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Developpement Methodologique En Couplage Nanolc Spectrometrie De Masse Pour Lanalyse De Proteines Entieres
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Book Synopsis Application du couplage chromatographie liquide-spectrométrie de masse à l'étude de la biodisponibilité de peptides issus de produits laitiers et à la protéomique by : François Delalande
Download or read book Application du couplage chromatographie liquide-spectrométrie de masse à l'étude de la biodisponibilité de peptides issus de produits laitiers et à la protéomique written by François Delalande and published by . This book was released on 2003 with total page 252 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: Le couplage chromatographie liquide-spectrométrie de masse est devenu une méthode de choix pour la quantification de molécules dans une matrice, la détermination des séquences primaires de peptides et de protéines ainsi que la mise en évidence de modifications post-traductionnelles. Les progrès réalisés tant au niveau de la LC qu'au niveau de la spectrométrie de masse ont aussi révolutionné la biologie en permettant une identification sur des quantités femtomolaires de protéines séparées par électrophorèse bidimensionelle dans le cadre d'études protéomiques et la détection toujours plus sensible de molécules d'intérêt par exemple dans les fluides biologiques (plasma, urine, LCR).Mon travail de thèse a porté sur le choix et la mise au point de stratégies instrumentales et analytiques en optimisant de façon poussée tous les paramètres du couplage LC-MS et LC-MS-MS. La première partie concerne la mise au point expérimentale de techniques de microLC-MS et microLC-MS-MS pour la caractérisation de composés peptidiques et la mesure de leur biodisponibilité. La seconde partie porte sur le développement, l'optimisation et l'utilisation de la nano-LC-MS pour l'étude protéomique avec une première étude protéomique visant à caractériser les interactions entre le riz et le rice yellow mottle virus. Ce travail a permis par les techniques MALDI-MS et LC-MS-MS, de mettre en évidence les protéines du riz recrutées par les protéines de capside du virus et l'identification des protéines différentiellement exprimées selon la variété de riz (résistant/sensible). La seconde étude protéomique concerne la caractérisation de marqueurs d'expressions liés à l'anomalie "Mantled" chez le palmier à huile faisant appel au séquençage de novo. Pour conclure, nous avons utilisé les multiples potentiels du couplage microLC-MS et nanoLC-MS-MS pour répondre à différents problèmes biologiques. Ces réponses n'ont pu être obtenues que grâce à la mise au point de méthodologie particulière.
Book Synopsis Développement de nouvelles méthodologies par spectrométrie de masse à très haute résolution pour l'analyse structurale de complexes protéiques by : Ophélie Robine
Download or read book Développement de nouvelles méthodologies par spectrométrie de masse à très haute résolution pour l'analyse structurale de complexes protéiques written by Ophélie Robine and published by . This book was released on 2012 with total page 236 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: L'association échanges hydrogène/deutérium et spectrométrie de masse (HDX/MS) est devenue un outil analytique de choix pour l'étude de la structure et dynamique des protéines. L'approche classique "bottom-up" repose sur la digestion à la pepsine de la protéine deutérée et analyse des peptides protéolytiques par MS. Malheureusement, cette approche souffre de deux limitations majeures : (1) la résolution limitée par la taille des peptides après digestion et (2) l'échange inverse en solution avant l'analyse par MS. La MS en tandem classique ne peut pas être utilisée pour améliorer la résolution depuis que des expériences CID (Collision Induced Dissociation) sur des peptides deutérés ont montré une migration intramoléculaire des deutériums avant dissociation ("scrambling"). Par conséquent, il y a un grand intérêt à développer des approches HDX/MS alternatives pour améliorer les problèmes d'échange inverse, scrambling et résolution. Ce travail a donc consisté à mettre au point une méthode top-down HDX/MS robuste. Un nouveau système d'introduction des protéines deutérées dans le spectromètre de masse, appelé "cryosource", a été développé et les techniques d'activation basées sur la capture/transfert d'électron ont été utilisées. Il a récemment été montré que les méthodes ECD/ETD réduisaient le scrambling dans des conditions contrôlées avec une résolution à l'acide aminé près. L'utilisation de la cryosource a permis de diminuer l'échange inverse pendant des temps longs et avec des débits faibles. L'optimisation de tous les paramètres a été réalisée sur des peptides/protéine modèles. Notre objectif final était que notre approche soit applicable à l'analyse structurale du complexe aIF2
Book Synopsis DEVELOPPEMENT DU COUPLAGE DE LA CHROMATOGRAPHIE LIQUIDE AVEC LA SPECTROMETRIE DE MASSE PAR L'INTERFACE FAB A FLUX CONTINU. CARACTERISATION DES PROTEINES H, T ET L DU COMPLEXE DE LA GLYCINE DECARBOXYLASE DES FEUILLES DE POIS by : VERONIQUE.. LOUVET MERAND
Download or read book DEVELOPPEMENT DU COUPLAGE DE LA CHROMATOGRAPHIE LIQUIDE AVEC LA SPECTROMETRIE DE MASSE PAR L'INTERFACE FAB A FLUX CONTINU. CARACTERISATION DES PROTEINES H, T ET L DU COMPLEXE DE LA GLYCINE DECARBOXYLASE DES FEUILLES DE POIS written by VERONIQUE.. LOUVET MERAND and published by . This book was released on 1994 with total page 178 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: AU COURS DE CE TRAVAIL NOUS AVONS UTILISE DIFFERENTES TECHNIQUES DE SPECTROMETRIE DE MASSE DESTINEES A RESOUDRE DES PROBLEMES ANALYTIQUES DANS LE DOMAINE DE LA STRUCTURE DES PROTEINES. DANS LE BUT DE GAGNER DU TEMPS ET DE LA SENSIBILITE DANS LES ANALYSES, NOUS AVONS DEVELOPPE LE COUPLAGE DE LA CHROMATOGRAPHIE LIQUIDE (HPLC) AVEC LA SPECTROMETRIE DE MASSE (MS) EN MODE FAB FAST ATOM BOMBARDMENT PAR L'INTERFACE FAB A FLUX CONTINU (CF/FAB). CE COUPLAGE A ETE REALISE AVEC DES COLONNES CAPILLAIRES DE DIAMETRE INTERNE 0,25 MM. IL S'EST AVERE ETRE BIEN ADAPTE A L'ETUDE DE MELANGES COMPLEXES DE PEPTIDES DE MASSES INFERIEURES A 5000 DA AVEC UNE SENSIBILITE DE L'ORDRE DE 20 A 200 PMOL POUR UN PEPTIDE DE MASSE 1000 DA. CETTE SENSIBILITE DECROIT AU FUR ET A MESURE QUE NOUS ELEVONS DANS LE DOMAINE DE MASSE. PAR LA SUITE, LES TECHNIQUES DE COUPLAGE DE L'HPLC AVEC LA SPECTROMETRIE DE MASSE, PAR L'INTERFACE CF/FAB MAIS AUSSI PAR L'INTERFACE ELECTROSPRAY (ESI), ONT ETE UTILISEES POUR L'ETUDE DE LA STRUCTURE PRIMAIRE ET DES MODIFICATIONS POST-TRADUCTIONNELLES DES PROTEINES H, T ET L DU COMPLEXE DE LA GLYCINE DECARBOXYLASE DES MITOCHONDRIES DES FEUILLES DE POIS. AINSI, LES ANALYSES DES FRAGMENTS ISSUS DE COUPURES CHIMIQUES OU ENZYMATIQUES DES PROTEINES H (14,1 KDA) ET T (40,9 KDA) ONT PERMIS DE VERIFIER LES SEQUENCES DE CES DEUX PROTEINES ETABLIES A PARTIR DE LEURS ADNC. NOUS AVONS AUSSI LOCALISER LA POSITION EXACTE DU COFACTEUR LIPOATE DE LA PROTEINE H. LA MESURE DE LA MASSE DE LA PROTEINE L (49,7 KDA) CONFIRME LA SEQUENCE DE LA PROTEINE. DE PLUS, ELLE MONTRE QU'IL N'Y A DE LIAISON COVALENTE NI ENTRE LES DEUX SOUS UNITES DE LA PROTEINE, NI ENTRE LA PROTEINE ET SON COFACTEUR, ET QUE LA PROTEINE L CONTIENT UNE MODIFICATION POST-TRADUCTIONNELLE DE 32 DA ENVIRON
Book Synopsis La spectrométrie de masse en couplage avec la chromatographie en phase gazeuse by : BOUCHONNET Stéphane
Download or read book La spectrométrie de masse en couplage avec la chromatographie en phase gazeuse written by BOUCHONNET Stéphane and published by Lavoisier. This book was released on 2009-09-09 with total page 211 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: Premier ouvrage spécifiquement consacré à ce couplage, La spectrométrie de masse en couplage avec la chromatographie en phase gazeuse se différencie des autres publications scientifiques dédiées à la spectrométrie de masse en abordant la technologie avec une réelle volonté didactique. Ce manuel propose une démarche ancrée dans la pratique et offre des atouts décisifs pour gagner en temps et en qualité : une approche simple et précise du principe de fonctionnement des spectromètres de masse utilisés en couplage GC-MS, avec un minimum d'équations mathématiques, un comparatif des différents types de sources, d'analyseurs et de détecteurs, une mise en avant des aspects pratiques tels que la stratégie de mise au point d'une méthode de dosage ou l'utilisation d'une bibliothèque de spectres, un inventaire des problèmes et des "pièges" habituellement rencontrés par les utilisateurs de couplage GC-MS, un recueil des erreurs les plus communément commises et les solutions claires pour s'en affranchir. Ces conseils sont illustrés par de nombreux exemples choisis dans des domaines aussi divers que la toxicologie ou l'analyse environnementale avec toujours un double objectif pour les utilisateurs : leur permettre de tirer rapidement le meilleur parti de leur spectromètre de masse, les assister dans la détermination du matériel et des méthodes les plus appropriés à un contexte analytique donné (identification structurale, dosages multi-résidus, détermination de composés à l'état de traces en matrices complexes, etc.).
Book Synopsis Advances in mass spectrometry based proteomics by : Guillaume Bechade
Download or read book Advances in mass spectrometry based proteomics written by Guillaume Bechade and published by . This book was released on 2009 with total page 247 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: L’engouement autour de l’analyse protéomique par spectrométrie de masse a masqué des questions essentielles comme la qualité et la validation des résultats. Des difficultés majeures persistent pour identifier toutes les protéines d’un échantillon et en obtenir un recouvrement de séquence maximal. Actuellement, l’information recueillie est largement incomplète et incertaine. Les progrès à réaliser passent par l’amélioration des techniques séparatives, de la spectrométrie de masse, et des outils bioinformatiques de validation des données protéomiques. Dans ce contexte, ce travail de thèse s’est articulé autour de deux thématiques : ‣ Le développement de méthodologies pour améliorer l’analyse protéomique. Une étude de la répétabilité des analyses nanoLC-MS/MS d’échantillons protéiques complexes a conduit à la mise en place de solutions simples pour améliorer le nombre et la qualité des identifications. Ces innovations ont été appliquées à (1) la recherche de biomarqueurs spécifiques de leucémies au diagnostic ambigu ; (2) l’identification de partenaires d’interaction de facteurs de transcription suppresseurs de tumeur dans le foie. ‣ La mise au point d’approches pour la caractérisation de complexes protéiques covalents à liaison cystéine-cystéine. Des mesures de protéines entières par LC-MS haute résolution et l’analyse par nanoLC-MS/MS de dipeptides ont notamment permis l’étude de mécanismes rédox intracellulaires. Ces travaux, proposant une utilisation plus fine et fiable de la spectrométrie de masse, ont montré de manière univoque la pertinence de l’approche protéomique pour la découverte clinique, l’analyse fonctionnelle et l’étude de mécanismes enzymatiques.
Book Synopsis Spectrométrie de masse des modifications induites ou post-traductionnelles de protéines by : Guillaume Gabant
Download or read book Spectrométrie de masse des modifications induites ou post-traductionnelles de protéines written by Guillaume Gabant and published by . This book was released on 2014 with total page 0 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: Les modifications de protéines, qu'elles soient post-traductionnelles (PTMs) ou induites chimiquement, ont une influence considérable sur l'activité des protéines. Des méthodes de spectrométrie de masse (MS) HRMS, MS/MS CID et ETD, et de biochimie ont été développées pour la caractérisation structurale et cinétique de complexes protéine-ligand et de PTMs, dans le but de disséquer leur mécanisme et de concevoir des médicaments covalents contre des protéines liant des protéases, des kinases, ou l'ADN. La MS combinée avec des outils biochimiques a permis de séquencer l'inhibiteur de protéases grégline, et de détecter une PTM originale. De même, la transposase MOS1, modèle de l'intégrase du VIH pour la conception d'inhibiteurs, s'avère être à la fois acétylée et phosphorylée. Pour la lyase Abf2, une stratégie de piégeage, purification, protéolyse et hydrolyse ADN du complexe covalent Abf2-ADN, couplée à l'analyse MS, a été développée. Enfin, l'interaction entre le surpresseur de métastase hPEBP1 et la locostatine a été disséquée sur la protéine entière et par approche bottom-up. La locostatine s'hydrolyse en butyrate après fixation. Afin d'identifier le site ciblé par la locostatine, les conditions de réaction et de protéolyse ont été optimisées. La présence de réactions non spécifiques a conduit au développement 1) d'un modèle mathématique permettant de déterminer la fraction de liaison optimale pour discriminer le site spécifique des sites non-spécifiques, et 2) d'une méthode pour la quantification parallèle et exhaustive du degré de modification de tous les sites modifiés d'une protéine. Ces outils sont applicables aux ligands covalents de protéines et/ou à leurs PTMs.
Book Synopsis Détermination des sites d'interaction des protéines par spectrométrie de masse MALDI-TOF by : Gunalini Saravanamuthu
Download or read book Détermination des sites d'interaction des protéines par spectrométrie de masse MALDI-TOF written by Gunalini Saravanamuthu and published by . This book was released on 2011 with total page 417 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: L’objectif principal de ce travail était l’étude par spectrométrie de masse des propriétés des complexes non covalents désorbés en phase gazeuse et le développement de méthode pour établir les sites d’interactions entre protéines. Pour cela, un complexe non covalent entre la trypsine bovine (T) et son inhibiteur sBBI a été choisi comme modèle dans nos études. Une première approche pour déterminer les sites d’interaction a été abordée. Elle consiste d’une part en l’optimisation de la modification chimique des systèmes étudiés soit isolés soit au sein du complexe non-covalent sous conditions non dénaturantes et d’autre part en la comparaison des produits de digestion de ces protéines par spectrométrie de masse MALDI-TOF. Ainsi l’analyse comparative permet l’identification des zones d’interactions entre les protéines. Pour cela, plusieurs modifications chimiques ont été choisies. Pour préciser les positions des résidus des modifiées, le séquençage de peptides en en MS/MS par MALDI-TOF/TOF a été effectué. Cette approche a permis de déterminer des sites d’interactions entre la trypsine (T) et son inhibiteur sBBI. Dans un second temps, la formation et le comportement du complexe T/sBBI (préparé sous conditions physiologiques) ont été explorés par ESI-MS pour être étendus à d’autres inhibiteurs. L’utilisation de cet outil a montré des changements significatifs de conformation du complexe en phase gazeuse selon l’état de solvatation et l’état de charge, responsables de la migration de Ca2+ de l’enzyme à l’inhibiteur
Book Synopsis ETUDE DE LA SEQUENCE CARBOXYLE TERMINALE DE PEPTIDES ET DE PROTEINES PAR COUPLAGE ENTRE SPECTROMETRIE DE MASSE ET DEGRADATIONS ENZYMATIQUES by : PIERRE.. GAVARD
Download or read book ETUDE DE LA SEQUENCE CARBOXYLE TERMINALE DE PEPTIDES ET DE PROTEINES PAR COUPLAGE ENTRE SPECTROMETRIE DE MASSE ET DEGRADATIONS ENZYMATIQUES written by PIERRE.. GAVARD and published by . This book was released on 1991 with total page pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: CES DERNIERES ANNEES, L'ETUDE DES PROTEINES PAR SPECTROMETRIE DE MASSE A CONNU UN GRAND DEVELOPPEMENT. D'AUTRE PART, LA DETERMINATION DE SEQUENCE, PAR L'EXTREMITE C-TERMINALE DES PROTEINES RESTE PROBLEMATIQUE ETANT DONNEES LES METHODES EXISTANTES. UNE TELLE ANALYSE EST CEPENDANT PARFOIS OBLIGATOIRE LORSQUE LA DETERMINATION PAR L'EXTREMITE N-TERMINALE EST IMPOSSIBLE (PEPTIDES N-BLOQUES) OU DIFFICILE. AINSI, AU COURS DE CE TRAVAIL, LES AUTEURS ONT ETUDIE LES POSSIBILITES DE COUPLAGE ENTRE REACTION ENZYMATIQUE ET SPECTROMETRIE DE MASSE PAR BOMBARDEMENT D'ATOMES RAPIDE (FAB) POUR TENTER D'APPORTER UNE SOLUTION A L'ANALYSE DE SEQUENCES PROTEIQUES PAR L'EXTREMITE CARBOXYLE TERMINALE. DANS UN PREMIER TEMPS, LES AUTEURS ONT DEVELOPPE UN COUPLAGE EN LIGNE D'UNE DIGESTION ENZYMATIQUE PAR UNE EXOPEPTIDASE ET DE LA SPECTROMETRIE DE MASSE EN UTILISANT LA FAB A FLOT CONTINU. CECI AURA PERMIS DE CONNAITRE LA SEQUENCE DES SIX PREMIERS ACIDES AMINES CARBOXYLE TERMINAUX D'UN PEPTIDE EN COMPRENANT QUATORZE. L'UTILISATION DE LA SPECTROMETRIE DE MASSE EN TANDEM SUR UN ION MH#+ D'UN PEPTIDE ACCUMULE PAR SUITE D'UNE ETAPE LENTE A PERMIS DE LE SEQUENCER EN TOTALITE. LES AUTEURS ONT ENSUITE DEVELOPPE LE COUPLAGE DE DEUX REACTIONS ENZYMATIQUES CONSECUTIVES. LA PREMIERE DEGRADATION, EFFECTUEE PAR UNE EXOPEPTIDASE EST SUIVIE PAR UNE SECONDE, EFFECTUEE PAR UNE ENDOPEPTIDASE. CETTE STRATEGIE PERMET DE CONNAITRE LA SEQUENCE CARBOXYLE TERMINALE DE PROTEINES QUE LEUR MASSE REND NON ANALYSABLES DIRECTEMENT PAR NOTRE APPAREIL. CES DEUX REACTIONS ONT TOUT D'ABORD ETE ASSOCIEES EN CONTINU VIA LA FAB A FLOT CONTINU PUIS EN DISCONTINU AVEC UNE ANALYSE EN FAB STATIQUE ET APPLIQUEES A UN PEPTIDE DE VINGT-NEUF ACIDES AMINES. LA SPECTROMETRIE DE MASSE A PERMIS AUX AUTEURS DE RETROUVER LA SEQUENCE CARBOXYLE TERMINALE DE CE PEPETIDE EN SE BASANT UNIQUEMENT SUR LES DIFFERENCES DE MASSES ET DONC DE S'AFFRANCHIR, DANS UNE CERTAINE LIMITE, DES DIFFERENCES DE VITESSE D'HYDROLYSE POUR CHAQUE ACIDE AMINE. GRACE A CES TECHNIQUES, LES AUTEURS ONT PU LOCALISER ET DIFFERENCIER DES PEPTIDES ISOMERES BRANCHES PAR DES GROUPES GLUTAMYLES ANALOGUES SYNTHETIQUES DE LA PARTIE C-TERMINALE DE LA TUBULINE
Book Synopsis La spectrométrie de masse haute résolution by : Fabrice Bray
Download or read book La spectrométrie de masse haute résolution written by Fabrice Bray and published by . This book was released on 2017 with total page 0 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: La spectrométrie de masse est une méthode d'analyse qui permet de travailler sur une large gamme d'échantillons. Elle est utilisée dans de nombreux domaines de recherche comme la chimie analytique, la protéomique, la lipidomique et la métabolomique...Dans un premier temps, mon travail s'est focalisé sur le développement d'une méthode indépendante d'analyse de données par spectrométrie de masse à transformée de Fourier bidimensionnelle. Pour augmenter la résolution en première dimension, une analyse FT-ICR 2D avec un échantillonnage non uniforme (NUS) a été développée. L'augmentation de la résolution dans la première dimension a permis l'obtention d'une haute résolution pour les ions précurseurs. La FT-ICR 2D a été utilisée avec succès pour l'analyse de triacylglycérols contenus dans du plasma mais aussi pour l'analyse d'échantillons archéologiques.Dans un second temps, une stratégie protéomique conjointe bottom-up et top-down a été appliquée à l'analyse d'échantillons archéologiques et paléontologiques à partir d'ossements ou de céramiques. Le développement d'une méthodologie bottom-up, a permis à partir d'ossements archéologiques d'espèces inconnues l'identification des protéines et leurs modifications chimiques. Cet ossement a pu être attribué comme appartenant à l'espèce Homo sapiens. Une analyse top-down a été utilisée pour l'analyse d'échantillons archéologiques. Pour la première fois, une protéine (la caséine de lait) a été identifiée dans un échantillon archéologique d'amphore de l'époque de l'empereur Claude (1er siècle de notre ère) grâce la détection de grands fragments de caséine.
Book Synopsis Nouvelles méthodologies en spectrométrie de masse native et mobilité ionique pour la caractérisation structurale de macrobiomolécules et de leurs complexes associés by : Johann Stojko
Download or read book Nouvelles méthodologies en spectrométrie de masse native et mobilité ionique pour la caractérisation structurale de macrobiomolécules et de leurs complexes associés written by Johann Stojko and published by . This book was released on 2016 with total page 0 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: Ce travail de thèse porte sur le développement de méthodes en spectrométrie de masse (MS) et mobilité ionique (IM-MS) supramoléculaires pour la caractérisation fine de complexes protéine-ligand et d'assemblages protéiques hétérogènes de hauts poids moléculaires. L'optimisation instrumentale apportée à l'étude de ces systèmes, permet d'étendre le potentiel de ces deux approches en biologie structurale. Le criblage de complexes protéine-ligand permet ici une détermination de leurs propriétés d'interaction et la mise en évidence de subtils changements de conformation induits, pouvant être suivis au cours du temps. L'application de ce couplage à l'analyse de complexes multi-protéiques, réfractaires aux techniques conventionnelles, donne accès à la topologie de ces assemblages, facilitant la proposition de modèles structuraux. Enfin, l'apport récent de la haute résolution en MS native est ici illustré à travers l'étude de protéines complexes et hétérogènes : les anticorps thérapeutiques et leurs conjugués. Ces développements permettent de repousser certaines limites en MS native et IM-MS native, élargissant leurs perspectives d'application dans la recherche et l'industrie pharmaceutique.
Download or read book Protéomique written by Caroline Tokarski and published by . This book was released on 2012 with total page 245 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: D'orientation méthodologique, les travaux présentés dans ce manuscrit concernent principalement l'analyse des protéines ou des peptides d'échantillons biologiques natifs ou transformés par spectrométrie de masse FT-ICR (Fourier Transform Ion Cyclotron Resonance) de très haute résolution. Ces études d'intérêt structural, mettent également à contribution les potentialités séparatives de l'électrophorèse mono ou bidimensionnelles et de la chromatographie liquide ainsi que les capacités d'intégration et de traitement des données offertes par l'outil bioinformatique. Ces travaux résultent à la fois de développements méthodologiques propres effectués au laboratoire et d'applications analytiques issues de plusieurs collaborations indépendantes. Ils m'ont permis d'explorer les différentes difficultés rencontrées lors des étapes clés de l'analyse des protéines ou autres macromolécules organiques complexes, et ainsi, de développer des outils et des méthodes analytiques appropriés à chacune d'entre elles. Une première partie de mes recherches porte sur le développement de nouveaux outils préparatifs en protéomique. Ainsi, l'utilisation de complexes de ruthénium porteur d'un ester actif a permis l'obtention de coloration protéique de grande sensibilité; le développement de nouveaux gels d'électrophorèse incorporant des monomères d'acrylamide N,N'-dialkylés a facilité la séparation de protéines très hydrophobes.
Book Synopsis Universalité des méthodologies protéomiques pour l'identification et la caractérisation des protéines by : Laetitia Fouillen
Download or read book Universalité des méthodologies protéomiques pour l'identification et la caractérisation des protéines written by Laetitia Fouillen and published by . This book was released on 2009 with total page 247 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: La grande diversité des problèmes biologiques abordés ces dernières années par l’analyse protéomique a montré que celle-ci devait être encore développée en fonction du type de question posée mais aussi en fonction des contraintes techniques imposées par les échantillons. Les méthodologies protéomiques sont composées de plusieurs étapes mettant en jeu la préparation d'échantillon, la séparation des protéines et peptides et enfin l'analyse des protéines et peptides par spectrométrie de masse suivie de l'interprétation des données générées. Les études présentées ont nécessité d'adapter ces différentes étapes pour répondre au mieux aux diverses questions biologiques abordés au cours de cette thèse : L'identification des protéines impliquées dans des complexes protéine/protéine et ARN/protéine : une stratégie protéomique impliquant une purification du complexe d'intérêt et des analyses par nanoLC-MS/MS a pu être développée. La caractérisation fine des protéines phosphorylées purifiées : une méthodologie adaptée, en deux étapes, a été mise en place pour la détermination de l'état de phosphorylation des protéines entières et la localisation des sites exacts de phosphorylation sur le squelette peptidique. L'identification et la quantification relative des protéines plasmatiques exprimées chez le manchot Adélie lors du jeûne prolongé à l'aide d'une stratégie de quantification par analyse d'image et d'une stratégie d'identification par des approches d'interprétation des données MS/MS. Ces travaux de thèse montrent l’universalité des approches protéomiques, qui devront toujours être adaptées très finement pour garder leur potentiel pour l’analyse d’échantillons provenant d’origines diverses et de complexités variables.
Book Synopsis La Spectrométrie de masse by : Sarah Sanglier
Download or read book La Spectrométrie de masse written by Sarah Sanglier and published by . This book was released on 2002 with total page 248 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: Ces dix dernières années, les développements de la spectrométrie de masse ont été spectaculaires et ont montré que cette technique était capable de transférer en phase gazeuse des complexes protéiques non-covalents sans les détruire. L'ionisation par électrospray permet à la fois d'introduire les échantillons en solution et de maintenir les interactions faibles préformées en solution en contrôlant soigneusement les conditions de fonctionnement de l'interface du spectromètre de masse. L'étude récente de ces complexes non-covalents par spectrométrie de masse est en plein essor : on parle de spectrométrie de masse supramoléculaire par opposition à la spectrométrie de masse moléculaire, où l'instrumentation est réglée de façon à rompre toutes les interactions non-covalentes.Ce travail a pour objectif d'élargir le champ d'applications de la spectrométrie de masse supramoléculaire en biologie. Il a porté principalement sur la mise au point de stratégies expérimentales permettant de répondre à divers problèmes biologiques, à savoir : d'une part, le développement d'une nouvelle approche basée sur la spectrométrie de masse supramoléculaire pour l'étude systématique d'interactions spécifiques entre une protéine et un ligand. Actuellement il est possible de produire un grand nombre de protéines, qui sont autant de cibles thérapeutiques potentielles, mais dont la fonction n'est pas toujours connue. Une nouvelle approche basée sur la spectrométrie de masse supramoléculaire a été mise au point pour identifier les ligands de protéines orphelines et ainsi accéder à leur fonction.d'autre part, la caractérisation par spectrométrie de masse ES de complexes non-covalents multiprotéiques de très hauts poids moléculaires, jusqu'à plusieurs millions de Daltons. Ces études préparent une spectrométrie de masse supramoléculaire capable d'analyser et de caractériser de gros complexes multiprotéiques et, par suite, d'accéder au complexome.
Book Synopsis Développement d'une puce à protéine pour l'analyse quantitative du protéome par spectrométrie de masse by : Nelly Papin
Download or read book Développement d'une puce à protéine pour l'analyse quantitative du protéome par spectrométrie de masse written by Nelly Papin and published by . This book was released on 2007 with total page 242 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: Ce projet de thèse s'inscrit dans le contexte d'extension à la fois qualitative et quantitative des domaines d'investigation post-génomiques. La protéomique en particulier a vécu ces dernières années un essor remarquable en terme de nouvelles technologies à haut débit. Ce travail vise à développer une puce à protéine permettant de quantifier de façon ciblée un grand nombre de protéines d'intérêt au sein d'échantillons complexes. Pour ce faire, les protéines issues d'échantillons différents sont discernées par un marquage chimique différentiel. Les échantillons ainsi marqués sont alors mélangés puis déposés sur une puce présentant des anticorps spécifiques de chaque protéine d'intérêt. Retenues spécifiquement sur la puce à anticorps, les protéines peuvent ensuite être analysées de façon quantitative par spectrométrie de masse MALDI-TOF. Afin de démontrer la faisabilité de cette technologie, a été développée la quantification par MALDI-TOF basée sur une modification chimique différentielle et étudié son impact sur l'intéraction anticorps. Les agents de capture ont été sélectionnés et caractérisés parmi les anticorps commerciaux les plus adéquats à l'étude des protéines du sérum. Ceci afin de rendre ces techniques facilement applicables aux besoins diagnostics et cliniques. Nous avons ainsi réalisé la quantification de l'apolipoprotéine AI au sein du sérum en corrélation avec les analyses diagnostics.
Book Synopsis Multidisciplinary approaches to food and foodways in the medieval Eastern Mediterranean by : Sylvie Yona Waksman
Download or read book Multidisciplinary approaches to food and foodways in the medieval Eastern Mediterranean written by Sylvie Yona Waksman and published by . This book was released on 2020 with total page pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt:
Book Synopsis Proteome Research: Two-Dimensional Gel Electrophoresis and Identification Methods by : T. Rabilloud
Download or read book Proteome Research: Two-Dimensional Gel Electrophoresis and Identification Methods written by T. Rabilloud and published by Springer Science & Business Media. This book was released on 1999-09-17 with total page 272 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: With the end of the Human Genome Project in sight, the next important step is to determine the function of genes. Proteome Research is an important approach to this study and is the first book to comprehensively cover the application of two-dimensional electrophoresis, the central methodology in proteome research. The state-of-the-art is described in detail and the available detection methods are extensively covered. Sufficient detail is given to allow readers to apply these technologies to their own particular requirements.
Book Synopsis Immobilized PH Gradients: Theory and Methodology by : P. G. Righetti
Download or read book Immobilized PH Gradients: Theory and Methodology written by P. G. Righetti and published by Elsevier. This book was released on 1990 with total page 415 pages. Available in PDF, EPUB and Kindle. Book excerpt: Immobilized pH gradients (IPG) represent the most advanced development of isoelectric focusing (IEF). Originally developed to overcome all the problems of IEF in soluble amphoteric buffers (CA) (such as pH gradient instability, complexation with CA chemicals, unreproducibility of pH gradients, protein precipitation at the pI), it turned out to be an entirely new technique, quite different in principle and operation from conventional IEF. The book is thus meant to bring the reader up to date with this fast developing field. The book is divided into six chapters containing information on: detailed treatment of all the chemistry of the Immobiline chemicals; theory of pH gradient generation (computer simulations, tables with all the possible pH recipes); all analytical aspects of IPGs, including staining techniques, blotting etc.; two-dimensional maps, with a detailed treatise of advantages and limitations; preparative aspects of IPGs, including comparison with other preparative electrophoretic techniques; some examples of applications, including genetic and forensic analysis, blood polymorphism etc.The book is extensive and up-to-date, while also extensively covering the theory. Clearly written, with easily accessible information, the volume is a worthy asset to the Lab. Techniques series.
