribd. -- \begin{thebibliography}{595} \bibitem{HG1} Henry Garrett, ``\textit{Properties of SuperHyperGraph and Neutrosophic SuperHyperGraph}'', Neutrosophic Sets and Systems 49 (2022) 531-561 (doi: 10.5281/zenodo.6456413). (http://fs.unm.edu/NSS/NeutrosophicSuperHyperGraph34.pdf). (https://digitalrepository.unm.edu/nss\_journal/vol49/iss1/34). \bibitem{HG2} Henry Garrett, ``\textit{Neutrosophic Co-degree and Neutrosophic Degree alongside Chromatic Numbers in the Setting of Some Classes Related to Neutrosophic Hypergraphs}'', J Curr Trends Comp Sci Res 1(1) (2022) 06-14. \bibitem{HG3} Henry Garrett, ``\textit{Super Hyper Dominating and Super Hyper Resolving on Neutrosophic Super Hyper Graphs and Their Directions in Game Theory and Neutrosophic Super Hyper Classes}'', J Math Techniques Comput Math 1(3) (2022) 242-263. \bibitem{HG4} Garrett, Henry. ``\textit{0039 | Closing Numbers and Super-Closing Numbers as (Dual)Resolving and (Dual)Coloring alongside (Dual)Dominating in (Neutrosophic)n-SuperHyperGraph.}'' CERN European Organization for Nuclear Research - Zenodo, Nov. 2022. CERN European Organization for Nuclear Research, https://doi.org/10.5281/zenodo.6319942. https://oa.mg/work/10.5281/zenodo.6319942 \bibitem{HG5} Garrett, Henry. ``\textit{0049 | (Failed)1-Zero-Forcing Number in Neutrosophic Graphs.}'' CERN European Organization for Nuclear Research - Zenodo, Feb. 2022. CERN European Organization for Nuclear Research, https://doi.org/10.13140/rg.2.2.35241.26724. https://oa.mg/work/10.13140/rg.2.2.35241.26724 \bibitem{HG6} Henry Garrett, ``\textit{Extreme SuperHyperClique as the Firm Scheme of Confrontation under Cancer’s Recognition as the Model in The Setting of (Neutrosophic) SuperHyperGraphs}'', Preprints 2023, 2023010308 (doi: 10.20944/preprints202301.0308.v1). \bibitem{HG7} Henry Garrett, ``\textit{Uncertainty On The Act And Effect Of Cancer Alongside The Foggy Positions Of Cells Toward Neutrosophic Failed SuperHyperClique inside Neutrosophic SuperHyperGraphs Titled Cancer’s Recognition}'', Preprints 2023, 2023010282 (doi: 10.20944/preprints202301.0282.v1). \bibitem{HG8} Henry Garrett, ``\textit{Neutrosophic Version Of Separates Groups Of Cells In Cancer’s Recognition On Neutrosophic SuperHyperGraphs}'', Preprints 2023, 2023010267 (doi: 10.20944/preprints202301.0267.v1). \bibitem{HG9} Henry Garrett, ``\textit{The Shift Paradigm To Classify Separately The Cells and Affected Cells Toward The Totality Under Cancer’s Recognition By New Multiple Definitions On the Sets Polynomials Alongside Numbers In The (Neutrosophic) SuperHyperMatching Theory Based on SuperHyperGraph and Neutrosophic SuperHyperGraph}'', Preprints 2023, 2023010265 (doi: 10.20944/preprints202301.0265.v1). \bibitem{HG10} Henry Garrett, ``\textit{Breaking the Continuity and Uniformity of Cancer In The Worst Case of Full Connections With Extreme Failed SuperHyperClique In Cancer’s Recognition Applied in (Neutrosophic) SuperHyperGraphs}'', Preprints 2023, 2023010262,(doi: 10.20944/preprints202301.0262.v1). \bibitem{HG11} Henry Garrett, ``\textit{Neutrosophic Failed SuperHyperStable as the Survivors on the Cancer’s Neutrosophic Recognition Based on Uncertainty to All Modes in Neutrosophic SuperHyperGraphs}'', Preprints 2023, 2023010240 (doi: 10.20944/preprints202301.0240.v1). \bibitem{HG12} Henry Garrett, ``\textit{Extremism of the Attacked Body Under the 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SuperHyperGraphs}'', Preprints 2023, 2023010043 (doi: 10.20944/preprints202301.0043.v1). \bibitem{HG17} Henry Garrett, \textit{``Basic Notions on (Neutrosophic) SuperHyperForcing And (Neutrosophic) SuperHyperModeling in Cancer’s Recognitions And (Neutrosophic) SuperHyperGraphs''}, Preprints 2023, 2023010105 (doi: 10.20944/preprints202301.0105.v1). \bibitem{HG18} Henry Garrett, \textit{``Neutrosophic Messy-Style SuperHyperGraphs To Form Neutrosophic SuperHyperStable To Act on Cancer’s Neutrosophic Recognitions In Special ViewPoints''}, Preprints 2023, 2023010088 (doi: 10.20944/preprints202301.0088.v1). \bibitem{HG19} Henry Garrett, \textit{``(Neutrosophic) SuperHyperModeling of Cancer’s Recognitions Featuring (Neutrosophic) SuperHyperDefensive SuperHyperAlliances''}, Preprints 2022, 2022120549 (doi: 10.20944/preprints202212.0549.v1). \bibitem{HG20} Henry Garrett, ``\textit{(Neutrosophic) SuperHyperAlliances With SuperHyperDefensive and SuperHyperOffensive Type-SuperHyperSet On (Neutrosophic) SuperHyperGraph With (Neutrosophic) SuperHyperModeling of Cancer’s Recognitions And Related (Neutrosophic) SuperHyperClasses}'', Preprints 2022, 2022120540 (doi: 10.20944/preprints202212.0540.v1). \bibitem{HG21} Henry Garrett, ``\textit{SuperHyperGirth on SuperHyperGraph and Neutrosophic SuperHyperGraph With SuperHyperModeling of Cancer’s Recognitions}'', Preprints 2022, 2022120500 (doi: 10.20944/preprints202212.0500.v1). \bibitem{HG22} Henry Garrett, ``\textit{Some SuperHyperDegrees and Co-SuperHyperDegrees on Neutrosophic SuperHyperGraphs and SuperHyperGraphs Alongside Applications in Cancer’s Treatments}'', Preprints 2022, 2022120324 (doi: 10.20944/preprints202212.0324.v1). \bibitem{HG23} Henry Garrett, ``\textit{SuperHyperDominating and SuperHyperResolving on Neutrosophic SuperHyperGraphs And Their Directions in Game Theory and Neutrosophic SuperHyperClasses}'', Preprints 2022, 2022110576 (doi: 10.20944/preprints202211.0576.v1). \bibitem{HG24} Henry Garrett,``\textit{SuperHyperMatching By (R-)Definitions And Polynomials To Monitor Cancer’s Recognition In Neutrosophic SuperHyperGraphs}'', ResearchGate 2023,(doi: 10.13140/RG.2.2.35061.65767). \bibitem{HG25} Henry Garrett,``\textit{The Focus on The Partitions Obtained By Parallel Moves In The Cancer's Extreme Recognition With Different Types of Extreme SuperHyperMatching Set and Polynomial on (Neutrosophic) SuperHyperGraphs}'', ResearchGate 2023, (doi: 10.13140/RG.2.2.18494.15680). \bibitem{HG26} Henry Garrett,``\textit{Extreme Failed SuperHyperClique Decides the Failures on the Cancer's Recognition in the Perfect Connections of Cancer's Attacks By SuperHyperModels Named (Neutrosophic) SuperHyperGraphs}'', ResearchGate 2023, (doi: 10.13140/RG.2.2.32530.73922). \bibitem{HG27} Henry Garrett,``\textit{Indeterminacy On The All Possible Connections of Cells In Front of Cancer's Attacks In The Terms of Neutrosophic Failed SuperHyperClique on Cancer's Recognition called Neutrosophic SuperHyperGraphs}'', ResearchGate 2023, (doi: 10.13140/RG.2.2.15897.70243). \bibitem{HG28} Henry Garrett,``\textit{Perfect Directions Toward Idealism in Cancer's Neutrosophic Recognition Forwarding Neutrosophic SuperHyperClique on Neutrosophic SuperHyperGraphs}'', ResearchGate 2023, (doi: 10.13140/RG.2.2.30092.80004). \bibitem{HG29} Henry Garrett,``\textit{Demonstrating Complete Connections in Every Embedded Regions and Sub-Regions in the Terms of Cancer's Recognition and (Neutrosophic) SuperHyperGraphs With (Neutrosophic) SuperHyperClique}'', ResearchGate 2023, (doi: 10.13140/RG.2.2.23172.19849). \bibitem{HG30} Henry Garrett,``\textit{Different Neutrosophic Types of Neutrosophic Regions titled neutrosophic Failed SuperHyperStable in Cancer’s Neutrosophic Recognition modeled in the Form of Neutrosophic SuperHyperGraphs}'', ResearchGate 2023, (doi: 10.13140/RG.2.2.17385.36968). \bibitem{HG31} Henry Garrett, ``\textit{Using the Tool As (Neutrosophic) Failed SuperHyperStable To SuperHyperModel Cancer's Recognition Titled (Neutrosophic) SuperHyperGraphs}'', ResearchGate 2023, (doi: 10.13140/RG.2.2.28945.92007). \bibitem{HG32} Henry Garrett, ``\textit{Neutrosophic Messy-Style SuperHyperGraphs To Form Neutrosophic SuperHyperStable To Act on Cancer’s Neutrosophic Recognitions In Special ViewPoints}'', ResearchGate 2023, (doi: 10.13140/RG.2.2.11447.80803). \bibitem{HG33} Henry Garrett, ``\textit{(Neutrosophic) SuperHyperStable on Cancer’s Recognition by Well-SuperHyperModelled (Neutrosophic) SuperHyperGraphs}'', ResearchGate 2023, (doi: 10.13140/RG.2.2.35774.77123). \bibitem{HG34} Henry Garrett, ``\textit{Neutrosophic 1-Failed SuperHyperForcing in the SuperHyperFunction To Use Neutrosophic SuperHyperGraphs on Cancer’s Neutrosophic Recognition And Beyond}'', ResearchGate 2022, (doi: 10.13140/RG.2.2.36141.77287). \bibitem{HG35} Henry Garrett, ``\textit{(Neutrosophic) 1-Failed SuperHyperForcing in Cancer’s Recognitions And (Neutrosophic) SuperHyperGraphs}'', ResearchGate 2022, (doi: 10.13140/RG.2.2.29430.88642). \bibitem{HG36} Henry Garrett, ``\textit{Basic Notions on (Neutrosophic) SuperHyperForcing And (Neutrosophic) SuperHyperModeling in Cancer’s Recognitions And (Neutrosophic) SuperHyperGraphs}'', ResearchGate 2022, (doi: 10.13140/RG.2.2.11369.16487). \bibitem{HG37} Henry Garrett, \textit{``Basic Neutrosophic Notions Concerning SuperHyperDominating and Neutrosophic SuperHyperResolving in SuperHyperGraph''}, ResearchGate 2022 (doi: 10.13140/RG.2.2.29173.86244). \bibitem{HG38} Henry Garrett, ``\textit{Initial Material of Neutrosophic Preliminaries to Study Some Neutrosophic Notions Based on Neutrosophic SuperHyperEdge (NSHE) in Neutrosophic SuperHyperGraph (NSHG)}'', ResearchGate 2022 (doi: 10.13140/RG.2.2.25385.88160). \bibitem{HG39} Henry Garrett, (2022). ``\textit{Beyond Neutrosophic Graphs}'', Ohio: E-publishing: Educational Publisher 1091 West 1st Ave Grandview Heights, Ohio 43212 United States. ISBN: 979-1-59973-725-6 (http://fs.unm.edu/BeyondNeutrosophicGraphs.pdf). \bibitem{HG40} Henry Garrett, (2022). ``\textit{Neutrosophic Duality}'', Florida: GLOBAL KNOWLEDGE - Publishing House 848 Brickell Ave Ste 950 Miami, Florida 33131 United States. ISBN: 978-1-59973-743-0 (http://fs.unm.edu/NeutrosophicDuality.pdf). \end{thebibliography}
Book Synopsis Modélisation bioinformatique des réseaux de régulation génétique et métabolique by :
Download or read book Modélisation bioinformatique des réseaux de régulation génétique et métabolique written by and published by . This book was released on 2011 with total page 206 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: L'analyse des réseaux biologiques est confrontée à la complexité des régulations entre les différentes entités en présence (gènes, métabolites, enzymes, facteurs de transcription). Dans cette thèse, nous proposons une approche générale afin de mieux intégrer les régulations de l'expression des gènes dans l'étude du comportement des réseaux métaboliques. Le but visé par les trois parties de notre approche est de faciliter l'identification des cibles potentielles de la dérégulation des processus biologiques spécifiques. Ainsi notre approche a été appliquée à l'étude du métabolisme des monocarbones (MMC). La première partie de notre approche consiste à concevoir des modèles mathématiques en se basant sur la théorie des systèmes dynamiques avec intégration des conditions expérimentales dans l'identification des paramètres de chaque modèle. Dans cette partie, nous construisons un modèle continu de réseau métabolique en intégrant les conditions expérimentales à l'aide de la programmation logique. Cette partie nous permet de compléter la démarche usuelle de modélisation continue des réseaux métaboliques en y intégrant les connaissances biologiques en fonction des conditions expérimentales. Une application de notre méthode sur le MMC nous a permis d'étudier le déficit en folates, la mutation génétique de la MTHFR avant d'isoler les métabolites qui sont modulées par ces anomalies biologiques. La deuxième partie porte sur l'analyse bioinformatique des données d'expression des gènes (ADE). Nous avons proposé dans cette partie une démarche intégrée en 12 étapes pour l'analyse des données d'expression des gènes issues des techniques microarray et de PCR. Cette démarche a été appliquée à 4 jeux de données expérimentales pour étudier l'impact des contaminants alimentaires (arsenic et fumonisine) sur la régulation des processus biologiques. Les résultats obtenus ont permis de valider expérimentalement certaines hypothèses de la première partie et de comprendre l'impact de ces contaminants alimentaires sur les gènes du MMC en présence ou en l'absence des folates. La troisième partie du travail consiste à construire formellement la relation entre le gène et le métabolite. Nous avons alors construit un réseau de régulation floue à partir des résultats d'analyse d'expression de gènes de la partie précédente. Le réseau a été construit en utilisant la théorie de la logique floue et les contraintes spécifiques issues des connaissances de la littérature et du réseau métabolique de la première partie. Une fois le réseau des gènes construit, nous avons intégré l'influence des facteurs de transcription et le modèle métabolique de la première partie afin d'obtenir le modèle de la régulation gène-métabolite. L'application de notre approche à l'étude du métabolisme des monocarbones a permis de comprendre l'influence du déficit en donneur du groupement méthyle (le 5-méthyltétrahydrofolate) et l'influence de la présence de contaminants alimentaires (arsenic et fumonisine B1). Les résultats montrent par simulation que le déficit en groupement méthyle provoque des modifications transcriptionnelles dans les voies de transméthylation et de reméthylation. Ce qui a été confirmé expérimentalement avec les données d'expression des gènes.
Book Synopsis Approches symboliques de la modélisation et de l’analyse des systèmes biologiques by : Cédric Lhoussaine
Download or read book Approches symboliques de la modélisation et de l’analyse des systèmes biologiques written by Cédric Lhoussaine and published by ISTE Group. This book was released on 2022-07-01 with total page 416 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: La biologie des systèmes, ou biologie systémique, est une approche de la biologie qui consiste à englober la complexité des interactions entre les entités biologiques dans un tout systémique. Le but étant de comprendre l’émergence de propriétés physiologiques ou fonctionnelles. Approches symboliques de la modélisation et de l’analyse des systèmes biologiques présente les apports de méthodes formelles issues de l’informatique pour la modélisation de la dynamique des systèmes biologiques. Il traite plus spécifiquement des méthodes symboliques, c’est-à-dire qui peuvent établir des propriétés qualitatives des modèles. Cet ouvrage expose différentes approches liées à la sémantique, au langage, à la modélisation et à leur lien avec les données, et nous permet d’examiner des problèmes fondamentaux et des défis auxquels nous confronte la biologie des systèmes. Une première partie regroupe des travaux qui s’appuient sur les diverses données accessibles pour construire des modèles alors que la seconde présente des contributions autour des questions de la sémantique et des méthodes formelles.
Book Synopsis Computational Systems-Biology and Bioinformatics by : Jonathan H. Chan
Download or read book Computational Systems-Biology and Bioinformatics written by Jonathan H. Chan and published by Springer Science & Business Media. This book was released on 2010-10-19 with total page 237 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: Ussery.
Book Synopsis Modélisation et simulation de processus de biologie moléculaire basées sur les réseaux de Pétri : une revue de la littérature by : Hardy, Simon
Download or read book Modélisation et simulation de processus de biologie moléculaire basées sur les réseaux de Pétri : une revue de la littérature written by Hardy, Simon and published by Montréal : École polytechnique. This book was released on 2003 with total page 19 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt:
Book Synopsis Modélisation algébrique de la dynamique multi-échelles des réseaux de régulation biologique by : Maxime Folschette
Download or read book Modélisation algébrique de la dynamique multi-échelles des réseaux de régulation biologique written by Maxime Folschette and published by . This book was released on 2014 with total page 141 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt:
Book Synopsis Méthodes pour l'ingénierie des réseaux biologiques by : Hedi Ben Amor
Download or read book Méthodes pour l'ingénierie des réseaux biologiques written by Hedi Ben Amor and published by Presses Academiques Francophones. This book was released on 2013 with total page 272 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: Cet ouvrage concerne l'ingenierie des systemes complexes a partir d'une dynamique souhaitee et quelques connaissances sur leurs structures. En premiere partie, nous nous interessons aux populations d'oscillateurs et aux reseaux de regulation genetique. Dans une premiere partie, nous nous fondons sur une hypothese, introduite en neurosciences, qui souligne le role de la synchronisation neuronale dans le traitement de l'information cognitive. Nous proposons de l'utiliser sur un plan plus large pour etudier la calcul a base de populations d'oscillateurs. En deuxieme partie, nous proposons d'utiliser une approche par contraintes pour identifier des reseaux de regulation genetique a partir de connaissances partielles sur leur dynamique et leur structure. Nous montrons l'absence d'unicite des solutions dans l'ensemble des modeles valides ainsi que le potentiel de cette approche dans la determination et la classification de modeles de reseaux de regulation genetique. Ce travail s'adresse a des chercheurs et des doctorants en informatique interesses par la modelisation des systemes biologiques et par des nouvelles methodes de calcul non conventionnel.
Book Synopsis Étude Des Réseaux Biologiques À Grande Échelle Par Modélisation Statique Et Résolution Des Contraintes by : Carito Guziolowski
Download or read book Étude Des Réseaux Biologiques À Grande Échelle Par Modélisation Statique Et Résolution Des Contraintes written by Carito Guziolowski and published by . This book was released on 2010 with total page 171 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: To this date many approaches exist that model a genetic regulatory network in order to elucidate the dynamics of the system. These methods focus, however, mainly on small-scale regulatory models. In this thesis we use a formal approach over qualitative large-scale regulatory networks, that models the equilibrium shift of the cell molecules between two steady states. We test the coherency between the network topology and gene expression data, by using a general interaction logical causal rule. The outputs of our approach are to measure the consistency of our data, diagnose inconsistent regions of the network with respect to the experimental data, and infer the qualitative variation of new network molecules. Our method reasons over the whole network of interactions using eefficient algorithms based either on decision diagrams, dependency graphs, or answer set programming. We proposed programs and bioinformatic tools that, based on these efficient implementations, automatize this reasoning. We validated this approach using the transcriptional networks of E. coli and S. cerevisiae, and the signaling network of the EWS-FLI1 human oncogene. Our main results were: (1) high prediction accuracy of the shifts of the network molecules, (2) effective manual and automatic corrections of the model and/or data, (3) automatic inference of the role of transcription factors, and (4) automatic reasoning over the causes that influence important phenotypes on a signaling network. All in all, we provided a methodology that can be applied to complete regulatory networks built at different molecular levels, by exploiting the constantly increasing high-throughput outputs.
Author :American Mathematical Society. Short Course, Modeling and Simulation of Biological Networks Publisher :American Mathematical Soc. ISBN 13 :0821839640 Total Pages :161 pages Book Rating :4.8/5 (218 download)
Book Synopsis Modeling and Simulation of Biological Networks by : American Mathematical Society. Short Course, Modeling and Simulation of Biological Networks
Download or read book Modeling and Simulation of Biological Networks written by American Mathematical Society. Short Course, Modeling and Simulation of Biological Networks and published by American Mathematical Soc.. This book was released on 2007 with total page 161 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: The aim of this volume is to explain some of the biology and the computational and mathematical challenges with the modeling and simulation of biological networks. The different chapters provide examples of how these challenges are met, with particular emphasis on nontraditional mathematical approaches. The volume features a broad spectrum of networks across scales, ranging from biochemical networks within a single cell to epidemiological networks encompassing whole cities. Also, this volume is broad in the range of mathematical tools used in solving problems involving these networks.
Book Synopsis Formalisation des réseaux de régulations biologiques by : Vincent Bassano
Download or read book Formalisation des réseaux de régulations biologiques written by Vincent Bassano and published by . This book was released on 2004 with total page 204 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: L'un des enjeux émergents de la biologie moléculaire est la modélisation. Parmi les paradigmes principaux de modélisation se rencontre une approche initiée par le biologiste R. Thomas qui concerne les réseaux de régulations biologiques (RRB). Ici, nous en fixons des définitions formalles génériques, dont on extrait des cadres de modélisation. Après une première définition "semi-formelle" (chapitre 2) nous présentons la spécification de cadres génériques (chapitre 3) en se basant sur des graphes bipartis. Nous décrivons notre approche par : la description de la topologie (chapitre 4) ; les paramétrisations et les marquages (chapitre 5) ; une sémantique généralisée des dynamiques (chapitre 6). Au chapitre 7, nous explicitons une méthode pour formaliser la topologie booléenne d'un réseau sous la forme d'un système d'équations booléennes. C'est un aspect novateur de notre travail qui justifie l'utilisation de graphes bipartis pour la modélisation des RRB.
Book Synopsis Modélisation des systèmes vivants : de la cellule à l'écosystème by : PAVE Alain
Download or read book Modélisation des systèmes vivants : de la cellule à l'écosystème written by PAVE Alain and published by Lavoisier. This book was released on 2012-10-22 with total page 642 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: La modélisation est devenue une méthodologie incontournable dans les sciences et les technologies du vivant. Cependant, quand doit-on avoir recours au modèle et comment l’appliquer ? Didactique, cet ouvrage propose de nombreux exemples partant de la question biologique, suivie de la construction du modèle, de sa mise en œuvre numérique et de l’interprétation des résultats. Les éléments fournis permettent de refaire la démarche et les calculs. Les principaux outils sont présentés dans un langage accessible aux lecteurs ayant une culture mathématique de base. Les aspects conceptuels et théoriques sont également exposés avec précision. L’histoire de la méthode, les dimensions épistémologiques et éthiques ainsi que les développements futurs sont aussi introduits. Alliant pratique et théorie, mathématiques, biologie, écologie, histoire et perspectives, Modélisation des systèmes vivants permet d’acquérir à la fois une culture et une technicité dans ce domaine.
