Multivariate Algorithmics In Biological Data Analysis

Author : Froese, Vincent
Publisher : Universitätsverlag der TU Berlin
ISBN 13 : 3798330034
Total Pages : 185 pages
Book Rating : 4.7/5 (983 download)

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Download or read book Fine-grained complexity analysis of some combinatorial data science problems written by Froese, Vincent and published by Universitätsverlag der TU Berlin. This book was released on 2018-10-10 with total page 185 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: This thesis is concerned with analyzing the computational complexity of NP-hard problems related to data science. For most of the problems considered in this thesis, the computational complexity has not been intensively studied before. We focus on the complexity of computing exact problem solutions and conduct a detailed analysis identifying tractable special cases. To this end, we adopt a parameterized viewpoint in which we spot several parameters which describe properties of a specific problem instance that allow to solve the instance efficiently. We develop specialized algorithms whose running times are polynomial if the corresponding parameter value is constant. We also investigate in which cases the problems remain intractable even for small parameter values. We thereby chart the border between tractability and intractability for some practically motivated problems which yields a better understanding of their computational complexity. In particular, we consider the following problems. General Position Subset Selection is the problem to select a maximum number of points in general position from a given set of points in the plane. Point sets in general position are well-studied in geometry and play a role in data visualization. We prove several computational hardness results and show how polynomial-time data reduction can be applied to solve the problem if the sought number of points in general position is very small or very large. The Distinct Vectors problem asks to select a minimum number of columns in a given matrix such that all rows in the selected submatrix are pairwise distinct. This problem is motivated by combinatorial feature selection. We prove a complexity dichotomy with respect to combinations of the minimum and the maximum pairwise Hamming distance of the rows for binary input matrices, thus separating polynomial-time solvable from NP-hard cases. Co-Clustering is a well-known matrix clustering problem in data mining where the goal is to partition a matrix into homogenous submatrices. We conduct an extensive multivariate complexity analysis revealing several NP-hard and some polynomial-time solvable and fixed-parameter tractable cases. The generic F-free Editing problem is a graph modification problem in which a given graph has to be modified by a minimum number of edge modifications such that it does not contain any induced subgraph isomorphic to the graph F. We consider three special cases of this problem: The graph clustering problem Cluster Editing with applications in machine learning, the Triangle Deletion problem which is motivated by network cluster analysis, and Feedback Arc Set in Tournaments with applications in rank aggregation. We introduce a new parameterization by the number of edge modifications above a lower bound derived from a packing of induced forbidden subgraphs and show fixed-parameter tractability for all of the three above problems with respect to this parameter. Moreover, we prove several NP-hardness results for other variants of F-free Editing for a constant parameter value. The problem DTW-Mean is to compute a mean time series of a given sample of time series with respect to the dynamic time warping distance. This is a fundamental problem in time series analysis the complexity of which is unknown. We give an exact exponential-time algorithm for DTW-Mean and prove polynomial-time solvability for the special case of binary time series. Diese Dissertation befasst sich mit der Analyse der Berechnungskomplexität von NP-schweren Problemen aus dem Bereich Data Science. Für die meisten der hier betrachteten Probleme wurde die Berechnungskomplexität bisher nicht sehr detailliert untersucht. Wir führen daher eine genaue Komplexitätsanalyse dieser Probleme durch, mit dem Ziel, effizient lösbare Spezialfälle zu identifizieren. Zu diesem Zweck nehmen wir eine parametrisierte Perspektive ein, bei der wir bestimmte Parameter definieren, welche Eigenschaften einer konkreten Probleminstanz beschreiben, die es ermöglichen, diese Instanz effizient zu lösen. Wir entwickeln dabei spezielle Algorithmen, deren Laufzeit für konstante Parameterwerte polynomiell ist. Darüber hinaus untersuchen wir, in welchen Fällen die Probleme selbst bei kleinen Parameterwerten berechnungsschwer bleiben. Somit skizzieren wir die Grenze zwischen schweren und handhabbaren Probleminstanzen, um ein besseres Verständnis der Berechnungskomplexität für die folgenden praktisch motivierten Probleme zu erlangen. Beim General Position Subset Selection Problem ist eine Menge von Punkten in der Ebene gegeben und das Ziel ist es, möglichst viele Punkte in allgemeiner Lage davon auszuwählen. Punktmengen in allgemeiner Lage sind in der Geometrie gut untersucht und spielen unter anderem im Bereich der Datenvisualisierung eine Rolle. Wir beweisen etliche Härteergebnisse und zeigen, wie das Problem mittels Polynomzeitdatenreduktion gelöst werden kann, falls die Anzahl gesuchter Punkte in allgemeiner Lage sehr klein oder sehr groß ist. Distinct Vectors ist das Problem, möglichst wenige Spalten einer gegebenen Matrix so auszuwählen, dass in der verbleibenden Submatrix alle Zeilen paarweise verschieden sind. Dieses Problem hat Anwendungen im Bereich der kombinatorischen Merkmalsselektion. Wir betrachten Kombinationen aus maximalem und minimalem paarweisen Hamming-Abstand der Zeilenvektoren und beweisen eine Komplexitätsdichotomie für Binärmatrizen, welche die NP-schweren von den polynomzeitlösbaren Kombinationen unterscheidet. Co-Clustering ist ein bekanntes Matrix-Clustering-Problem aus dem Gebiet Data-Mining. Ziel ist es, eine Matrix in möglichst homogene Submatrizen zu partitionieren. Wir führen eine umfangreiche multivariate Komplexitätsanalyse durch, in der wir zahlreiche NP-schwere, sowie polynomzeitlösbare und festparameterhandhabbare Spezialfälle identifizieren. Bei F-free Editing handelt es sich um ein generisches Graphmodifikationsproblem, bei dem ein Graph durch möglichst wenige Kantenmodifikationen so abgeändert werden soll, dass er keinen induzierten Teilgraphen mehr enthält, der isomorph zum Graphen F ist. Wir betrachten die drei folgenden Spezialfälle dieses Problems: Das Graph-Clustering-Problem Cluster Editing aus dem Bereich des Maschinellen Lernens, das Triangle Deletion Problem aus der Netzwerk-Cluster-Analyse und das Problem Feedback Arc Set in Tournaments mit Anwendungen bei der Aggregation von Rankings. Wir betrachten eine neue Parametrisierung mittels der Differenz zwischen der maximalen Anzahl Kantenmodifikationen und einer unteren Schranke, welche durch eine Menge von induzierten Teilgraphen bestimmt ist. Wir zeigen Festparameterhandhabbarkeit der drei obigen Probleme bezüglich dieses Parameters. Darüber hinaus beweisen wir etliche NP-Schwereergebnisse für andere Problemvarianten von F-free Editing bei konstantem Parameterwert. DTW-Mean ist das Problem, eine Durchschnittszeitreihe bezüglich der Dynamic-Time-Warping-Distanz für eine Menge gegebener Zeitreihen zu berechnen. Hierbei handelt es sich um ein grundlegendes Problem der Zeitreihenanalyse, dessen Komplexität bisher unbekannt ist. Wir entwickeln einen exakten Exponentialzeitalgorithmus für DTW-Mean und zeigen, dass der Spezialfall binärer Zeitreihen in polynomieller Zeit lösbar ist.