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Etude Du Repliement Des Proteines Par Rmn Temps Reel Et Autres Methodes Biophysiques
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Book Synopsis Etude du repliement des protéines par RMN temps réel et autres méthodes biophysiques by : Thomas Cutuil
Download or read book Etude du repliement des protéines par RMN temps réel et autres méthodes biophysiques written by Thomas Cutuil and published by . This book was released on 2012 with total page 0 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: La Beta-2-microglobuline est une protéine de 12kDa, impliquée dans une maladie dûe à un mauvais repliement: l'amylose liée à la dialyse. Elle constitue donc un modèle pour la formation de fibrilles amyloides et pour le repliement des protéines. La B2M est un objet à la fois difficile et fructueux à étudier. La production de B2M est complexe et demande une optimisation important pour obtenir une protéine correctement repliée et atteindre des rendements approprié pour des études de RMN et SAXS. Le repliement de la B2M est sensible au solvent, à la température, à la concentration et souvent aux conditions de préparation. Pourtant notre étude, à l'aide de plusieurs méthodes biophysiques, a pu révéler plusieurs faits essentiels de son mécanisme de repliement et de la structure et propriétés des intermédiaires. Un premier résultat est que le repliement et l'oligomérisation sont deux processus concourants. Une découverte majeure est l'existence d'un équilibre monomère oligomère entre deux états I1 et I2 intermédiaires du repliement. Détecté indirectement à l'aide de RMN temps réel comme SOFAST, I2 a été directement charactérisé en SAXS: Il s'agit probablement d'un dimère. Les états intermédiaires de repliement de B2M avaient été pointés comme favorisant la formation de fibrilles: cela s'explique facilement avec l'existence d'un intermédiaire dimérique. Une combinaison de méthodes biophysiques permet la caractérisation de cet équilibre monomère-oligomère. En SAXS, puis confirmé en RMN, la stoichiométrie de l'équilibre est celle d'un monomère-dimère. Des travaux complémentaires utilisant les techniques développées pour cette étude pourront servir à caractériser plus finement cet équilibre. L'étude approfondie du repliement de B2M pousse les techniques biophysiques dans leurs retranchements: la sensibilité et le temps d'acquisition pour la RMN, la polydispersité pour le SAXS. Pourtant dans les deux cas un grand oligomère I3, qui disparait en quelques minutes, a pu être détecté, ce qui fut confirmé par UV-Fluo. La caractérisation d'I3 demandera des dévelopements méthodologiques supplémentaires, ainsi qu'un nouveau plan d'expérience. D'autres méthodes comme la spectrométrie de masse nano-ESI pourraient représenter des sources d'information utiles. S'attaquer aux limites des méthodes biophysiques pousse au développement méthodologique. Ainsi pour étudier la structure et dynamique d'I1, la méthode d'acquisition continue des données a permis l'attribution des résonnances de cette espèce qui a une demi vie de quelques dizaines de minutes. Un échange conformationnel a été découvert pour l'état I1 du mutant W60G, en développant une méthode de relaxation RMN: R2-BEST-TROSY. Les méthodes développées pour cette étude pourront servir des études sur le repliement d'autres protéines, mais aussi dans d'autres contextes où la demi-vie des objets étudiés est courte, comme dans les expérience RMN intracellulaires. Cette étude est évidemment éloignée d'une application directe dans le combat contre les maladies du mauvais repliement des protéines. Pour autant, la découverte d'états intermédiaires oligomériques souligne que l'oligomérisation et le repliement ne devraient pas être étudiés séparément, mais sont des processus liés. Les développements méthodologiques de cette étude pourront aussi être appliqués à d'autres protéines comme à d'autres contexte. Il est donc permis d'espérer que ces questionnements et développements permettront d'avancer vers une meilleure compréhension de ces maladies.
Book Synopsis L' étude du mécanisme du repliement des protéines par les méthodes biophysiques sur deux protéines modèles : l'[alpha]-lactalbumine et l'anhydrase carbonique B by : Natalia Bouchmarina
Download or read book L' étude du mécanisme du repliement des protéines par les méthodes biophysiques sur deux protéines modèles : l'[alpha]-lactalbumine et l'anhydrase carbonique B written by Natalia Bouchmarina and published by . This book was released on 2004 with total page 109 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: Le repliement des protéines est un des problèmes centraux de la biologie. la dénaturation et le repliement des protéines de plus de cent acides aminés ne sont pas coopératifs et passent par l'accumulation d'états intermédiaires. La caractérisation structurale de ces intermédiaires est essentielle pour une meilleure compréhension de la réaction de repliement et des possibles déviations qui peuvent mener au développement de maladies graves. Les mécanismes de repliement et de dénaturation ont été étudiés pour deux protéines modèles: l'a-lactalbumine et l'anhydrase carbonique. Dans le cas de l'anhydrase carbonique, plusieurs intermédiaires ont été détectés pendant la dénaturation à l'équilibre dans différentes conditions. Ces intermédiaires diffèrent notamment par leur tendance à former des agrégats. Dans le cas de l'a-lactalbumine bovine, les effets des métaux sur les cinétiques de repliement ont été caractérisés en détail. les aspects thermodynamiques de la liaisor des métaux sur différents états intermédiaires de l'a-lactalbumine sont discutés. Ensuite, la résonance magnétique nucléaire et la spectroscopie infrarouge ont été associées pour étudier les changements de structures secondaires et tertiaires qui interviennent penda la réaction de repliement de l'a-lactalbumine. Une méthode de spectroscopie de corrélation a été utilisée pour permettre la comparaison des observations faites par les deux types de spectroscopie et pour une description très détaillée de tous les changements de structure impliqués dans la réaction.
Book Synopsis ETUDE PAR RMN DU REPLIEMENT DES ANNEXINES ET DE LEURS INTERACTIONS AVEC LE CALCIUM ET LES PHOPHOLIPIDES by : FRANCOISE.. CORDIER OCHSENBEIN
Download or read book ETUDE PAR RMN DU REPLIEMENT DES ANNEXINES ET DE LEURS INTERACTIONS AVEC LE CALCIUM ET LES PHOPHOLIPIDES written by FRANCOISE.. CORDIER OCHSENBEIN and published by . This book was released on 1997 with total page 300 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: LES ANNEXINES CONSTITUENT UNE FAMILLE DE PROTEINES COMPORTANT QUATRE DOMAINES CONSECUTIFS HOMOLOGUES EN SEQUENCE ET EN STRUCTURE. CHAQUE DOMAINE EST CONSTITUE DE CINQ HELICES QUI S'ORGANISENT EN UN MOTIF SUPER HELICOIDAL. L'ETUDE DU REPLIEMENT DE CES PROTEINES A ETE ABORDEE PAR L'ANALYSE DE LA STRUCTURE DE DOMAINES ET MODULES ISOLES EN UTILISANT LES SPECTROSCOPIES RMN ET DC. NOUS MONTRONS NOTAMMENT QUE LE DOMAINE 1 DES ANNEXINE I ET V CONSTITUENT DES UNITES AUTONOMES DE REPLIEMENT ALORS QUE LE DOMAINE 2 DE L'ANNEXINE I COMPREND UN TAUX DE STRUCTURE SECONDAIRE CORRESPONDANT A 30% DE CELUI DE LA STRUCTURE NATIVE. L'ANALYSE DETAILLEE DES ELEMENTS DE STRUCTURE RESIDUELLE PRESENTS AU SEIN DU DOMAINE 2 DE L'ANNEXINE I MONTRE LA PRESENCE DE STRUCTURES LOCALES NATIVES ET NON NATIVES, CES DERNIERES ETANT DETRUITES EN FIN DE REPLIEMENT. LE ROLE DE CES STRUCTURE POURRAIT ETRE DE MAINTENIR, DANS DES REGIONS SPECIFIQUES, DE FACON TRANSITOIRE UNE FLEXIBILITE LOCALE POUR GUIDER LES TRAJECTOIRES DE REPLIEMENT DE LA PROTEINE. L'ENSEMBLE DES RESULTATS, INCLUANT LES RESULTATS EXPERIMENTAUX OBTENUS POUR LE DOMAINE 1 DES ANNEXINES I ET V, LE DOMAINE 2 ET LE MODULE 2-3 DE L'ANNEXINE I, NOUS ONT CONDUIT A PROPOSER UN MODELE DE REPLIEMENT SEQUENTIEL POUR L'ANNEXINE I. DANS CE MODELE, LE DOMAINE 1 DE L'ANNEXINE I SE REPLIE EN PREMIER ET CONSTITUE LA CHARPENTE CAPABLE DE GUIDER LE REPLIEMENT DES AUTRES DOMAINES. PAR AILLEURS, NOUS AVONS ABORDE LA CARACTERISATION DE LA FONCTION COMMUNE DES ANNEXINES, LEUR LIAISON AUX MEMBRANES EN PRESENCE DE CALCIUM. UNE ETUDE PAR RMN DU DEUTERIUM A PERMIS UNE DESCRIPTION DES VARIATIONS DES PARAMETRES DYNAMIQUES DE LA PHASE LIPIDIQUE AU COURS DE LA LIAISON DE L'ANNEXINE V AUX MEMBRANES.
Book Synopsis Etude de la Protéine Partiellement Désordonnée Engrailed 2 Par RMN Et Nouvelles Méthodes Pour la Mesure de Coefficients de Diffusion Et L'attribution Des Signaux Des Chaines Latérales de Protéine by : Rafal Augustyniak
Download or read book Etude de la Protéine Partiellement Désordonnée Engrailed 2 Par RMN Et Nouvelles Méthodes Pour la Mesure de Coefficients de Diffusion Et L'attribution Des Signaux Des Chaines Latérales de Protéine written by Rafal Augustyniak and published by . This book was released on 2011 with total page 141 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: Dans cette thèse, nous présentons les applications de techniques de la RMN bien établies ainsi que le développement de nouvelles méthodes. Tout d'abord, nous étudions un fragment de l'homéoprotéine Engrailed 2 qui comprend un domaine globulaire, l'homéodomaine, et son extension N-terminale intrinsèquement désordonnée. Après avoir présenté le protocole d'expression et de purification de la protéine recombinante, l'attribution des signaux RMN est présentée en détail. Les déplacements chimiques ont fourni des informations sur le repliement partiel des régions en dehors de l'homéodomaine. Les mesures des vitesses de relaxation de l'azote 15 nous ont permis d'identifier des fragments ayant une mobilité restreinte, qui comprennent des sites d'interaction protéine-protéine et de phosphorylation d'Engrailed 2. Les interactions à longue distance entre l'homéodomaine et son extension N-terminale ont été caractérisées par l'insertion d'une sonde paramagnétique sur le résidu Cys175. Dans la partie méthodologique de ce travail, nous avons proposé de nouvelles expériences pour mesurer les coefficients de diffusion translationnelle de biomolécules. Ces expériences rapides et plus sensibles peuvent être utilisées, entre autres, pour contrôler la stabilité d'échantillons RMN de protéines, ce qui a été démontré sur Engrailed. Enfin, nous avons développé une stratégie pour effectuer l'attribution stéréospécifique des protons méthylènes dans des protéines partiellement deutérées à partir de nouvelles expériences NOESY. L'impact de cette attribution sur la qualité des structures 3D obtenues à partir de nos données est illustré sur la calbindine D9k.
Book Synopsis Major Problems in Developmental Biology by : Michael Locke
Download or read book Major Problems in Developmental Biology written by Michael Locke and published by Elsevier. This book was released on 2012-12-02 with total page 421 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: Major Problems in Developmental Biology contains the proceedings of the 25th Symposium of the Society for Developmental Biology, held in Haverford, Pennsylvania, in June 1966. The papers explore some of the major problems in developmental biology, particularly those relating to cell differentiation, movements, and death; patterning; and intercellular regulation in plants. Organized into 11 chapters, this book begins with an overview of the growth and development of developmental biology as a scientific discipline, with emphasis on the role of the Society for Developmental Biology, and in particular its symposia, in the emergence of the field. The book then discusses the intra- and extracellular factors impinging upon the nucleus and regulating cell differentiation. Some chapters focus on the dynamics of determination in cell systems of insects, morphogenetic movements of animal cells, and patterns at the cell and tissue levels. The reader is also introduced to the correlations between protein structure and function in relation to cell dynamics and differentiation, along with the physiological, biochemical, and molecular biological aspects of intercellular regulation in plants and the role of cell surface in carcinogenesis. The book concludes by suggesting directions for research into the ontogeny of behavior. This book is a valuable source of information for developmental biologists.
Book Synopsis Scientific Canadian Mechanics' Magazine and Patent Office Record by : Canada. Patent Office
Download or read book Scientific Canadian Mechanics' Magazine and Patent Office Record written by Canada. Patent Office and published by . This book was released on 1966-03 with total page 1070 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt:
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