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L Echange Isotopique Hydrogene Deuterium Et La Spectrometrie De Masse Pour Letude Dinteractions Proteine Proteine
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Book Synopsis L' échange isotopique hydrogène/deutérium et la spéctrométrie de masse pour l'étude d'interactions protéine-protéine by : Alexis Nazabal
Download or read book L' échange isotopique hydrogène/deutérium et la spéctrométrie de masse pour l'étude d'interactions protéine-protéine written by Alexis Nazabal and published by . This book was released on 2003 with total page 42 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: Le travail de thèse est consacré au développement et à l'application d'une méthodologie qui permet d'obtenir par spectrométrie de masse des informations sur la façon dont les sous unités d'un complexe protéique sont agencée ainsi que sur la conformation adopté par les sous-unités. La méthodologie utilisée est basée sur le remplacement des hydrogène amides mobiles des liaisons peptidiques lors de la mise en présence séquentielle des protéines dans de l'eau lourde et de l'eau légère. Le temps qu'il faut pour réaliser ces échanges varie avec l'accessibilité des hydrogènes et leur engagement plus ou moins poussé dans les liaison hydrogènes. Pour mesurer ces temps nécessaire à l'échange en divers points de la protéine, il faut soumettre celle-ci à une digestion enzymatique qui génère des peptides dont la masse moléculaire est mesurée dans des expériences de couplage chromatographie-spectrométrie de masse (LC-MS). On différentie ainsi les zones de la protéine en terme d'accessibilité différentes et de structure 3D différentes. Le manuscrit présente ensuite un travail de mise au point de la méthodologie sur la sous-unité e du complexe F1 ATPase de Saccharomyces Cerevisiae. Les interactions de la sous unité e ont été étudiées. Cette partie à permis de mettre au point une méthode de micro-chromatographie ZIPTIP qui nécessite des quantités de matériel très réduite par rapport aux méthodes décrites dans la littérature. Cette partie à donc permis d'évaluer la pertinence de l'approche pour l'étude des interactions au sein d'un complexe hétéro-oligomérique par échange H/D. La méthodologie a ensuite été utilisé pour l'étude structurale de la protéine prion HET-s de Podospora Anserina. L'étude par LC-MS à nano-débit à permis de déterminer les taux d'échange pour 87% de la séquence peptidique. L'interprétation des résultat montre une forte diminution de l'incorporation de deutérium dans la partie C-terminale de la protéine lorsque celle-ci est agrégée en fibre amyloïdes ce qui suggère que la partie 240-295 de la protéine HET-s est fortement impliquées dans les interactions au sein de la fibre amyloïde.
Book Synopsis Hydrogen Exchange Mass Spectrometry of Proteins by : David D. Weis
Download or read book Hydrogen Exchange Mass Spectrometry of Proteins written by David D. Weis and published by John Wiley & Sons. This book was released on 2016-03-21 with total page 422 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: Hydrogen exchange mass spectrometry is widely recognized for its ability to probe the structure and dynamics of proteins. The application of this technique is becoming widespread due to its versatility for providing structural information about challenging biological macromolecules such as antibodies, flexible proteins and glycoproteins. Although the technique has been around for 25 years, this is the first definitive book devoted entirely to the topic. Hydrogen Exchange Mass Spectrometry of Proteins: Fundamentals, Methods and Applications brings into one comprehensive volume the theory, instrumentation and applications of Hydrogen Exchange Mass Spectrometry (HX-MS) - a technique relevant to bioanalytical chemistry, protein science and pharmaceuticals. The book provides a solid foundation in the basics of the technique and data interpretation to inform readers of current research in the method, and provides illustrative examples of its use in bio- and pharmaceutical chemistry and biophysics In-depth chapters on the fundamental theory of hydrogen exchange, and tutorial chapters on measurement and data analysis provide the essential background for those ready to adopt HX-MS. Expert users may advance their current understanding through chapters on methods including membrane protein analysis, alternative proteases, millisecond hydrogen exchange, top-down mass spectrometry, histidine exchange and method validation. All readers can explore the diversity of HX-MS applications in areas such as ligand binding, membrane proteins, drug discovery, therapeutic protein formulation, biocomparability, and intrinsically disordered proteins.
Book Synopsis Contribution à l'étude des conformations de peptides et de protéines en solution par échange isotopique hydrogène by : Eliane Nabedryk-Viala
Download or read book Contribution à l'étude des conformations de peptides et de protéines en solution par échange isotopique hydrogène written by Eliane Nabedryk-Viala and published by . This book was released on 1978 with total page 86 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: L'échange isotopique hydrogène est une réaction chimique simple par laquelle le proton d'une molécule s'échange avec le proton d'une autre molécule. Par l'utilisation des isotopes de l'hydrogène (deutérium, tritium) il est possible de mesurer cette réaction d'échange ; celle-ci est plus lente dans les protéines natives que dans des composés modèles de petite taille ou dans des macromolécules en pelote statistique. Il apparaît que les atomes d'hydrogène qui s'échangent lentement sont peu accessibles au solvant ou impliqués dans la formation de liaisons hydrogène. Ainsi, la mesure des cinétiques d'échange isotopique entre les protéines et l'eau présente un intérêt particulier dans le domaine de la biophysique. En effet, elle permet de tester l'accessibilité au solvant des régions internes des protéines et d'obtenir des informations sur la conformation globale et sur l'état dynamique de la molécule en solution. En résumé, la vitesse de substitution isotopique dépend de la conformation de la molécule, de sa flexibilité, de la participation ou non d'atomes d'hydrogène à la structure secondaire de la molécule et naturellement des conditions expérimentales (pH, température, composition du solvant). L'objet de ce travail a été de développer plusieurs méthodes complémentaires de mesure de l'échange hydrogène afin d'acquérir des données nouvelles sur la structure et les interactions moléculaires spécifiques de certains constituants biologiques essentiels : protéines globulaires dont l'activité est modulée par des changements de conformation (ribonucléase A, cytochrome c, facteur de couplage des chloroplastes) et peptides hormonaux (angiotensine II, corticotropine). Pour ces derniers, il était apparu que le trifluoroéthanol simulait assez bien l'environnement immédiat de la membrane du récepteur. En conséquence, la possibilité d'examiner par les techniques d'échange la conformation de ces hormones en solution dans le trifluoroéthanol pouvait présenter un intérêt biologique. C'est ainsi que nous avons mis au point les mesures d'échange hydrogène en solution organique. Enfin, il semblait logique de compléter ces études en s'intéressant aux systèmes membranaires proprement dits (rhodopsine) afin de comparer d'une part l'accessibilité au solvant de protéines situées au sein des membranes à celle de protéines non membranaires, et d'autre part l'effet de la solubilisation par des détergents sur l'accessibilité des régions de la protéine initialement enfouies dans la membrane. Ainsi, l'évolution de nos études d'échange isotopique s'est effectuée dans le sens eau, trifluoroéthanol, membranes.
Book Synopsis Etudes structurales des protéines par spectrométrie de masse couplée aux échanges hydrogène/deuterium et à la réticulation chimique by : Laëtitia Cravello
Download or read book Etudes structurales des protéines par spectrométrie de masse couplée aux échanges hydrogène/deuterium et à la réticulation chimique written by Laëtitia Cravello and published by . This book was released on 2005 with total page 184 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: Les protéines sont impliquées dans de nombreux processus biologiques. Il est nécessaire pour comprendre en détail leur fonction et leur mode d’action afin d’obtenir des informations sur leur structure et sur leurs interactions éventuelles avec leurs partenaires. Le travail réalisé durant cette thèse a consisté à développer deux méthodes innovantes utilisant la spectrométrie de masse pour étudier la structure des protéines et à appliquer ces méthodes à une problématique biologique. Nous avons optimisé une méthode associant les échanges H/D et la spectrométrie de masse sur une protéine modèle, la protéine PBP-2X. L’utilisation combinée de trois protéases nous a permis d’obtenir un meilleur recouvrement de séquence de la protéine étudiée et une plus grande résolution spatiale dans la localisation des zones d’intérêt. Une méthode associant la réticulation chimique et la spectrométrie de masse a été mise au point sur une protéine modèle : le cytochrome c. Les contraintes de distances ainsi obtenues vont intervenir dans une démarche bioinformatique visant à déterminer la famille de repliement d’une protéine de structure inconnue. Enfin, ces deux méthodes ont été appliquées avec succès sur des protéines du système de sécrétion de type III de Pseudomonas aeruginosa : PcrV et PcrG. Nos résultats expérimentaux sur PcrV corrèlent à la structure modélisée de PcrV et la protéine PcrG est globalement peu structurée. L’interaction PcrV-PcrG a été caractérisée, elle met en jeu les domaines « coiled-coil » de chacune des deux protéines. La formation du complexe induit un changement de la conformation de PcrV qui pourrait avoir pour conséquence la stabilisation de PcrG.
Book Synopsis Etudes structurales des protéines par spectrométrie de masse couplée aux échanges hydrogène/deuterium et à la réticulation chimique by : Laëtitia Cravello
Download or read book Etudes structurales des protéines par spectrométrie de masse couplée aux échanges hydrogène/deuterium et à la réticulation chimique written by Laëtitia Cravello and published by . This book was released on 2005 with total page 0 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: Les protéines sont impliquées dans de nombreux processus biologiques. Il est nécessaire pour comprendre en détail leur fonction et leur mode d'action afin d'obtenir des informations sur leur structure et sur leurs interactions éventuelles avec leurs partenaires. Le travail réalisé durant cette thèse a consisté à développer deux méthodes innovantes utilisant la spectrométrie de masse pour étudier la structure des protéines et à appliquer ces méthodes à une problématique biologique. Nous avons optimisé une méthode associant les échanges H/D et la spectrométrie de masse sur une protéine modèle, la protéine PBP-2X. L'utilisation combinée de trois protéases nous a permis d'obtenir un meilleur recouvrement de séquence de la protéine étudiée et une plus grande résolution spatiale dans la localisation des zones d'intérêt. Une méthode associant la réticulation chimique et la spectrométrie de masse a été mise au point sur une protéine modèle : le cytochrome c. Les contraintes de distances ainsi obtenues vont intervenir dans une démarche bioinformatique visant à déterminer la famille de repliement d'une protéine de structure inconnue. Enfin, ces deux méthodes ont été appliquées avec succès sur des protéines du système de sécrétion de type III de Pseudomonas aeruginosa : PcrV et PcrG. Nos résultats expérimentaux sur PcrV corrèlent à la structure modélisée de PcrV et la protéine PcrG est globalement peu structurée. L'interaction PcrV-PcrG a été caractérisée, elle met en jeu les domaines « coiled-coil » de chacune des deux protéines. La formation du complexe induit un changement de la conformation de PcrV qui pourrait avoir pour conséquence la stabilisation de PcrG.
Book Synopsis Apports de l'échange hydrogène/deutérium couplé à la spectrométrie de masse en protéomique structurale pour la caractérisation de complexes multi-protéiques by : Guillaume Terral
Download or read book Apports de l'échange hydrogène/deutérium couplé à la spectrométrie de masse en protéomique structurale pour la caractérisation de complexes multi-protéiques written by Guillaume Terral and published by . This book was released on 2016 with total page 0 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: Ce travail de thèse porte sur développement de méthodes en spectrométrie de masse structurale pour l'analyse de protéines recombinantes et de leurs complexes associés. L'objectif central s'est porté sur des développements méthodologiques en échange hydrogène/deutérium couplé à la spectrométrie de masse (HDX-MS). Les techniques biophysiques de caractérisation structurale à haute résolution comme la cristallographie ou la RMN se heurtent régulièrement à des problèmes de productions de cristaux, de taille de complexes analysables ou encore de quantité de matériel nécessaire importante. Le développement de méthodes spécifiques HDX-MS a permis de réaliser une caractérisation structurale de systèmes protéiques variés, et réfractaires aux approches haute résolution. La combinaison de cette approche à différents outils de MS structurale est aussi illustrée, et montre tout son intérêt pour l'obtention d'informations à résolution augmentée.
Book Synopsis Hydrogen Deuterium Exchange Mass Spectrometry for Protein-protein Interaction and Structural Dynamics by : Harsimran Singh
Download or read book Hydrogen Deuterium Exchange Mass Spectrometry for Protein-protein Interaction and Structural Dynamics written by Harsimran Singh and published by . This book was released on 2013 with total page 159 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: Hydrogen deuterium exchange mass spectrometry has emerged as an important technique to probe protein structure and conformational dynamics. The rate of exchange of hydrogen with deuterium by the peptide backbone is dependent on the solvent accessibility, extent of hydrogen bonding in secondary structural elements and protein dynamics. The extent and the rate of deuterium incorporation are affected by changes in protein structure, interaction with ligand, protein-protein interaction and environmental factors such as pH and temperature. These conformational changes can be global and/or local. The increase in the mass is used to localize the deuterium incorporation after pepsin digestion of the protein and analysis by electrospray ionization mass spectrometry. In this dissertation traditional HDX-MS and a new deuterium trapping assay were used to probe the interaction sites between E. coli cysteine desulfurase SufS and acceptor protein SufE. SufS and SufE form an important part of the SUF pathway, essential for the biosynthesis of Fe-S clusters under oxidative stress and iron depletion conditions. In addition, SufE is known to stimulate SufS cysteine desulfurase activity, but the mechanism is unknown. The HDX-MS results show that the regions affected by the SufS-SufE interaction are dependent on the catalytic intermediate states of the two proteins. HDX-MS was also used to probe the conformational changes resulting upon persulfuration of SufS of Cys364 in the active site. The persulfuration of SufS not only affected regions in the active site cavity, but also had other conformational changes in more distal regions. Based on our findings a model for the interaction SufS and SufE was proposed. A mechanism for the enhancement of SufS cysteine desulfurase activity upon interaction with SufE was also postulated. In all this work demonstrates that hydrogen deuterium exchange mass spectrometry and the deuterium trapping methodology optimized for this system can be easily and effectively used to study the protein-protein interactions and the accompanying changes in structural dynamics for other proteins. Deuterium trapping was demonstrated to be fast, sensitive and reliable method to deduce the changes in solvent accessibility between two or more states of a protein. Both techniques can easily be applied to large number of protein complexes to determine the regions of interaction as well as gain mechanistic information not available through traditional methods such as X-ray crystallography and NMR.
Book Synopsis Développement de nouvelles méthodologies par spectrométrie de masse à très haute résolution pour l'analyse structurale de complexes protéiques by : Ophélie Robine
Download or read book Développement de nouvelles méthodologies par spectrométrie de masse à très haute résolution pour l'analyse structurale de complexes protéiques written by Ophélie Robine and published by . This book was released on 2012 with total page 236 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: L'association échanges hydrogène/deutérium et spectrométrie de masse (HDX/MS) est devenue un outil analytique de choix pour l'étude de la structure et dynamique des protéines. L'approche classique "bottom-up" repose sur la digestion à la pepsine de la protéine deutérée et analyse des peptides protéolytiques par MS. Malheureusement, cette approche souffre de deux limitations majeures : (1) la résolution limitée par la taille des peptides après digestion et (2) l'échange inverse en solution avant l'analyse par MS. La MS en tandem classique ne peut pas être utilisée pour améliorer la résolution depuis que des expériences CID (Collision Induced Dissociation) sur des peptides deutérés ont montré une migration intramoléculaire des deutériums avant dissociation ("scrambling"). Par conséquent, il y a un grand intérêt à développer des approches HDX/MS alternatives pour améliorer les problèmes d'échange inverse, scrambling et résolution. Ce travail a donc consisté à mettre au point une méthode top-down HDX/MS robuste. Un nouveau système d'introduction des protéines deutérées dans le spectromètre de masse, appelé "cryosource", a été développé et les techniques d'activation basées sur la capture/transfert d'électron ont été utilisées. Il a récemment été montré que les méthodes ECD/ETD réduisaient le scrambling dans des conditions contrôlées avec une résolution à l'acide aminé près. L'utilisation de la cryosource a permis de diminuer l'échange inverse pendant des temps longs et avec des débits faibles. L'optimisation de tous les paramètres a été réalisée sur des peptides/protéine modèles. Notre objectif final était que notre approche soit applicable à l'analyse structurale du complexe aIF2
Book Synopsis Protein Conformational Studies by Hydrogen/deuterium Exchange Mass Spectrometry by : Antony D. Rodriguez
Download or read book Protein Conformational Studies by Hydrogen/deuterium Exchange Mass Spectrometry written by Antony D. Rodriguez and published by . This book was released on 2014 with total page 186 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: Proteins are biological macromolecules responsible for the majority of all physiological processes. In order to properly function proteins are required to adopt highly ordered structures. These structural aspects may be found within a single protein or arise from multi-protein complexes. Here hydrogen/deuterium exchange mass spectrometry (HDX-MS) is employed as a tool to determine the extent of protein higher order structure. Exposure to D2O-based solvent causes the heavier isotope to exchange with amide hydrogens in the polypeptide backbone. This exchange is mainly dependent on protein conformation because the presence of stable hydrogen-bonded secondary structure will impede the incorporation of deuterium when compared to regions that are unstructured. In this work HDX-MS is used to study denaturant-induced unfolding of oxidized and reduced cytochrome c as well as ATP binding to the subunit of FOF1-ATP synthase. This work also lays the foundation to use this technique to study larger, more complex systems.
Book Synopsis Guide to Nuclear Power Cost Evaluation: Equipment costs by : Kaiser Engineers
Download or read book Guide to Nuclear Power Cost Evaluation: Equipment costs written by Kaiser Engineers and published by . This book was released on 1962 with total page 140 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt:
